简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种基于PCR技术的分子标记技术，用于检测DNA序列中的重复序列。

这些重复序列通常由几个到几十个核苷酸组成，并且在基因组中以串联的形式重复出现。

SSR标记的原理是利用PCR技术扩增这些重复序列，并通过凝胶电泳或毛细管电泳检测扩增产物的大小，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。

SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等优点，因此在遗传学、基因组学、进化生物学和遗传育种等领域得到了广泛应用。

例如，SSR标记可以用于研究物种的遗传多样性、亲缘关系和系统发育，也可以用于基因定位和分子标记辅助育种。

在SSR标记的应用中，通常需要设计特定的引物来扩增特定的重复序列。

这些引物可以通过已知的基因组序列或EST序列来设计，也可以通过生物信息学的方法来预测和设计。

在PCR扩增后，可以通过凝胶电泳或毛细管电泳来分离扩增产物，并通过一些特定的软件来分析扩增产物的大小和数量，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。

此外，SSR标记还可以用于法医鉴定、亲子鉴定和人类遗传学研究等领域。

例如，通过检测犯罪现场遗留的DNA样本中的SSR标记，可以确定犯罪嫌疑人的身份或亲缘关系。

在人类遗传学研究中，SSR标记可以用于研究人类基因组的遗传多样性和进化历程。

总之，简单重复序列标记是一种重要的分子标记技术，在多个领域得到了广泛应用。

随着技术的不断发展和完善，SSR标记的应用前景将更加广阔。