卫生经济学分析方法主要有成本效益分析、成本效果分析和成本效用分析三种。

其中，成本效益分析是评价规划公共项目和比较不同选择方案的合理方法，它采用货币值计算效益和成本，但在实际应用中存在一定的局限性，因为卫生干预项目难以用货币单位估计挽救的生命价值或健康改善的价值。

成本效果分析和成本效用分析是成本效益分析的主要可供选择形式，成本效果分析指用非货币价值评价各种健康干预的结果与成本，而成本效用分析是成本效果分析的一种特殊形式，它反映了对干预项目所带来健康结果的偏好。