工程内部承包协议是否合法工程内部承包协议是否合法只要意思表示真实且不违反法律规定的内部承包协议就合法有效。
内部承包合同，尽管在《建筑法》及相关法规中没有明确法律依据，但是根据民法的一般原理以及相关法律规定，如果当事人的民事行为没有违反法律、行政法规的强制性禁止规定，当事人的契约行为应该合法有效。
法律依据:《中华人民共和国民法典》第四百六十五条依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
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