DGGE
• 变性梯度凝胶电泳法（DGGE）依据首要的 一点是： DNA 双链末端一旦解链，其在凝 胶中的电泳速度将会极剧下降。第二个根 据是，如果某一区域首先解链，而与其仅 有一个碱基之差的另一条链就会有不同的 解链温度，因此，将样品加入含有变性剂 梯度的凝胶进行电泳就可将二者分开。
DHPLC
• 变性高效液相色谱分析（DHPLC）：在部分
变性的条件下，通过杂合与纯合二倍体在 柱中保留时间的差异，发现DNA突变 • 在部分变性条件下，异源双链因有错配区 的存在而更易变性，在色谱柱中的保留时 间短于同源双链，故先被洗脱下来，在色 谱图中表现为双峰或多峰的洗脱曲线
等位基因
TaqmanMGB探针
基因芯片
测序
• • • • • 双脱氧法 焦磷酸法 454 Solid Solexa-Illumina
SNP及检测方法
黄宝福 2011-5-11
SNP
• SNP（Single nucleotide polymorphism)单核苷酸 多态性 • 包括单碱基的转换、颠换，以及单碱基的插入／缺 失等
ATGCATGCATGCATGCATGC ATGCATGCGTGCATGCATGC
SNP
• SNPs作为第三代遗传标记（已知性、可遗 传性、可检测性），用于疾病基因的定位、 克隆和鉴定 • SNP是人类基因组DNA序列中最常见的变 异形式。并非所有的SNP都有临床意义， 对疾病和药物治疗有重大影响的SNP，估 计只占数以百万计SNP的很小一部分
理想的检测SNPs的方法
——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs
(1) 灵敏度和准确度的要求 (2) 快速、简便、高通量 (3) 费用相对低廉
DNA熔解分析
• 紫外吸收 • 样品量：几微克 • 升温速率：0.1~1℃/min
DASH
• Dynamic allele-specific hybridization
HRM
• High resolution melting curve高分辨率熔解 曲线 • 饱和染料：LC-Green,Eva-Green,Super Green • 温度:升温和信号采集，温度均一性 • Lighter Scanner
HRM
Thank You!
SNP
• SNP可直接影响个体间对疾病的易感性、 外源物质的代谢差异和药物不良反应表现 因此对SNP的研究在个体化用药、个体化 治疗中具有重要的指导作用
SSCP
• 单链构象多态性（SSCP）分析，是一种基 于DNA构象差别来检测点突变的方法。相 同长度的单链DNA，如果碱基序列不同， 形成的构象就不同，这样就形成了单链构 象多态性 • 空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯 酰胺凝胶中受排阻大小不同.因此，通过非 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以非常敏锐 地将构象上有差异的分子分离开