纯合型家族性高胆固醇血症家系基因型与表型分析(全文)家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia,FH)是一种常染色体显性遗传病,致病基因主要包括编码低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor,LDLR)、载脂蛋白B(apolipoprotein B,ApoB)、前蛋白转化酶枯草溶菌素9(proprotein convertase subtilisin kexin-9,PCSK9)和低密度脂蛋白受体衔接蛋白1(low density lipoprotein receptor adaptor protein 1,LDLRAP1)基因,其中LDLR 基因突变最为常见[1,2,3]。
根据基因型FH分为杂合型(heterozygous familial hyperlipidemia,HeFH)和纯合型(homozygous familial hyperlipidemia,HoFH),HoFH患病率约为1/(16万~100万),未经治疗青少年期即可发生冠状动脉粥样硬化性心脏病,甚至猝死[4],属于严重的罕见病,2018年被列入国家第一批罕见病目录。
本研究对2018年10月于西安市儿童医院确诊的1例LDLR-E140K基因纯合突变的HoFH患儿及其家系进行遗传学及基因型与表型分析。
对象和方法一、对象前瞻性研究。
选择西安市儿童医院心内科2018年10月确诊的HoFH 先证者及其家系共20人为研究对象,本研究经西安市儿童医院伦理委员会批准同意(20190023),研究成员均签署了知情同意书,14岁以下由家长签署知情同意书。
HoFH诊断标准依据2014年欧洲动脉粥样硬化协会(European Association of Atherosclerosis,EAS)HoFH管理指南,基因诊断标准[5]:LDLR、ApoB、PCSK9和LDLRAP1基因检测到明确的2个突变位点;临床诊断标准:治疗前低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL-C)>13 mmol/L或治疗后LDL-C>8 mmol/L,并且10岁之前出现皮肤或肌腱黄色瘤或父母LDL-C水平与HeFH一致。
二、方法1.临床资料:收集病史、体格检查、心肌酶、肝肾功能、心电图、超声心动图,血脂测定包括总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇(high density liptein cholesterol,HDL-C)、LDL-C、甘油三酯(triglyceride,TG)、载脂蛋白A1(apolipoprotein A1,ApoA1)、载脂蛋白B(apolipoprotein B,ApoB)。
2.基因组DNA提取和基因突变分析:采集先证者及家系成员外周血各3 ml,用外周血基因组DNA提取试剂盒(北京天根)提取基因组DNA。
将先证者的基因组DNA送至北京信诺百世医学检验所进行全外显子组的靶向捕获二代测序,采用生物信息分析软件sortingintolerant from tolerant(SIFT)、polymorphism phenotyping V2(PolyPhen2)及Mutation_Taster进行变异致病性预测分析,依据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)于2015年发布的"序列变异解读标准和指南"评估变异的致病性[6]。
对二代测序所分析出的候选基因突变位点在家系内进行Sanger测序验证,300名汉族正常人为对照。
对发现的变异进行家系成员基因型表型分析。
三、统计学处理采用SPSS 13. 0统计学软件进行数据处理,正态分布的计量资料采用±s表示,组间数据比较采用两独立样本t检验,以P<0.05为差异有统计学意义。
结果一、临床特点先证者男,7岁10月龄,因"生后尾骨处皮肤黄色突起,双侧肘关节、膝关节、踝关节皮肤多个黄色瘤样结节4年"于2018年8月就诊于西安市儿童医院心内科门诊。
患儿生后尾骨处皮肤可见圆形绿豆大小黄色皮肤突起,3~4岁时原有皮肤突起较前变大,双侧肘关节、膝关节伸侧面及双侧跟腱处皮肤亦逐渐出现直径0.5~1.5 cm的黄色瘤样结节(图1A),随年龄增长不断增大、增多,当地医院皮肤科诊断"黄瘤病",先后3次对肘关节、膝关节及指间关节处黄色瘤给予激光清除,病理检查提示黄瘤病,术后局部瘢痕形成,随后长出新的黄色瘤。
多次血脂检查示总胆固醇18.16~21.24 mmol/L,LDL-C 14.08~15.51 mmol/L,患儿身高、体重、及智力发育与同龄儿相同。
父母为近亲婚配,患儿父亲外祖父(Ⅱ-5)和患儿母亲祖父(Ⅱ-9)为同胞兄弟,家系图见图2。
家族其他成员无类似皮肤黄瘤。
图1 家族性高胆固醇血症患儿临床特征和超声学检测结果A:大体图示双侧膝关节多发黄色瘤;B:颈总动脉超声示动脉内膜增厚和粥样硬化斑块(箭头);C:超声心动图示主动脉瓣关闭不全舒张期血液反流(箭头);D:超声心动图示主动脉瓣增厚及回声增强钙化斑(箭头)图2 家族性高胆固醇血症家系图体格检查:体温36.5 ℃,呼吸20次/min,脉搏98次/min,血压96/62 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa),体重28 kg。
