1. 以锌为例,说明金属离子在金属酶中所起的两种以上作用。
锌离子作为催化中心
以人的碳酸酐酶B为例。
人碳酸酐酶B负责催化CO2的可逆水合,含有一个Zn2+,由His93、His95、His117侧链咪唑环的N配位结合。
Zn2+的第四个配位位点催化位点,通常由水分子或含羧基离子结合,在发挥催化功能时,配位的水发生电离,带负电的氧进攻CO2的C,进而发生后续的反应。
需要说明的是利用X射线分析脱锌碳酸酐酶,发现其结构与正常碳酸酐酶相同,但完全丧失了催化活性,说明锌离子只有催化中心的功能。
锌离子对蛋白结构的稳定作用
以非洲爪蟾的TFⅢA蛋白为例。
该蛋白是一个转录因子,调控非洲爪蟾的5S RNA转录。
该蛋白靠近N端处有9个连续的具有一定保守性的序列,每个序列都能通过其中的两个Cys 和两个His结合Zn2+。
天然的TFⅢA蛋白能够特异地识别并结合一段45bp的DNA序列,并保护其不受核酸酶降解,如果使用螯合剂去除其中的Zn2+,则这种特异地结合将会消失,外加Zn2+可以恢复特异性。
CD谱也证明没有Zn2+存在时蛋白缺乏完整性,加入Zn2+后CD谱的变化说明蛋白结构得以重建。
锌离子对酶活性的调节作用
以亮氨酸氨基肽酶为例。
亮氨酸氨基肽酶从N端开始水解肽链,当N端为亮氨酸时具有最大的活性。
在亮氨酸氨基肽酶中有两个锌离子,向正常的酶中加入过量Mg2+和Mn2+,可以提高酶活,而向脱锌氨基肽酶中加入Mg2+和Mn2+则不能恢复酶活。
这说明两个锌离子有不同功能:对活性有无其决定作用的锌离子不易被交换;而对活性起调节作用的锌离子容易与其他离子交换,改变酶活。
有研究证明两个锌离子在底物结合及催化过程中有不同功能。
2. 顺铂的吸收过称和抗癌机理
以二氯二氨合铂为例。
顺铂通过静脉注射进入人体,在血浆中以两种形式存在:一类是其本身和水解产物;另一类是与蛋白质结合的形式。
在水溶液中,顺铂中的氯离子可以和水分子进行交换,这一过程由溶液的pH和氯离子浓度决定。
包括血浆在内的细胞外液中氯离子浓度高,大部分顺铂为原始形态。
不带电的顺铂原形和部分水解物具有合适的油水分配系数,能够容易的穿透细胞膜,或者通过与蛋白结合进入细胞。
进入细胞的顺铂在低氯离子浓度下水解,产物主要为[PtCl(OH)(NH3)2]、[Pt(OH)2(NH3)2] 、[Pt (OH)(H2O)(NH3)2]+。
顺铂的主要靶分子是DNA。
液相的顺铂与DNA反应会形成很多加合物,最主要的形式是和鸟苷及腺苷的加合。
鸟苷是顺铂的首选结合分子,X射线晶体分析证明配位原子是鸟苷的N7,进入细胞的顺铂的一个配体首先被鸟苷的N7取代。
腺苷由于结构与鸟苷类似,配位原子也是N7。
而利用寡聚核苷酸与顺铂作用发现,顺铂倾向于与同一条核苷酸单链上相邻的两个鸟苷结合,配位原子都是N7,顺铂两个氨配体上的氢则和鸟苷的O6及单链5’端的磷脂基团形成氢键,这种链内加合会导致DNA的扭曲。
另有研究发现,在pH中性溶液中,鸟苷的N1由于受配位顺铂的影响可能脱去质子然后与另一顺铂配位,形成链内的N1、N7交联,阻碍GC间的氢键。
3. 以血红蛋白、Cyto C和过氧化氢酶为例说明辅基在不同蛋白中的功能。
血红蛋白
血红蛋白中的血红素的作用是可逆地结合氧分子。
