核酸分离纯化技术
(五)核酸制剂的保存
分离提取到的核酸制品在保存过程中要防止变性和降 解。因此,溶解核酸的溶液必须含有螯合剂以抑制 DNA酶,溶液的pH为7~8,防止酸碱变性,同时该 溶液要有一定的盐浓度,因为在纯水中核酸双链(或双 链区)的两条链上磷酸根负离子互相排斥,使双链分开 而变性,Na+等正离子可中和磷酸根的电负性,保持双 链结构。现在较普遍是将DNA溶于TE溶液(10 mmol/L Tris, 1 mmol/L EDTA, pH 8.0),
1.酚抽提法
酚和氯仿是蛋白质变性剂,当它们与含核酸和蛋白质的水 溶液一起振摇时形成乳状液,蛋白质充分接触氯仿和苯酚而变性, 与核酸分开。离心后分为两相,一般上层为含有核酸的水相,下 层为有机相,相界处则是变性凝聚的蛋白质层。
用有机溶剂处理核酸溶液时,既要使水溶液与有机溶剂充分 接触,又要注意防止剪切力对DNA的破坏。
-20℃保存。而RNA则通常溶于DEPC水中。
(六)核酸制剂纯度的初步鉴定
纯净的核酸制品在260 nm波长处有吸收高峰,230 nm为吸收低谷。
核酸 的紫 外吸 收曲 线
纯度: A260/A280 :双链DNA为1.8,而RNA为2.0。 含量:
50×A260样本×稀释倍数/1000=双链 DNAug/ul 40×A260样本×稀释倍数/1000=单链 DNA/RNA ug/ul 33×A260样本×稀释倍数/1000=单链 寡聚核苷酸ug/ulDNA
3. 加入EDTA(0.25mol/l)至终浓度为0.1mol/l (计算为0.25×X=0.1(1+X)约取0.25mol/lEDTA 600~700ul轻轻混匀后,0℃处理10min。充分抑制 DNA酶的活性,再加入SDS或(蛋白酶K)溶液至终浓度 为10g/l,混匀,于37℃裂解30min,94℃裂解1min。 该步骤为裂解细胞膜:裂解胞膜可以用蛋白酶K,由 于蛋白酶K价格较高,所以常用SDS(胞膜双脂层。SDS 为十二烷基磺酸钠,为一种表面活性剂,能破坏双脂层) 常配制的SDS为100g/l,加入时据体系中的总体积进行 计算(100x=10×1.8,x=180ul→200ul±) 4.在37℃裂解后,呈现为高粘稠性半透明溶液,将试管内 的裂解液分装在两个1.5mlEP管中,约0.7ml±。取其 中一管进行下一步试验,加入等体积的酚:氯仿:异戊醇 (25:24:1)抽提(由黄色变为乳白色),于12000 转/min离心10min,将上层水相抽一入另一个EP管中, 重复上述抽提一次,吸取上层水相于另一个EP管中,加入 等体积的氯仿:异戊醇=24:1,抽提一次,操作同前
多数生物体的RNA分子是单链线状。而且, 不同类型的RNA还有不同的结构特点。如 真核生物mRNA多数有PolyA尾巴。至于 病毒、类病毒所含的DNA和RNA分子则形 式多样,有双链线状、双链环状、单链线 状、单链环状等。无论DNA还是RNA,在 体内都形成一定的高级结构。
分布:
真核生物的DNA主要存在于细胞核中,只有 约5%在线粒体、叶绿体等细胞器中。RNA 则75%左右存在于细胞质中,约15%在细 胞器中,约10%在核中。原核生物DNA集中 在核质区,RNA分散在细胞质里。细胞质各 种RNA中,以rRNA的数量最多(约占5%), tRNA其次(15-20%),mRNA最少(15%)。
PH4-10,避免酸碱对核酸的磷酸二脂键的破 坏
3, 5-磷酸二酯键
3.减少物理因素对核酸的降解
温度:
最适温度 4℃
防止机械剪切力的作用:
基因组DNA:分子细长,容易受到机械剪切 力的作用而断裂,所以机械剪切作用是分离 DNA时的主要危险。
操作时动作必须轻缓,搅拌时要 温和, 避免让DNA溶液通过狭窄的 孔道 。在提取缓冲液中加入蔗糖或山 梨糖醇等增加溶液的渗透压。 提取分子量较小,结构又很紧 密的DNA,如小的细菌质粒 超螺旋DNA等时,机械剪切 力的威胁较小,操作时可不 必过于谨慎
基因诊断的特点: 高度的特异性 高度的灵敏性 实现早期快速诊断 被检测基因不一定活化,可检测表达差异基因。 基本技术: (一)核酸分子杂交 (二)聚合酶链反应(PCR) (三)单链构象多态性检测 (四)限制酶酶谱分析 (五)DNA序列测定 (六)DNA芯片技术
有机溶剂处理以去除蛋白质的次数视蛋白质的含量和制剂纯 度要求而定,一般要处理到中间变性蛋白质层消失为止。
2.表面活性剂法
破细胞时所用的SDS等阴离子去污剂除了可 以溶解膜蛋白和脂肪外,还可解聚核蛋白。 3.蛋白酶水解法 用蛋白酶水解去除蛋白质的方法比较温和, 可避免剪 切力的破坏。
(三)核酸的沉淀
4.防止核酸的生物降解
核酸酶直接破坏核酸一级结构,必须抑制其活 性 对于DNA酶: 大多数DNA酶作用时需要二价金属离子,如 Ca2+, Mg2+等。因此只要加入EDTA(乙二胺 四乙酸),螯合剂就可以基本上抑制DNA酶的 活力。
