东北部低山丘陵水土保持与生态林生态功能小区（530320008）
范围：厦门东北部的低山丘陵面积：123.6 km2
主导功能：水土保持和水源涵养
把该区作为重要生态功能区加以保护和建设，制定有效的生态系统保育措施，如在生态敏感地区建立固定观测点等生态安全监测预警系统；严格执行国家有关规范，加强管理力度，禁止各种破坏生态环境的行为，构筑厦门市生态安全的“绿色屏障”。保证其绿地率不低于65%。近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
加强工业污染源的废水和废气的治理和监控，防止港区开发对河口区生态环境的破坏；有规划、有步骤地建设生态城市和生态工业区、现代化港区。提高绿地率，近期不低于30%，远期大于35%。中期退化土地治理率达90%以上，生活垃圾无害化处理率达100%，生活污水集中处理率达70%。工业用水重复率近期大于50%，工业固体废物处置利用率大于80%，并无危险废物排放。
尽快完成市政污水管网的铺设、污水处理厂的改扩建和垃圾处理站的建设；继续做好湖边水库和员当湖的综合整治工作；环岛绿化环、钟宅水库及其风景林地、湖边水库及其水源保护绿地、虎仔山风景林地、员当湖滨绿地及仙岳山、狐尾山公园绿地的保护和建设；员当湖、会展中心风景区的建设以及马峰山、马厝、赤坡山、龙山停采石场的生态修复；残丘坡地的水土流失防治工作；员当湖海堤、前埔会展中心海堤、钟宅湾海堤的维护；钟宅湾、会展中心、员当湖围垦地的洪涝潮灾的防御。
恢复受人为破坏植被，对水土流失区进行治理；做好海沧海堤和京口海堤的维护，保护好围垦地海沧贞庵和海沧东屿湾，使其免受洪涝潮灾的危害；京口岩山规划期内作为嵩屿电厂的灰场，待排满后要恢复植被，作为自然山体进行保护；该区属临海地区，林网系统应作补充调整：适当加宽南部工业区的南海三路和沧九路全路段绿化；海沧港区要有配套的港区含油污水处理、港区生产废水处理和港区集装箱洗箱水处理设施，污水处理达标后汇入嵩屿污水处理厂处理后排海；建立港口与船舶污染处理、监测和事故应急系统，包括环保船和垃圾收集船。
做好鼓浪屿、万石岩国家风景名胜及环岛路、会展中心风景游览区的生态建设规划；做好停采石场大厝山采石场的生态恢复及水土流失敏感区的水土流失防治工作；沙波尾海堤的维护；按《厦门市生活饮用水地表水源保护区划定方案》的要求保护上李水库及其集水区。
蔡尖尾山生态风景林生态功能小区（530120003）
范围：海沧南部工业区与新阳工业区之间的低山丘陵面积：31.6 km2
环马銮湾、杏林湾城市与工业环境生态功能小区（530120010）
范围：蔡尖尾山北面环西海域的滨海平原和中间一些小山丘面积：203.9km2
主导功能：城市商贸生活、工业生态环境和污染物消纳辅助功能：城市交通干线视阈景观、旅游生态环境
生态城市与工业区规划与建设，乡镇企业污染和农村面源污染的治理和控制。通过经济结构的调整、整合工业园区和产业布局，使本区产业之间形成互补和关联；发挥海湾和山林的资源优势，形成山海相融的城市景观；提高土地整体运营的效率，各功能区合理配置、集约发展，并推进农村城市化；通过整合交通、市政基础设施，构筑生态城市发展的大框架。提高绿地率，近期不低于30%，远期大于35%；人均公共绿地面积大于11m2。中期退化土地治理率达90%以上，生活垃圾无害化处理率达100%，生活污水集中处理率达70%。工业用水重复率近期大于50%，工业固体废物处置利用率大于80%，并无危险废物排放。
主导功能：风景旅游生态环境辅助功能：水库和集水区的水源涵养
把该区作为生态良好区加以保护和建设，加强风景旅游资源的保护，遏止破坏性的开发，保障旅游资源的永续利用。保护山间水库和河流，治理整顿水库周围的养鸭等畜禽养殖；引导风景林地、游憩绿地的开发与建设；清除并禁止在旅游区建设破坏景观、污染环境的项目。旅游开发项目须制定控制性规划，合理利用风景旅游资源，科学测算旅游环境容量，其性质、布局、规模、造型、色彩等必须与周围自然景观协调。保证其绿地率不低于60%，近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
西部低山丘陵水土保持与生态林生态功能小区（530120007）
范围：厦门西部低山丘陵区域面积：54.1km2
主导功能：水土保持辅助功能：旅游生态环境、水源涵养。
把该区作为重要生态功能区和生态良好区加以保护和建设，消除裸露山地区域，减少水土流失。保护现有森林植被，提高林分质量，建设和保护流域上游以水源涵养林、水土保持林为主的防护林体系。调节山区地表径流、涵养水源、保持水土。保证其绿地率不低于70%。近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
汀溪水库饮用水源重点保育生态功能小区（530320005）
范围：汀溪水库饮用水源的一级保护区、二级保护区面积：139.2 km2
主导功能：饮用水源辅助功能：水库和集水区的水源涵养
