郑州新郑综合保税区验收流程严格按照《海关总署关于印发<海关特殊监管区域基础和监管设施验收标准>的通知》(署加发E2007)143号)有关规定进行建设，建设工作完毕后，严格按照海关总署有关规定，做好验收工作。

具体内容和程序如下：
1．郑州新郑综合保税区管委会分别向河南省人民政府和郑州海关提出预验收书面申请；
2．郑州海关牵头，会同当地相关部门组成预验收小组，依据《海关特殊监管区域基础和监管设施验收标准》进行预验收，并由预验收小组写出验收评估意见，预验收小组组长签署预验收结论和评审意见；
3．预验收合格后，郑州海关与郑州市人民政府共同签署《预验收纪要》，内容主要包括综保区基础和监管设施建设等情况；
4．河南省国土管理部门在预验收合格后致函国土资源部，提请国土资源部对综合保税区预验收范围内的土地项目利用手续进行审核确认；
5．国土资源部确认同意后，由河南省人民政府致函郑州海关，提请郑州海关向我署申请正式验收；
6．郑州海关向海关总署上报申请正式验收的请示(随附河南省人民政府申请验收的函、《预验收纪要》和国土资源部对综合保税区预验收范围内的土地项目利用审核确认的手续)。

7．海关总署根据国务院批复，会同有关部门组成联合验收组对郑州新郑综合保税区进行验收。

验收合格后，联合验收组与河南省共同签署《验收纪要》，颁发《综合保税区验收合格证书》。