当前位置:
文档之家› 核酸的分离纯化及鉴定技术生化分析描述
核酸的分离纯化及鉴定技术生化分析描述
放核酸。
破碎细胞 微生物:溶菌酶、SDS裂解。 高等植物:捣碎器破碎、液氮研磨。 动物:液氮处理后用匀浆器破碎。 细胞器DNA,首先纯化细胞器。
以上处理时均要同时加入核酸酶抑制剂
DNA酶抑制剂:
1.
金属离子螯合剂:DNA酶需要金属二价离子Mg2+、Ca2+的激活,因此使用金属二价离子螯合剂,可
抑制DNA酶活性。如:EDTA
➢ 细胞内的核酸具有复杂的结构,均与蛋白质结合成核蛋白。 ➢ 分子的总长度在不同生物间差异很大,一般随生物的进化程度而增长。 ➢ DNA与RNA性质上的差异决定了两者的最适分离与纯化的条件是不同的。
DNA :主要存在于细胞核的染色体中。核外也有少量DNA,如线粒体DNA(mtDNA),叶绿体DNA (cpDNA),质粒DNA。
RNA:主要存在于细胞质中,如mRNA,rRNA,tRNA,miRNA等。 除上述DNA,RNA外,还有非细胞形式存在的病毒和噬菌体,其或只含DNA,或只含有RNA。
一、 材料与方法的选择
➢ 核酸存在于各种生物中。临床常见的样品有血液、尿液、唾液、头发、组织及培养细胞等。 ➢ 核酸分离与纯化的方法非常多。如何选择合适的分离与纯化方法是一个首要的问题。因为不同的
水饱和苯酚:由于蛋白与DNA连结键已断裂,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。蛋 白分子溶于酚相,DNA溶于水相。苯酚使蛋白质变性,并抑制了DNase的降解作用。
氯仿:氯仿比重大,能加速有机相与水相分层,减少残留在水相中的酚,还能去除植物色素和蔗糖。
异戊醇:减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。异戊醇可以降低表面张力,从而减少气泡产生。另外, 异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相、下层有机溶剂相维持稳定。
• 0.1%的8-羟基喹啉可以抑制RNase,与氯仿联合使用可增强抑制作用。 • 异硫氰酸胍属于解偶剂,是一类强力的蛋白质变性剂,可溶解蛋白质并使蛋白质二级结构消失,导致细
胞结构降解,核蛋白迅速与核酸分离。 • β-巯基乙醇的主要作用是破坏RNase蛋白质中的二硫键。 注意:Trizol是强腐蚀性物质,小心存放于4℃
OD值范围应该在0.1~0.99之间,否则不符合上述线性关系。
(2) 荧光光度法
• 核酸的荧光染料溴化乙锭(ethidium bromide,EB)嵌入碱基平面后,使本身无荧光的核酸在紫外线 激发下发出橙红色的荧光,且荧光强度积分与核酸含量呈正比。该法灵敏度可达1-5ng,适合低浓 度核酸溶液的定量分析。
核酸的分离纯化及鉴定技术生化分析描述
1
提取核酸的目的:
核酸分离与纯化的设计与原则
1.实验研究
2.用于研制核酸类药物及保健品 ?