把该区作为重要生态功能区加以保护与建设，按《厦门市生活饮用水地表水源保护区划定方案》的要求保护汀溪水库及其集水区。对区内农业开发、旅游开发进行监管，禁止任何破坏山林、水源林、护岸林及与水源保护相关植被的活动，饮用水源的一级保护区内禁止设立旅游服务设施；保护现有森林植被，提高林分质量，消除裸露山地区域，调节山区地表径流、涵养水源、保持水土。近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
古宅水库、竹坝水库和曾溪水库的保护和建设。采取措施保护好现有的生态服务功能较好的林分；改造生态服务功能差的林分，应有计划地使其向针阔混交林演替。
海沧南部港口与工业环境生态功能小区（530120009）
范围：海沧区的蔡尖尾山南麓与九龙江北岸区域面积：40.7km2
主导功能：港口与工业生态环境辅助功能：污染物消纳、城镇视域景观生态
区生态城市建设生态功能小区（530120001）
范围：本岛中北部面积：99km2
主导功能：城市商贸生活生态环境辅助来自能：城市交通干线视阈景观、旅游生态环境；工业及污染物消纳生态环境
有步骤、有计划地建设生态城市和高新技术产业生态园区，加强城市中心服务功能的建设。加强PM10和汽车尾气污染治理和监控；通过土地置换等途径为加强中心区的功能建设提供空间，提高本区的城市用地效率，严格执行城市用地的审批制度；加大绿色通道建设力度，保证道路绿化覆盖指标，对城市快速通道、高速路、铁路、河岸等应确保两侧绿地每边不低于20—80m，形成绿色走廊，对城市的高压走廊实施绿化，设隔离带绿色走廊。严格控制建筑密度，特别是高层建筑的密度。保护区内山体，禁止开山采石；提高绿地率，近期不低于30%，远期大于35%；中期退化土地治理率达90%以上，城镇生活垃圾无害化处理率达100%，生活污水集中处理率达70%以上；人均公共绿地面积大于11m2；本区为畜禽禁养区。
建设和保护流域上游以水源涵养林、水土保持林为主的防护林体系，提供鸟类的良好栖息环境，维护和提高区域的生物多样性，保护好汀溪林场衫际内亚热带天然次生常绿阔叶林。该区全部为厦门市畜禽养殖禁建禁养区，要按《厦门市畜禽养殖禁建禁养区划定方案》的环境保护总体要求采取有关保护措施。控制农药、化肥、农膜对土壤和水源的污染。
范围：石兜—坂头水库饮用水源的一级保护区、二级保护区面积：64.8 km2
主导功能：饮用水源辅助功能：水库和集水区的水源涵养
把该区作为重要生态功能区加以保护与建设，按《厦门市生活饮用水地表水源保护区划定方案》的要求保护石兜—坂头水库及其集水区。饮用水源的一级保护区内禁止设立旅游服务设施；应把集水区范围的所有林地都按生态公益林进行管理，并不断扩大有林地面积比例，改善树种结构，提高集水区的水源涵养能力。近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
保护山形、绿色植被（水源绿地、防护林地、农林绿地、游憩绿地等），封禁一重山全部采石场，特别是生态环境受到严重破坏的海沧鼓楼碎石场，并采取有力措施进行生态景观恢复工作；做好水土流失敏感区、海沧碎石场、文圃山碎石场的水土保持和生态保护工作；慈济东宫历史遗迹的管护和景区建设。
石兜—坂头水库饮用水源重点保育生态功能小区（530320004）
厦门东部城市与工业环境生态功能小区（530320011）
范围：翔安区中南部平原、台地及东南部的低丘面积：209.13 km2
主导功能：城市商贸生活、工业生态环境辅助功能：港口、旅游生态环境
有规划、有步骤地建设生态城市，在生态城市的建设过程中，尽可能顺应地形、保持地貌，避免大开挖，以减轻对环境的扰动；对现有工业园区和港区进行整合，建设生态工业园区和现代化港区；以城市组团的规模化整体发展来引导农村集中工业化、城市化，走好城乡一体化发展之路；做好引水工程及供水设施的规划建设，尽早开辟第二水源；尽快建设污水处理厂和固体废物处理基地。保证绿地率，远期大于35%。中期退化土地治理率达90%以上，生活垃圾无害化处理率达100%，生活污水集中处理率达70%。工业用水重复率近期大于50%，工业固体废物处置利用率大于80%，并无危险废物排放。
提供鸟类的良好栖息环境，维护和提高区域的生物多样性。该区整体划为畜禽养殖禁建禁养区，对此区畜禽养殖的要按《厦门市畜禽养殖禁建禁养区划定方案》的要求执行。将区内居民予以搬迁，但在居民未全搬迁前，要解决好水库汇水区内村庄的农民、部队的官兵及坂头林场员工生活污水、废弃物净化处理问题、畜禽污染物处理问题和农业面源污染的控制和减少问题。
西北部低山丘陵水土保持与生态林生态功能小区（530320006）
范围：厦门西北部低山丘陵地带面积：254.2 km2
主导功能：水土保持、饮用水源辅助功能：水库和集水区的水源涵养
把该区作为重要生态功能区和生态良好区加以保护与建设，按饮用水的要求保护小坪水库、河溪水库美人山水库及其集水区。对区内农业开发、旅游开发进行监管，禁止任何破坏山林、水源林、护岸林及与水源保护相关植被的活动；建设和保护以水源涵养林、水土保持林为主的防护林体系，调节山区地表径流、涵养水源、保持水土。保证其绿地率不低于70%。近期水土流失治理率达70%，中期达90%以上。
鼓浪屿—万石山风景旅游生态功能小区（530120002）
范围：本岛南部，包括鼓浪屿面积：35.6 km2
主导功能：风景旅游生态环境辅助功能：水土保持、水源涵养