校企合作，互利共赢，追求卓越东南大学——深圳华大基因研究院国家级工程实践教育中心建设谢建明、汪丰、林海音东南大学生物科学与医学工程学院南京 2014.12.14汇报提纲1.合作背景和建设过程2.中心的重点建设内容3.中心的主要建设成果4.总结2 2014-12-141. 合作背景和建设过程☐产业背景☐东南大学生物科学与医学工程学院简介☐深圳华大基因研究院简介☐东大—华大合作基础☐工程实践教育中心建设过程3 2014-12-141.1 基因组产业背景☐150年前孟德尔提出基因决定性状的理论☐60年前沃森和克里克提出DNA双螺旋结构，生命科学进入分子生物学阶段☐50年前生物技术进入应用，转基因药物、作物等☐25年前实施人类基因组计划，2003年完成，生命科学的研究进入组学和系统生物学时代☐5年前个体化医学的概念开始应用，基因诊断、基因指导用药已有临床应用☐基因组产业的形成，极大需要生物信息学人才⏹人才缺乏、自身需求增加、人才流失(互联网，通讯等)4 2014-12-141.2 东南大学（SEU）☐学校积极推进“卓越计划”☐生物医学工程学科在评估中排列前茅☐始终积极探索生物医学工程专业人才培养⏹1988年：工医双学位生物医学工程专业⏹2000年：生物医学工程本硕联读（七年制）⏹2007年：创新人才培养模式示范区⏹2008年：国家特色专业⏹2011年：生物信息学专业招生5 2014-12-141.3 深圳华大基因研究院（BGI）☐科研+服务+产业三位一体发展☐全球化发展战略，超常规跨越式发展⏹全球第一的基因组测序中心⏹香港、美洲、欧洲及日本, 遍布全球☐1999年在北京成立，2007年到深圳企业化运作，高速发展☐基因科技造福人类⏹立足高通量、低成本的组学大平台和高性能计算平台⏹华大科技、华大医学、华大健康、华大农业…6 2014-12-142014-12-147宣讲人：华大基因2010.10.2615年来，发表30余篇Nature、Science！在世界顶端学科杂志上发表文章数百篇！1.4 东南大学关注人才培养☐人才培养质量⏹培养方案，企业培养方案；⏹企业教师团队；⏹授课方式，考核方式，成绩评定；⏹实践过程，毕业设计☐学生管理⏹不适应的退出机制；⏹食宿条件，业余文化生活⏹人身安全8 2014-12-141.4 华大基因关注人才和成果☐为企业创造价值⏹学生能力，素质；☐知识产权，成果归属☐技术保密等9 2014-12-141.5 中心建设过程☐2010.01：联合制定培养方案，草签协议⏹SEU-BGI卓越工程师教育计划培养方案⏹SEU-BGI卓越工程师教育计划企业培养方案⏹SEU-BGI卓越工程师教育计划学生管理协议⏹SEU-BGI卓越工程师教育计划联合培养协议☐2010.03：选拔首批9人赴BGI学习⏹培养模式：2.5+1.5⏹选拔方式：学生报名，企业来校笔试+面试；10 2014-12-142009年华大基因谈合作办学事宜11 2014-12-142010.07：正式签署联合培养协议12 2014-12-142011年华大领导来校交流进一步合作事宜13 2014-12-142012年获批建设东大-华大基因国家级工程实践教育中心14 2014-12-142012年6月中心建设第一次会议（东大）15 2014-12-142012年10月中心建设第二次会议（华大）16 2014-12-142013年3月、10月中心建设中期检查17 2014-12-142014年7月中心建设交流18 2014-12-142. 中心的重点建设内容☐指导思想与建设目标⏹依托SEU及BGI的互补性优势，建立校企联合培养的人才培养体系⏹中心与国内高校开展广泛合作，通过课程资源建设、开放平台建设以及管理制度建设等，建立开放共享的工程实践教育平台⏹培养专业基础扎实、技术全面、视野开阔、思维活跃，具备较强的工程研究、实践和创新能力，工程组织领导能力，以及国际竞争能力的基因组学与生物信息学领域精英人才，服务于中国生物技术产业的发展19 2014-12-14重点建设内容☐管理制度建设☐培养方案（课程体系）建设☐开放平台建设☐课程资源建设20 2014-12-142.1 组织机构建设及运行机制☐顾问委员会：⏹主任：郑家茂，副主任：杨焕明、张继文☐教学指导委员会（专家委员会）⏹主任：BGI， 副主任：BGI，SEU☐中心管理办公室，负责中心日常运行和管理⏹主任：BGI，副主任：SEU，BGI⏹秘书：SEU，BGI☐每年召开2次中心建设工作会议，总结中心建设工作，讨论制定工作计划21 2014-12-14出台的相关政策文件、规定BGI的人才培养由华大基因学院负责☐《华大基因学院联合培养本科生管理办法》☐《华大基因学院研究生管理暂行办法》☐《华大基因学院关于研究生毕业论文的若干规定》☐《华大基因学院教学工作管理办法》☐《华大基因内部教师管理制度》☐《华大教学培训学分制管理办法》☐《华大基因学院教师聘任管理办法》☐《华大基因学院教师教学质量评估办法》22 2014-12-142.2 培养方案（课程体系）建设☐课程学习体系（2.5+1.5模式）⏹2.5年在SEU学习，包括通识课程，大类基础课程和专业主干课程，以及相对应的实验课程⏹1.5年在BGI，工程实践为主，辅于与实践相结合的理论学习☐围绕生命科学和产业发展的大目标，体现大科学、大数据、大产业的“贯穿”思路，开展系统的课程规划和建设☐以讨论式、案例教学为主，充分利用网络平台，课程资源开放共享。