由于游离的血红素容易被水和氧氧化为高铁血红素,失去载氧能力,因此血红素被放置在血红蛋白的一个疏水区以防止铁的氧化。
血红蛋白中的铁离子在未结合氧分子时处于高自旋态,在结合氧分子后变成低自旋态拥有较小的半径,能更深地嵌入卟啉环平面,拉动与之相连的His,引发蛋白质亚基的变构,最后促进其他卟啉环与氧分子的结合。
细胞色素C
细胞色素C的功能是传递电子,其中的辅基是血红素C,与血红蛋白相比,其化学环境有以下不同。
第一,细胞色素C中的铁离子不要直接接触电子传递链上的其他物种,因此在细胞色素中,铁处于六配位,配位原子之一是S,由于S更倾向与二价铁离子结合,可能对蛋白氧化还原电位有影响。
第二,由于不需要改变蛋白结构来调节活性,细胞色素C中的血红素也通过两个乙烯基与蛋白中的Cys共价结合。
第三,血红素是一个两亲分子,卟啉环自身是疏水的,而其上的侧链却有亲水的。
在血红蛋白中,血红素的卟啉环埋在蛋白的疏水内核中,而亲水侧链暴露在外,而在细胞色素C 中却是两个丙氨酸侧链埋在疏水内核,卟啉环暴露在外,这种构造有利于电子通过卟啉环的共轭体系传递,同时也防止丙氨酸电离造成整个蛋白氧化还原电位的改变。
过氧化氢酶
过氧化氢酶催化H2O2的歧化,其辅基也是血红素C,但其中的铁离子为三价,五配位。
围绕血红素辅基有一个氨基酸残基围成的通道,通道开口为亲水残基,而在深处辅基周围为疏水残基。
过氧化氢酶的催化机理尚未完全确定,在目前的机理中,辅基周围的His74、Asn147以及和铁离子配位的Tyr375。
His74及Asn147对过氧化氢直接接近辅基有阻碍作用,在His74的作用下,过氧化氢分解为一个水分子和一个氧自由基,后者立即与Fe结合,卟啉的共轭体系也许有利于稳定这一自由基,辅基周围的疏水残基也有利于排除生成的水分子,防止氧自由基与之反应。
第二个过氧化氢分子经过类似的反应产生第二个氧自由基,它与Fe上的氧自由基结合形成氧分子。
4. 为何[Co(NH3)6]3+能代替[Mn(H2O)6]2+与RNA结合,但却不能代替[Mn(H2O)6]2+与蛋白质分子结合。
[Co(NH3)6]3+的logβ6高达35.2,极为稳定,做一个比较常用螯合剂EDT A与Co的logβ为36。
Co的六配位是八面体,线性的RNA与之交换配体有空间限制,最终交换的配体可能会是1到3个。
但是想要代替[Mn(H2O)6]2+在蛋白质中的位置就可能需要一次性替换5到6个配体,这是极为困难的。
5. (1)为何稀土离子与钙离子、铁离子性质相似。
(2)AlF4-与PO43-性质相似,为何?(3)预测VO43-的生物作用。
(1)钙离子Pauling半径为0.99,铁离子为0.64,而3价稀土离子的半径在1.1-0.85之间,Sc为0.68,半径相近。
这些离子电荷较多,都属于硬酸,也都能形成6配位的配合物,故性质相似。
(2)AlF4-与PO43-都是四面体构型,且离子体积相近,因此性质相近。
(3)VO43-与PO43-都是四面体构型,离子体积相近,在pH=7.4的生理条件下,二者均是质子化的,钒的主要形式是H2 VO4-,磷是HPO42-,可以说VO43-是PO43-的类似物、竞争剂。
VO43-可以和PO43-竞争磷酸盐传递蛋白、磷酸水解酶和磷酸转移酶的活性位点。