发育正常,营养中等,双眼眼球活动自如,结膜、巩膜正常,角膜透明。
胸部对称无畸形,双肺呼吸音稍粗,未闻及干湿啰音。
心前区无隆起,心尖搏动正常,心前区无震颤,无心包摩擦感,叩诊心界正常,心律齐,心音有力,各瓣膜区未闻及明显杂音。
腹平软,肝、脾肋下未及。
脊柱四肢无畸形,双侧肘部、双侧膝关节、双侧踝关节、骶尾部可见多发结节状黄色瘤及激光术后疤痕,无压痛,各关节活动自如;神经系统检测无异常。
实验室及辅助检查:肝肾功能、心肌酶、心电图均未见异常。
颈部超声提示双侧颈动脉及椎动脉弥漫性硬化斑块(图1B),心脏超声心动图提示主动脉瓣增厚、钙化伴少量反流(图1C、图1D);冠状动脉未见明显粥样斑块。
眼底检查正常。
二、家系基因突变分析高通量测序示先证者携带LDLR基因第4外显子c.418G>A纯合突变(图3A),导致LDLR第140位谷氨酸被赖氨酸替代(p. E140K),命名为LDLR-E140K,纯合突变分别来自患儿父母,二人携带相同的LDLR 基因c.418G>A杂合突变(图3B、图3C)。
LDLR-E140K为人类基因突变数据库(human gene mutation database,HGMD)收录的高胆固醇血症患者中检出的已知突变。
该突变未在千人数据库中收录,人类外显子组整合数据库(Exome Aggregation Consortium,ExAC)记录其频率为0.000 02。
生物信息分析软件SIFT、PolyPhen2及Mutation_Taster均预测该变异有害,依据ACMG于2015年发布的"序列变异解读标准和指南"评估为致病性变异[6]。
家系中Ⅲ-15、Ⅳ-17、Ⅳ-18携带LDLR-E140K基因杂合突变。
注:NCBI为美国国立生物技术信息中心;箭头所示为突变位点图3 家族性高胆固醇血症先证者全外显子高通量测序及父母验证结果A:先证者LDLR基因存在c.418G>A(p.E140K)纯合突变;B:先证者之父(Ⅳ-5)Sanger验证结果示LDLR基因存在c.418G>A (p.E140K)杂合突变;C:先证者之母(Ⅳ-14)Sanger验证结果示LDLR基因存在c.418G>A(p.E140K)杂合突变三、基因型与表型分析家系基因型和血脂检测总结见表1。
根据2014年EAS的HoFH诊断标准,先证者携带LDLR-E140K基因纯合突变,治疗前LDL-C>13 mmol/L,并且10岁之前出现皮肤及跟腱黄色瘤。
故基因和临床均符合HoFH诊断,由于2个等位基因为相同变异,故为真HoFH。
患儿父母及家系中患儿外祖父Ⅲ-15、患儿舅父Ⅳ-17、Ⅳ-19携带LDLR-E140K基因杂合突变,且均LDL-C<13 mmol/L,故基因和临床诊断为HeFH。
先证者HoFH临床表型重,确诊时已经出现心血管损伤,颈动脉、升主动脉内膜增厚及粥样硬化,主动脉瓣增厚及钙化,并出现主动脉关闭不全表现。
治疗上给予低脂饮食、体育锻炼生活指导,考虑患儿已经出现早期心血管病变,给予双重滤过胆固醇血浆置换联合口服普伐他汀钠药物治疗,血浆置换术每2~3周1次,已治疗10个月,患儿病情平稳。
患儿父亲出现角膜环,双侧颈动脉硬化并斑块形成,家系中其他HeFH患者尚未发现动脉粥样硬化以及冠状动脉粥样硬化性心脏病表型。
HeFH与未携带突变家系成员血脂参数比较,HeFH患者总胆固醇、LDL-C和ApoB明显高于未携带突变成员(野生型)(P均<0.05,表2)。
讨论LDLR基因突变是FH最为常见的致病基因,目前已经确定1 000多个突变位点,包括错义突变、移码突变、缺失突变等[7,8,9]。
本研究家系的先证者父母为近亲结婚,且均携带相同杂合LDLR-E140K基因突变,临床及基因诊断均符合HeFH,先证者携带纯合LDLR-E140K基因突变,多次检查LDL-C>13 mmol/L,且出生时即有皮肤黄瘤病,3~4岁大关节区开始出现黄色瘤,临床及基因诊断符合HoFH,且基因型为真HoFH。
家系中除了先证者为HoFH外,发现5个成员为HeFH,所有HeFH 家系成员LDL-C均升高,患儿父亲出现角膜环和主动脉内膜增厚,其他HeFH尚未发现心血管病变。
未携带LDLR-E140K基因突变的家系成员,总胆固醇、LDL-C、ApoB均正常,基因型表型分析确定LDLR-E140K基因突变在本家系中存在共分离现象,为致病性变异。
LDLR-E140K基因突变在HGMD数据库和ClinVar均有报道(https:///clinvar/variation/251213),但都是在FH队列研究的基因筛查中发现,共15例,未进行家系研究,本研究家系中先证者的纯合LDLR-E140K基因突变经过权威机构查新为首次发现。
由于HoFH患儿从出生起就暴露在高水平的LDL-C环境中,动脉粥样硬化疾病的发生发展从出生即开始[2,10]。
儿童HoFH属于严重的罕见病,表型的严重程度取决于残留的LDLR活性,活性越低表型越严重。
已有功能研究表明,LDLR-E140K基因突变导致LDLR活性减低。
Rubinsztein等[11]通过分子克隆实验证实LDLR-E140K基因突变可导致MnlⅠ酶切位点消失,Webb等[12]通过体外功能实验证实该变异降低LDLR的活性。