23 2014-12-141.5年的企业培养方案24 2014-12-14基础类课程（3-4个月）⏹“大目标、大资源与大产业”模块（大科学综合）☐（7门）生物产业行业概论、创新理论、大产业案例分享、大民生与新生物经济、大资源、华大之路、大科学技术引导下的大平台管理⏹“大科学与大数据”模块（生物信息学）☐（8门）数据挖掘、数理统计、遗传学与进化、系统生物学、实战案例分析、大科学设计、生物信息学手册、计算机基础知识25 2014-12-14基础类课程☐“大技术与大平台”模块（基因组学）⏹(7门)基因组平台、细胞生物学、分子生物学平台、蛋白质组学平台、代谢组学平台、微生物学平台、动物模型平台☐“大工程与大应用”模块（生物工程）⏹(9门)：微量与自动化、DNA工程、蛋白质工程、基因组在（健康、农业、环境、海洋、生物制造、科研）中的应用，肿瘤基因组学与个体化医学26 2014-12-14能力提升类课程依次设计不同难度级别的考核模块（关卡），提供有针对性的培训和自学资料，依托华大经典项目实现全贯穿和大综合，在实战中培养和选拔人才。
27 2014-12-14科学的考核评价及分流机制☐3个月后，中心从课程成绩、项目组评价等方面对学生进行考评，对于优秀学生，将进入导师制培养阶段，由华大导师全程跟踪培养☐对于普通学生，可选择进入项目组实习，或者选择退出联合培养☐对于不合格学生，将进行淘汰☐完善的综合考评及反馈机制☐导师遴选及考核评价体系28 2014-12-14企业培养环节实例企业项目（含毕业设计）：至少参与完成2个项目时间项目任务成果2010.5.1~ 2011.12.3 1Optical mapping用于基因组组装研究完成三株细菌的Opticalmapping图谱；完成山羊Optical mapping物理图谱辅助组装文章2010.7.1~ 2011.1.15基于单细胞测序的五种癌症研究负责信息分析部分专利；Cell文章2011.3.1~ 2011.6.30基于微流控技术的稀有细胞分选技术研发项目负责人专利，文章2014-12-14292.3 开放平台建设☐已在BGI建成中心网络学习平台，在企业建设2间录播教室，作为中心教学管理及学生管理辅助工具，录制积累企业教学课程，建设精品课程☐在SEU建立学习平台的镜像服务器，服务校内☐截止2014年7月，共录播13门课程58个课件，平均课程时长1:45。
30 2014-12-142.4 校企共建和共享课程建设2014-12-1431序号课程名称属性光碟数课程负责人学时1系统生物学东大-华大共享2014年（13张）倪鸣402基因组学概论东大-华大共享2013年（2张）2014年（4张）杨焕明micheal403大科学设计东大-华大共享13年（1张）王俊404动植物基因组研究共享开放14年（6张）方晓东405基因组学-大数据大科学大产业东大-华大共享13年（2张）14年（1张）汪建406生物统计学在生物信息中的应用共享开放13年（5张）李松岗402.5 师资队伍建设☐企业导师⏹华大基因学院目前设有学术委员会、内部教师及科研导师认证体系☐杨焕明、汪建、王俊、李松岗、张秀清、 LarsBolund、董伟、祁鸣、王文⏹准备建设华大基因教师内部职称评定体系及华大基因学院教师聘任制度☐授课教师47人，技术导师（项目组内指导老师）70人☐学校导师队伍32 2014-12-143. 中心的主要建设成果☐3.1 中心软硬件建设取得阶段成果⏹形成一整套较为完善的管理制度⏹明确了学生在企业的培养方案和课程体系，并与学校的培养方案相接轨⏹课程建设已步入正轨，完成了6门共享课程的建设⏹建成中心网络学习平台，并在企业建设了2间录播教室，为下一步的共享课程建设或慕课建设和使用创造了条件⏹完成教学论文一篇，递交国际交流IIIS conference2012并参加交流。
33 2014-12-14Cooperative Education Modelfor Biomedical EngineeringProgram: A Case Study inSoutheast University andBeijing Genomics InstituteIIIS conference，201234 2014-12-143.2 学生培养成果☐进入中心的人数：⏹5届本科生（34人），3届研究生（10人）⏹目前在企业：本科生10人，硕士研究生3人⏹2014年生物信息学专业15人去华大进行3个月的暑假实习，目前有4人进入创新班继续在华大学习☐中心逐步辐射接收包括华南理工、华中科技大学等13所高校约300余学生，“2.5+1.5”或“3+1”模式☐发表高水平文章、专利发明、软件注册35 2014-12-14东大学生共参与发表科研论文38篇（其中CNNS文章11篇），共参与专利申请30项，软件发明1项。
其中，侯勇同学参与发表文章6篇，作为第一作者发表文章3篇，总影响因子为158.825，其中有2篇发表在Cell上。
2014-12-1436学生发表的科研论文优秀成才快速成长☐2人成为华大科研体系的责权单元负责人（类似PI）⏹侯勇同学负责华大基因科技内圈单细胞操作责权单元，共13人，包括博士1人、硕士4人、本科8人。