对于RNA酶: 其具有高稳定性,抗酸抗碱,具很广的pH作用范围, 抗高温严寒(0~65℃均具有活性)。而该酶作用时不需 要二价金属离子,故用螯合剂无法抑制其活力。 无所不在的RNA酶:
沉淀核酸时的温度、所需时间以及沉淀后 离心的速度和时间,取决于核酸分子的大小, 浓度以及有无助沉淀物存在。核酸分子越小、 浓度越稀,沉淀时所需温度越低,时间也越长, 离心时要求速度高、时间长。
(三)核酸的洗涤
离心沉淀得到的核酸一般还要用70% 的乙醇洗涤以去除盐分及一些小分子的杂 质,真空抽干或室温晾干后溶于适当的溶 液中。
3.化学破碎法
通过各种化学试剂对细胞膜的作用使细胞破碎的方
法,称为化学破碎法。常用的化学试剂有甲苯、丙
酮、丁醇、氯仿等有机溶剂和Triton,Tween等表
面活性剂。 4.酶促破碎法 通过细胞本身的酶系或外加酶制剂的催化作用,使细 胞外层结构受到破坏,而达到细胞破碎的目的。
(二)核蛋白的解聚和蛋白质的去除
油菜叶片总RNA的非变性电泳( A )和甲醛变性电泳( B )结果
二.分离纯化核酸时的注意事项 要得到具有生物活性的核酸大分子, 在分离时必须避免核酸变性,并尽可能保 持分子的完整性,避免降解。因此,要注 意下列事项:
1.尽量简化操作步骤,缩短提取过程,以 减少变性降解的机会。
2.减少化学因素对核酸的降解
酚/氯仿/异戊醇混合液配制 氯仿为挥发性有机溶剂,可使蛋白质变性,加 入氯仿可以: 1.减少酚的用量; 2.使蛋白质变性更为彻底; 3.同时可抑制核酸酶的活性。 异戊醇可消除抽提时有机相和水相之间产生的 气泡,有利于分层。 通常按酚∶氯仿∶异戊醇=25∶24∶1比例将 三种试剂混合,要求用时临时配制。
1.收集细胞
2.破碎裂解细胞(或细胞器) 3.解聚核蛋白并去除蛋白质
4.沉淀核酸并去除其他杂质(纯化)。
(一)破碎细胞
1.机械破碎法
通过机械运动所产生的剪切力的作用使细 胞破碎的方 法,称为机械破碎法。
2.物理破碎法
通过温度、压力、声波等各种物理因素的作用使组 织细胞破碎的方法,称为物理破碎法。物理破碎法多用 于微生物细胞的破碎。 常用的物理破碎方法有: ①温度差破碎法:利用温度的突然变化,细胞由于热胀 冷缩的作用而破碎。
基因诊断技术
基因诊断 (gene diagnosis) 是利用分子生物学及 分子遗传的技术和原理,在DNA水平分析基因的存 在、鉴定疾病所涉及基因的置换、缺失或插入等突 变,以诊断各种感染性疾病和遗传性疾病,进行肿 瘤分子水平的研究。 主要技术及过程 分离、扩增待测的DNA片断 基因探针的制备和标记 区分或鉴定DNA的异常
(四)核酸的浓缩
如果核酸溶液中DNA含量低,体积较大,不易 进行乙醇沉淀时,可采用固体聚乙二醇吸水浓缩 法或正丁醇抽提浓缩法进行浓缩。 固体聚乙二醇吸水浓缩法:将待浓缩的DNA溶 液装入透析袋中,在透析袋外加适量的固体聚乙 二醇,使DNA脱水达到浓缩效果。 正丁醇抽提浓缩法:利用部分水分子可分配于有 机溶液中,使溶液的体积减少,有机溶剂则不吸 取溶液中的DNA和其盐类分子。
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主要所需的试剂及消耗品:
• TES溶液 • 蔗糖-TES溶液 • 溶菌酶(50mg/ml) • EDTA溶液(0.25mmol/ml) • SDS溶液(10g/l) • 饱和酚:氯仿:异戊醇(PH8.0) • NaAc(3mol/l) • 无水乙醇,70%的乙醇
实例: 原核生物(大肠杆菌)基因组DNA的分离纯化 过程 1. 吸取已培养好的大肠杆菌液体5.0ml于中号 试管中,4000转/min离心15min,弃去上清, 加入一定体积的TES液,洗菌体1~2次,如上 述方法收集菌体,将培养细菌的一些营养物的 清洗干净。 2. 弃去TES液后,管底菌体大约200ul±,加 入五倍体积的预冷蔗糖-TES液约1ml,在冰浴 中充分混匀,加入溶菌酶(50mg/ml)至终 浓度1mg/ml,(计算方法, 50×x=1×1,x=0.02ml)充分混匀后,在 0℃处理15min 该步骤作用为破坏细胞壁,为了防止酶的变 性,需低温处理,同时加EDTA抑制DNA酶。
该法简单易行,但效率不高,需反复几次才能达到预
期的效果。
②压力差破碎法:通过压力的突然变化,使细胞破碎。
常用的有高压冲击、突然降压及渗透压变化等方法。
如红血球在纯水中会发生破壁溶血现象。
③超声波法:超声波是破碎细胞或细胞器的一种有效手 段,且一次处理的量较大。该方法的主要缺陷是超声 空穴局部过热引起的生物大分子的变性,所以超声振 荡处理的时间应尽可能短,容器周围以冰浴冷却处 理,尽量减小热效应引起的酶的失活。
第二节 酚-氯仿抽提法分离基因组DNA
酚/氯仿抽提DNA的原理