植物基因组DNA的提取（CTAB法）
一、原理
植物组织中绝大部分是核DNA，它和组蛋白、非组蛋白结合在一起，以核蛋白（即染色质或染色体）的形式存在于细胞核内。

CTAB是一种阳离子去污剂，可溶解细胞膜，它能与核酸形成复合物，在高盐溶液中（0.7mol/L NaCl）是可溶的，当降低溶液盐的浓度到一定程度（0.3mol/L NaCl）时从溶液中沉淀，通过离心就可将CTAB与核酸的复合物同蛋白、多糖类物质分开，然后将CTAB与核酸的复合物沉淀溶解于高盐溶液中，再加入乙醇使核酸沉淀，CTAB能溶解于乙醇中。

二、实验材料、仪器及试剂
1、仪器
水浴锅；混匀器；高速冷冻离心机；移液器；754紫外分光光度计；液氮罐；水平电泳槽；电泳仪；一次性手套；吸头；1.5 mL离心管。

2、材料与药品
植物材料，以幼苗、嫩叶含DNA高。

液氮；氢氧化钠；CTAB；Tris；氯仿；乙醇；RNA酶；硼酸；溴酚蓝；异戊醇；β-巯基乙醇；盐酸；异丙醇；EDTA；GoldView核酸染料；琼脂糖；甘油；DNA分子量标记（DNA marker）。

三、操作方法
（1）按1 g样品3 ml DNA提取液的比例，取相应的园艺植物叶片，加入DNA提取液后，在研钵中充分磨碎；取3ml左右研磨后的液样于5 mL离心管中，65℃水浴35分钟以上，其间颠倒混匀一次。

（2）加等体积的氯仿：异戊醇（24：1）溶液，上下颠倒摇匀后，10000 rpm下离心10分钟，取吸上清液于一新的离心管中。

（3）再加两倍体积的预冷异丙醇，上下颠倒混匀后，10000 rpm下离心10分钟，弃上清。

（4）用3 mL 70%乙醇洗涤沉淀，重复一次，在室温下倒置晾干。

（5）沉淀用100 uL TE溶液溶解，用TE（pH8.0）作空白对照，于紫外分光光度计上测定260nm、280nm和230nm吸收值，计算A260/A230和A260/A280的比值，并换算出核酸的含量。

（6）琼脂糖凝胶板的制备
（7）加样：将样品与溴酚蓝按4：1的比例混合，用移液器缓慢加入凝胶样品孔中，点样量为每孔5 μgDNA。

（8）电泳：点样端接负极，电泳开始时，可用较高的电压，如100伏特，这样可使样品很快进入胶内，而减少样品扩散，待样品进入胶内即可保持每厘米5伏特左右的电压，DNA 在电泳中向正极移动。

当溴酚蓝的区带移至距凝胶底部1-2cm，停止电泳，当胶板为10-15cm的长度时，电泳时间一般为2小时左右。

（9）观察与鉴定
电泳结束后，取出凝胶板，在波长为254nm的凝胶成像系统下，观察电泳图谱，如果电泳条带清晰（如果EB染色看到桔黄色荧光条带，GV染色则看到绿色荧光条带），将凝胶照相。

根据标准DNA的电泳图谱，可以得知样品DNA的分子大小。

园艺植物转座元件的分子标记分析
一、原理
IRAP 标记技术是根据大麦反转录转座子BARE-1 的LTR 外侧保守序列设计引物，从而可以扩增出相邻两个同一家族的反转录转座子成员间的片段，这两个相邻的反转录转座子可以是同向排列，也可以是反向排列。

其扩增谱带在琼脂糖凝胶上能有效分离。

REMAP 标记技术是用以检测反转录转座子与相邻微卫星之间DNA 多态性。

进行REMAP 分析需要两个引物，一个是与反转录转座子外侧保守序列互补的引物，另一个是与微卫星重复序列互补的引物（SSR引物）。

其扩增谱带在琼脂糖凝胶上能有效分离。

二、设备和试剂
1、设备
PCR仪，电泳仪、电泳槽，一次性手套，吸头，PCR管等。

2、试剂
需要合成引物；dNTPs，Taq DNA聚合酶。

三、操作步骤
1、引物来源：菠萝、菠萝蜜
2、PCR反应体系
反应体系为20μL。

其中包括，1×PCR缓冲液；2.5 mmol/L MgCl2，0.2 mmol/L dNTPs，6 pmol引物，1 U Taq DNA聚合酶，模板DNA 30 ng。

PCR扩增反应程序设定为，94 ℃预变性4 min；94 ℃变性30 s，退火温度根据不同引物设定，时间为30 s，72 ℃延伸2 min，40个循环；循环结束后72 ℃延伸10 min，4 ℃终止反应。

3、PCR产物检测
1.5% 琼脂糖凝胶电泳，上样量10μL (1μL负载缓冲液和9μL PCR产物)。

6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，上样量3μL (2μL PCR产物和1μL负载缓冲液) ，银染检测。

Bio2Rad GelDocTM XR凝胶成像系统采集图像。