酶切位点保护碱基
0
0
GGAATTC CATATG GAATTCC
75
>90
GGGAATTC CATATG GAATTCCC
75
>90
Nhe I
GGCTAGC C
0
0
CG GCTAGC CG
10
25
CTA GCTAGC TAG
10
50
—
Not I
TT GCGGCCGC AA
0
0
ATTT GCGGCCGC TTTA
10
10
AAATAT GCGGCCGC TATAAA
10
10
ATAAGAAT GCGGCCGC TAAACTAT
25
90
AAGGAAAAAA GCGGCCGC AAAAGGAAAA
25
>90
1r
Nsi I
TGC ATGCAT GCA
10
>90
CCA ATGCAT TGGTTCTGCAGTT
>90
>90
f
>90
>90
TT GGCGCGCC AA
>90
>90
1
Ava I
CCCCGGG G
50
>90
CCCCCGGG GG
>90
>90
TCC CCCGGG GGA
>90
>90
1
BamH I
CGGATCC G
10
25
CG GGATCC CG
>90
>90
CGC GGATCC GCG
>90
>90
'Bgl II
CAGATCT G
PCR
r
1酶
寡核苷酸序列
切割率%
2 hr
20 hr
1
AccI
GGTCGAC C
0
0
CG GTCGAC CG
0
0
CCG GTCGAC CGG
0
0
AflIII
CACATGT G
0
0
CC ACATGT GG
>90
>90
CCC ACATGT GGG
>90
>90
1
Asc I
GGCGCGCC
>90
>90
AGGCGCGCC T
25
50
CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT
25
>90
1
Cla I
CATCGAT G
0
0
GATCGAT C
0
0
CC ATCGAT GG
>90
>90
CCC ATCGAT GGG
50
50
1
EcoR I
GGAATTC C
>90
>90
CG GAATTC CG
>90
>90
CCG GAATTC CGG
0
50
CTAG ACTAGT CTAG
0
50
1
Sph I
GGCATGC C
0
0
CAT GCATGC ATG
0
25
ACAT GCATGC ATGT
10
50
1
Stu I
AAGGCCT T
>90
>90
GA AGGCCT TC
>90
>90
AAA AGGCCT TTT
>90
>90
1
Xba I
CTCTAGA G
10
75
GAA
r
Sea I
GAGTACT C
10
25
AAA AGTACT TTT
75
75
1
Sma I
CCCGGG
0
10
CCCCGGG G
0
10
CCCCCGGG GG
10
50
TCC CCCGGG GGA
>90
>90
f
Spe I
GACTAGT C
10
>90
GG ACTAGT CC
10
>90
CGG ACTAGT CCG
CGAGCTC G
10
10
'Sac II
GCCGCGG C
0
0
TCC CCGCGG GGA
50
>90
r
Sal I
GTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
0
0
GC GTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
10
50
ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCG
0
0
GC TCTAGA GC
>90
>90
TGC TCTAGA GCA
75
>90
CTAG TCTAGA CTAG
75
>90
1
Xho I
CCTCGAG G
0
0
CC CTCGAG GG
10
25
1
CCG CTCGAG CGG
75
XmaI
CCCCGGG G
0
0
CCCCCGGG GG
25
75
CCC CCCGGG GGG
0
0
GAAGATCT TC
75
>90
GGA AGATCT TCC
25
>90
1
BssH II
GGCGCGC C
0
0
AG GCGCGC CT
0
0
TTG GCGCGC CAA
50
>90
i
BstE II
GGGT(A/T)ACC C
0
10
1
BstX I
AACTGCAGAA CCAATGCATTGG
0
0
AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA
CGG GGTACC CCG
>90
>90
Mlu I
GACGCGT C
0
0
CG ACGCGT CG
25
50
Neo I
CCCATGG G
0
0
CATG CCATGG CATG
50
75
Nde I
CCATATG G
0
0
CC CATATG GG
0
0
CGC CATATG GCG
0
0
GGGTTT CATATG AAACCC
Pac I
TTAATTAA
0
0
GTTAATTAA C
0
25
CCTTAATTAA GG
0
>90
1
Pme I
GTTTAAAC
0
0
GGTTTAAAC C
0
25
GG GTTTAAAC CC
0
50
AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCCGG
75
>90
「Pst I
GCTGCAG C
0
0
TGCA CTGCAG TGCA
>90
>90
HaeIII
GG GGCC CC
>90
>90
AGC GGCC GCT
>90
>90
TTGC GGCC GCAA
>90
>90
Hi nd III
CAAGCTT G
0
0
CC AAGCTT GG
0
0
CCC AAGCTT GGG
10
75
Kpn I
GGGTACC C
0
0
GG GGTACC CC
>90
>90
50
>90
TCCC CCCGGG GGGA
>90
>90
注释:
如果要加在序列的5'端,就在酶切位点识别碱基序列(红色)的5'端加
上相应的碱基(黑色),相同如果要在3'端加保护碱基,就在酶切位点识
别碱基序列(红色)的3'端加上相应的碱基(黑色)。
2.
切割率:正确识别并酶切的效率
3。
加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
10
10
AA CTGCAG AACCAATGCATTGG
>90
>90
AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA
>90
>90
CTGCAG AACCAATGCATTGGATGCAT
0
0
r
Pvu I
CCGATCG G
0
0
AT CGATCG AT
10
25
TCG CGATCG CGA
0
10
1
Sac I