上海师范大学实验报告
实验二
一、实验原理
答：利用Blast全球联网数据库，对输入的序列进行生物信息学分析，给出与输入序列相关性最大的对应的基因信息，比较两者的同源性。
二、操作步骤
答：（1）先打开网址/
（2）点击右边的Blast链接，打开Blast数据库，进入Blast界面
（3）在Basic Blast中选择nucleotide blast
（4）在对话框中输入核苷酸序列，在choose search set下的Database选项中选择Others (nr etc.)
（5）把网页拉到最下方，点击Blast按钮
（6）在Descriptions 栏下找到Max ident 百分率最高的序列名称
（7）再往下拉，找到Alignments项下第一个序列，可以找到输入序列相关信息
（8）点击Accession，即能找到更多输入序列的相关信息。
1.
tttcactcca tagttactcc ccaggtga
1.1它属于哪类生物?
答：属于Hepatitis C virus （丙型肝炎病毒）
1.2它属于哪类基因？
答：属于non-structural protein 5B gene
1.3它在该基因的什么位置？
答：它在该基因的第749-776这个位置。
1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？
答：同源性100%
2．（1）ccacccactg aaactgcaca gacaaatttg tacataagag
1.1它属于哪类生物?
答：属于Influenza A virus (A/chicken/Iran261/01(H9N2)) hemagglutinin (HA) gene （A型流感病毒，A型伊朗型261鸡流感病毒，H9N2病毒，血细胞凝集素抗原基因为依据）
1.2它属于哪类基因？
答：属于ssRNA negative-strand viruses Orthomyxoviridae （单链RNA，负义链病毒，正粘病毒科）
1.3它在该基因的什么位置？
答：它在该基因的第1-40这个位置
1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？
答：100%
attgaacgct ggcggcaggc ctaacacatg caagtcgagc ggatgaagag agcttgctct
ctgattcagc ggcggacggg tgagtaatgc ctaggaatct gcctggtagt gggggacaac
gtttcgaaag gaacgctaat accgcatacg tcctacggga gaaagcaggg gaccttcggg
ccttgcgcta tcagatgagc ctaggtcgga ttagctagtt ggtgaggtaa tggctcacca
aggcgacgat ccgtaactgg tctgagagga tgatcagtca cactggaact gagacacggt
ccagactcct acgggaggca gcagtgggga atattggaca atgggcgaaa gcctgatcca
gccatgccgc gtgtgtgaag aaggtcttcg gattgtaaag cactttaagt tgggaggaag
ggcattaacc taatacgtta gtgttttgac gttaccgaca gaataagcac cggctaactc
tgtgccagca gccgcggtaa tacagagggt gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa
agcgcgcgta ggtggtttgt taagttggat gtgaaagccc cgggctcaac ctgggaactg
cattcaaaac tgacaagcta gagtatggta gagggtggtg gaatttcctg tgtagcggtg
aaatgcgtag atataggaag gaacaccagt ggcgaaggcg accacctgga ctgatactga
cactgaggtg cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat accctggtag tccacgccgt
aaacgatgtc aactagccgt tggggacctt gagtctttag tggcgcagct aacgcattaa
gttgaccgcc tggggagtac ggccgcaagg ttaaaactca aatgaattga cgggggcccg
cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg aagaacctta ccaggccttg
acatccaatg aactttccag agatggattg gtgccttcgg gaacattgag acaggtgctg
catggctgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgtaac gagcgcaacc
cttgtcctta gttaccagca cgtaatggtg ggcactctaa ggagactgcc ggtgacaaac
cggaggaagg tggggatgac gtcaagtcat catggccctt acggcctggg ctacacacgt
gctacaatgg tcggtacaga gggttgccaa gccgcgaggt ggagctaatc ccacaaaacc
gatcgtagtc cggatcgcag tctgcaactc gactgcgtga agtcggaatc gctagtaatc
gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc
atgggagtgg gttgcaccag aagtagctag tctaaccttc ggggggac
2.1它属于哪类生物?
答：Pseudomonas fluorescens gene for 16S rRNA, partial sequence, strain: KU-7.（荧光假单胞菌的16SRNA 基因，
2.2它属于哪类基因？
答：属于编码16S rRNA的基因，来源于荧光假单胞菌基因组
2.3它在该基因的什么位置？
答：它在该基因的第1-1428这个位置。
2.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？
答：同源性100%
四、实验心得：
在输完核苷酸序列之后，一定不能忘记在Database选项中选择Others (nr etc.)，不然结果会有很大差异。