分子动力学攻略此文为dddc_redsnow发表于biolover上的关于分子动力学的系列原创文章，相当经典与精彩，特此将系列文章整合，一起转载，望学习动力学的新手们共同学习，提高进步，在此特向dddc_redsnow本人表示感谢。
动力学系列之一（gromacs，重发）在老何的鼓励下，发一下我的gromacs上手手册（我带人时用的，基本半天可以学会gromcas）####################################################### Process protein files step by step ####################################################### pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ternedit 2th_cap.topeditconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_box.gro -d 1.5genbox -cp 2th_cap_box.gro -cs -p 2th_cap.top -o 2th_cap_water.gromake_ndx -f 2th_cap_water.gro -o 2th_cap.ndxgenpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_All.itpgenpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_M.itpgenpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_C.itpnedit Flavo.itpgrompp -f em.mdp -c 2th_cap_water.gro -p 2th_cap.top -o prepare.tprgenion -s prepare.tpr -o 2th_cap_water_ion.gro -np 1 -pq 1###################################################### Minimize step by step ## 1. minimization fixing whole protein ## 2. minimization fixing maincharin of protein ## 3. minimization fixing Ca of protein ## 4. minimization without fix ###################################################### grompp -np 4 -f em.mdp -c 2th_cap_water_ion.gro -p 2th_cap.top -o minimize_water.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_water.tpr -o minimize_water.trr -cminimize_water.gro -e minimize_water.edr -g minimize_water.log &grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_water.gro -p 2th_cap.top -o minimize_sidechain.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain.tpr -o minimize_sidechain.trr -c minimize_sidechain.gro -e minimize_sidechain.edr -g minimize_sidechain.log &grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain.gro -p 2th_cap.top -ominimize_sidechain_ex.tprmpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain_ex.tpr -o minimize_sidechain_ex.trr -c minimize_sidechain_ex.gro -e minimize_sidechain_ex.edr minimize_sidechain_ex.log & grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain_ex.gro -p 2th_cap.top -o minimize_all.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_all.tpr -o minimize_all.trr -c minimize_all.gro -e minimize_allx.edr -g minimize_all.log&editconf -f minimize_all.gro -o minimize_all.pdb###################################################### Raise temperature step by step ## 1. raise from 0K to 100K fixing whole protein ## 2. raise from 100K to 200K fixing whole protein ## 3. raise from 200K to 300K fixing whole protein ## 4. balance fixing maincharin of protein ## 5. balance fixing Ca of protein ###################################################### grompp -np 4 -f heat.mdp -c minimize_all.gro -p 2th_cap.top -o temperature100K.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature100K.tpr -o temperature100K.trr -c temperature100K.gro -e temperature100K.edr -g temperature100K.log &grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature100K.gro -p 2th_cap.top -o temperature200K.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature200K.tpr -o temperature200K.trr -c temperature200K.gro -e temperature200K.edr -g temperature200K.log &grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature200K.gro -p 2th_cap.top -o temperature300K.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature300K.tpr -o temperature300K.trr -c temperature300K.gro -e temperature300K.edr -g temperature300K.log &g_energy -f temperature300K.edr -s temperature300K.tpr -o temperature300K.xvg grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature300K.gro -p 2th_cap.top -o T300K_M.tprmpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_M.tpr -o T300K_M.trr -c T300K_M.gro -e T300K_M.edr -g T300K_M.log &grompp -np 4 -f heat.mdp -c T300K_M.gro -p 2th_cap.top -o T300K_Ca.tprmpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_Ca.tpr -o T300K_Ca.trr -c T300K_Ca.gro -eT300K_Ca.edr -g T300K_Ca.log &grompp -np 4 -f heat.mdp -c T300K_Ca.gro -p 2th_cap.top -o T300K_MD.tprmpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_MD.tpr -o T300K_MD.trr -c T300K_MD.gro -eT300K_MD.edr -g T300K_MD.log &至此，全部搞定，可以跑了。
PJ的东西放出来敏感，原创的教学东西也可以收精华吧动力学系列之二(amber基础篇)上次写了一个，结果一下在因为发贴的原因丢了，加上最近忙的要命，不过还是吃完饭干活前，静下心写一下amber，amber远比gromacs要复杂(不过还比不上charmm，估计第一次看charmm脚本的人一定觉得自己选错了行当，类fortran的语言加上自创的格式，唉，又是一段心酸的往事...)。
我把amber 分成两部分讲，第一部分讲基础，第二部分讲应用。
这里先讲第一部分。
1. 关于整体概括. amber的文件格式有三种最为重要：top, crd and pdb。
pdb可以生成top and crd, top and crd也可以转换成pdb，这些都是ascii码文件，可以手动编辑(这也是DNA+Protein时候有时不得不作的事情，巨大的工作量)。
top文件中是拓扑文件，相当于gromacs的top，不过直接把lib的参数搞过来，不要再调用lib了。
crd文件是坐标和速度文件，类似于gro文件，pdb不用我说了吧。
2. amber中的概念: 所有的单元从原子，小分子，残基，碱基等等一直到大分子都是unit，熟悉C++,JAVA 的朋友想一下object就理解了，amber的xleap的操作就像一个外包体，利用object的独立性进行关联，组合或者分拆object, 实现不同的功能，每一个unit都是独立单元。