名称 核糖核酸(RNA) 脱氧核糖核酸(DNA) 免疫核糖核酸(iRNA) 转移因子(TF)
主要核酸类药物及用途
治疗范围
口服用于精神迟缓、记忆衰退、动脉硬化性痴呆治疗;静脉注射用于 刺激造血和促进白细胞生成,治疗慢性肝炎、肝硬化初期癌症
在DNA样品中加入少量氯仿,可以有效避免细菌与核酸的污染。
2ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱRNA的保存
RNA可溶于0.3mol/L的醋酸钠溶液或双蒸水中,在-70 ºC至-80 ºC保存。若以DEPC水溶解RNA 或者在RNA溶液中加入RNA酶阻抑蛋白(RNasin) ,可通过抑制RNA酶对RNA的降解而延长保存时间。
需要注意的是,RNA酶抑制剂或有机溶剂的加入只是一种暂时保存的需要,如果它们对后继的实 验与应用有影响,则应予以去除。
无水乙醇沉淀DNA:与核酸不发生任何化学反应;对盐类沉淀少,沉淀中所含微量乙醇易挥发除去。
2. RNA分离纯化----Trizol一步法
• TRIzol是一种新型总RNA抽提试剂,可以直接从细胞或组织中提取总RNA。TRIzol的主要成分是苯酚。 苯酚的主要作用是裂解细胞,使细胞中的蛋白,核酸物质解聚得到释放。苯酚虽可有效地变性蛋白质, 但不能完全抑制RNA酶活性,因此TRIzol中还加入了8-羟基喹啉、异硫氰酸胍、β-巯基乙醇等来抑制 内源和外源RNase(RNA酶)。
2.
阴离子表面活性剂:如SDS。该试剂除对核酸酶有抑制作用外,还能使蛋白质变性,并与变性蛋白
结合成带负电荷的复合物,该复合物在高盐溶液中沉淀。
RNA酶抑制剂:
1.
皂土:带负电荷,能吸附RNase,使其失活。
2.
DEPC(焦碳酸二乙酯 ):通过和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性,从而抑制酶
所有的组织中均存在RNA酶,人的皮肤、手指、试剂、容器等均可能被污染,因此全部实验过程中均需 戴手套操作并经常更换(使用一次性手套)。所用的玻璃器皿需置于干燥烘箱中200℃烘烤2小时以上。凡 是不能用高温烘烤的材料如塑料容器等皆可用0.1%的焦碳酸二乙酯(DEPC)水溶液处理,再用蒸馏水冲净。
DEPC:焦碳酸二乙酯,是一种强烈但并不彻底的RNA酶抑制剂,通过和RNA酶中His结合使蛋白质变 性,抑制RNA酶活性。
利用乙醇的易挥发性洗掉异丙醇,氯仿; 溶解一些沉淀中可能的有机物杂质
会极大降低RNA的可溶性
(三) 核酸的浓缩
随着核酸提取试剂的逐步加入,以及去除污染物 过程中核酸分子不可避免的丢失,样品中核酸的浓度 会遂渐下降,当不能满足后继研究与应用的需要时, 应对核酸进行浓缩。沉淀是核酸浓缩最常用的方法。 优点:核酸沉淀后,可以很容易地改变溶解缓冲液和调 整核酸溶液至所需浓度;另外,核酸沉淀还能去除部 分杂质与某些盐离子,有一定的纯化作用。
• 另外,SYBR Gold作为一种新的超灵敏荧光染料,可以从琼脂糖凝胶中检出低于20pg的双链DNA。
2.纯度鉴定
(1)紫外分光光度法:紫外分光光度法主 要通过A260与A280的比值来判定有无蛋白 质的污染。在TE缓冲液中,纯DNA的A260 /A280比值为1.8 ,纯RNA的A260/A280比 值为2.0。比值升高与降低均表示不纯。
名称 聚肌胞苷酸(聚肌胞)
腺苷三磷酸(ATP) 核酸-氨基酸混合物 辅酶A(CoA) 脱氧核苷酸钠 腺苷一磷酸(AMP) 鸟苷三磷酸(GTP) 辅酶Ⅰ(NDA) 辅酶Ⅱ(NADP)
主要核酸类药物及用途
