同源重组的连接原理主要是通过DNA的互补碱基配对来实现。

具体来说，同源重组利用DNA的两条链之间的互补碱基配对规则，将来自不同源的DNA片段重新组合在一起。

DNA的碱基配对规则是腺嘌呤（A）与胸腺嘧啶（T）之间形成双氢键，鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）之间形成三氢键。

这种互补配对规则使得DNA具有特殊的结构稳定性，同时也为同源重组提供了基础。

此外，同源重组需要一系列的蛋白质参与，如原核生物细胞内的RecA、RecBCD、RecF、RecO、RecR等，以及真核生物细胞内的Rad51、Mre11-Rad50等等。

这些蛋白质的作用是协助重组过程中的关键步骤，如交叉分子或Holliday结构（Holliday Juncture Structure）的形成和拆分。

Holliday模型描述了同源重组过程中DNA结构的变化过程。

在这个模型中，需要发生重组的两个DNA分子的两条单链在同一部位断裂，断裂的游离末端彼此交换形成异源双链，然后两条杂合单链彼此连接形成Holliday连接体。

Holliday连接体一旦形成就能进行重排，从而改变彼此的关系，形成不同的构象。

构象决定了在Holliday连接体拆分时是否发生重组。

总的来说，同源重组是通过碱基互补配对、一系列蛋白质的协助以及Holliday模型所描述的DNA结构变化来实现的。