分子动力学模拟
一,软件：
NAMD:/Research/namd/免费注册之后进行免费下载,
只需要下载解压不需要安装
VMD:/Research/vmd/免费,分子可视化和辅助分析软
件
二，分子动力学模拟需要的数据文件包括：
(1)蛋白质的PDB文件，此文件只记录原子空间位置，能够从RCSB管理的PDB数据库(/pdb/)下载。
(2)PSF文件，此文件负责储存蛋白质的结构信息，记录蛋白质原子之间的成键情况。
用户需要根据自己要求生成该文件。
(3)力场参数文件。
此文件是分子动力学模拟的核心。
CHAYMM，X-PLOR，AMBER和GROMACS 是经常用到的四种力场。
NAMD能够利用上述每一种力场执行分子动力学模拟。
(4)配置文件(configuration file)。
此文件作用是告知NAMD分子动力学模拟的各种参数，例如PDB和PSF两个文件保存的位置，模拟结果储存在哪里，体系的温度是多少等等。
此文件也是要用户根据需求自己生成。
同一配置的电脑，蛋白质分子大小不同，模拟运行的时间也不同，通常大蛋白质需要较长的时间。
三．以蛋白质1L63为例给出操作说明。
在PDB数据库下载蛋白质1L63.
建立文件夹1L63，其中包括以下几个文件，其中.conf文件需要修改,下面第4步会讲到。
以下生成PSF文件：
1.单击VMD，file-New Molecule-打开Molecule File Browser对话框，单击Browse按钮，在文件浏览器中找到文件夹1L63,在此文件夹中选择1L63.pdb,单击Load按钮载入1L63.pdb
2.除去pdb文件中带有的水分子
单击Extension-TK Console，弹出VMD Tk Console窗口。
首先用cd命令改变当前目录到1L63文件夹下，然后输入下列命令：
set L63[atomselect top protein]
$L63writepdb L63p.pdb
这样，1L63文件夹下就生成了文件L63P.pdb。
这一PDB文件仅包含蛋白质，不包含水分子。
3.生成psf文件。
注意，这里仅讲全自动的psf文件生成器，描述如下：
选择Extensions-Modeling-Automatic PSF Builder菜单项，点击左上角的Options,选择Add solvation box，和Add neutralizing ions,点击右下角的I’m feeling lucky按钮，
1L63文件夹中生成两个文件，分别是1L63_autopsf.pdb和1L63_autopsf.psf,操作如下图。
4.然后根据生成的两个文件1L63_autopsf.pdb和1L63_autopsf.psf，以及用户需要，修改1L63_wb_eq.conf文件，如下所示。
其中，
在VMD TkConsole中输入：
set everyone[atomselect top all]
measure minmax$everyone
%这时返回的数值是整个体系中离原点最近的点和最远的点的坐标。
最远点的坐标减去最近点的坐标，得到的三个值对应下图中的60.0,65.0,73.0
measure center$everyone
%计算整个立方体的中心，对应下图中的32.64,14.39,11.16
至此不含NAMD在内，文件夹1L63中包含了6个文件。
4.在window命令下分两种情况(dir)
蛋白质文件夹中包含NAMD文件夹：
操作：开始，运行，cmd，确定
cd E:\
E:
dir
E:\>cd1L63
E:\>cd NAMD
E:\MDS\1L63\NAMD>namd2..\1L63_wb_eq.conf>..\1L63_wb_eq.log 注意：..\表示当前目录namd2的上级目录，即与NAMD同一目录，然后执行目前目录下的1L63_wb_eq.conf文件的计算
蛋白质文件夹和NAMD文件夹并列存放
操作：开始，运行，cmd，确定
Cd E:\
E:
dir
E:\MDS>cd NAMD
E:\MDS\NAMD>namd2..\1L63\1L63_wb_eq_conf>..\1L63\1L63_wb_eq.log
5.在服务器上（ls）：Linux系统
怎么登陆服务器？
Putty(不需要安装)
WinSCP3(需要安装)
202.197.237.13（点击putty,主机名称（或IP地址）），点击stu,打开
账号：stu（login as:？）
密码：stu2011（stu@202.197.237.13’s password:?）
蛋白质文件夹和NAMD文件夹并列存放
运行时，先进入cd NAMD
然后用./namd2../1L63/1L63_wb_eq_conf>../1L63/1L63_wb_eq.log+idlepoll&
蛋白质文件夹中包含NAMD文件夹：?
运行cd1L63
cd NAMD
namd2../1L63_wb_eq_conf>../1L63_wb_eq.log
6.从生成的1L63_wb_eq.log文件夹中怎么提取能量时间序列？
clc;clear;
fileno=1;
for i=1:fileno
fid2=fopen('1l63_wb_eq.txt','w');%save data to'logfile'in Matlab current working directory
fid=fopen('1l63_wb_eq.log','r');%read NAMD log file fid=fopen([loadpath groupdir(i).name],'r');
while(~feof(fid))
newl=fgetl(fid);
if~isempty(strfind(newl,'ENERGY:'))
fprintf(fid2,'%s\n',newl);%提取的是字符串
%if(~isempty(strfind(newl(13:15),'30')))
%fprintf(fid2,'%s\n',newl(16:48)); %end
end
end
fclose(fid);
end
fclose(fid2);
%format long
%y=importdata('1l63_wb_eq.txt');
%str2num(y{3}(16:end))
7.怎么提取二面角序列？
8.怎么提取原子坐标？
9.怎么安装Linux系统?
10.作业：？。