治疗范围 干扰素诱导物,具有广普抗病毒作用;用化学合成、酶促合成方法生 产 用于心力衰竭、心肌炎、心肌梗死、脑动脉和冠状动脉硬化、急性脊 髓灰质炎、肌肉萎缩、慢性肝炎等 用于气管炎、神经衰弱等 用于动脉硬化,白细胞、血小板减少,肝、肾病 用于放疗、化疗引起的急性白细胞减少症 有周围血管扩张作用、减压作用;用于静脉曲张性溃疡等 用于慢性肝炎、进行性肌肉萎缩等症 用于白细胞减少及冠状动脉硬化 促进体内物质的生物氧化
研究目的对核酸的完整性、产量、纯度和浓度有不同的要求。 ➢ 近年来,试剂盒(Kit)的开发与自动化仪器的使用大大提高了分离与纯化的效率。
选择原则
根据具体生物材料的性质与起始量、待分离核酸的性质与用途而采取不同的方案。 无论采取何种方法,都应遵循总的原则: 保证核酸一级结构的完整性, 尽量排除其它分子的污染,保证核酸样品的纯度。
有抗放射作用,能改善机体虚弱疲劳;与细胞毒药物合用,能提高细 胞毒药物对癌细胞的选择性作用;与红霉素合用,能降低其毒性,提 高抗癌疗效 推动正常RNA分子在基因水平上通过对癌细胞DNA分子进行诱导,或 通过反转录酶系统促使癌细胞发生逆分化,如:可用于肝炎治疗的抗 乙肝iRNA,治疗肺癌的抗肺癌iRNA 相对分子质量较小,含有多核苷酸、多肽化合物,Mr<10000;它只 传递细胞免疫信息,无体液免疫作用,不致促进肿瘤生长,治疗恶性 肿瘤比较安全;亦可用于治疗肝炎等
1.DNA的保存
(二) 核酸的保存
DNA溶于TE缓冲液中在-70 ºC可以储存数年。当TE的pH值为8.0 时,可以减少DNA的脱氨反 应,pH低于7.0 时DNA容易变性。
EDTA作为二价金属离子的整合剂,通过螯合Mg2+、Ca2+等二价金属离子可以抑制DNA酶的 活性。
低温条件有利于减少DNA分子的各种反应,双链DNA因结构上的特点而具有很大的惰性,在 4 ºC条件下可保存较长时间。
冰浴冷却 离心去细胞碎片 上
清液
用水饱和苯酚抽提2~3次 上层液相用氯仿抽至界面无蛋白变性物 上层液相用两倍体积冷乙醇沉淀 沉
淀物用70%冷乙醇洗涤,干燥 溶于缓冲液 加入RNase处理除去RNA
苯酚氯仿抽提 沉淀干燥
EDTA:破坏细胞膜,螯合Mg2+、Ca2+,使DNase失活; SDS:可破坏细胞膜、抑制核酸酶,还可使核酸从蛋白质上游离下来; 蛋白酶K:非特异性蛋白酶,可将蛋白质消化成氨基酸; 65℃:高温下裂解细胞,使染色体离析,蛋白变性,释放出核酸; 冰浴:降低温度使蛋白质及多糖杂质沉淀;
(2)荧光光度法:用溴化乙锭等荧光染料示踪 的核酸电泳结果可用于判定核酸的纯度。由于 DNA分子比RNA大许多,电泳迁移率低。通过分 析以溴化乙锭为示踪染料的核酸凝胶电泳结果, 可以鉴定DNA制品中有无RNA的干扰,亦可鉴定 在RNA制品中有无DNA的污染。
3.完整性鉴定
凝胶电泳法:以溴化乙锭为示踪染料的核酸凝胶 电泳结果可用于判定核酸的完整性。基因组DNA的分 子量很大,在电场中泳动很慢,如果有降解的小分子 DNA片段,电泳图呈拖尾状。完整总RNA除特征性 的三条带外,一般28sRNA的荧光强度约为18sRNA的 2倍,否则提示有RNA降解。若在加样槽附近有条 带,说明有DNA污染。
的活性。
(二) 核酸的分离与纯化
利用核酸与其它物质在一个或多个性质 上的差异设计有效方案,才能使核酸得以分 离。核酸与其它物质的差异包括细胞定位与 组织分布上的差异、物理化学性质上的不同 以及各自独特的生物学特性。
1. DNA分离纯化过程
破碎细胞 + DNA抽提液(EDTA、去污剂、蛋白酶K) 65℃温育20’