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随机引物标记探针

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例:PKU产前诊断
Ⅰ 1 Ⅱ 1 2 正常探针 突变探针 2
Ⅱ2进行产前基因诊断 结果分析Ⅱ2为正常个体
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四、Northern blot
是指DNA-RNA分子杂交,应用特异性基 因探针分析基因的转录水平。 1、原理及步骤:提取 T、Cell 总 RNA ↓ 提纯分离mRNA ↓ 琼脂糖凝胶电泳分离RNA ↓ 转移至硝酸纤维素膜 ↓ 杂交检测
第二节
分子杂交及相关技术
分子杂交,标记的探针DNA变性后与变性后的 靶DNA/RNA通过碱基互补配对结合,形成杂种 分子的过程 。 分子杂交包括:DNA-DNA杂交,DNA-RNA杂交 及蛋白杂交等。 分子杂交的目的就是运用特异的探针鉴定 复杂的靶DNA中同源的DNA片段。
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双链probe或DNA解链,主要取决于: 1.链的长度:链越长,需要的 能量多才 能解链; 2.碱基成分:GC含量高,较难变性; 3.化学环境:单价阳离子稳定双链,甲酰 胺,尿素破坏双链
(三)等位基因特异性寡核苷酸探针杂交,
AS质已完全明确,可 以合成ASO探针。探针通常为20bp左右,标记后用于杂交 检测。 检测点突变时一般需合成两种探针: 设计:正常探针 5’-AGT-3’ 与正常基因序列杂交 稳定而不与突变基因杂交; 突变探针 5’-AAT-3’ 与突变基因序列杂交 稳定而不与正常基因杂交; PCR技术可结合ASO,即PCR-ASO技术,以ASO探针检测 扩增后的产物——突变基因检测。
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二、探针的标记
将探针标记上一种标识物以便杂交后检测。 常用于标记探针的标识物: 同位素:32P , 35S , 3H-dNTP等; 非同位素:地高辛-dNTP ,生物素-dNTP。 常用的标记方法:

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1、缺口平移法 (Nick Translation)

原理及过程: 反应体系中DNA酶I随机在探针DNA上打开缺口,然 后利用DNA聚合酶I 5’ → 3’外切酶活性,在缺 口处按5’→ 3’方向切除单核苷酸;同时DNA聚合 酶I有5’ → 3’的聚合酶活性,在缺口处3’端加入 底物中的单核苷酸,弥补缺口处的核苷酸链。随 着反应的进行底物中被标记单核苷酸,并被随机 掺入。DNA聚合酶I的两种作用交替进行,探针即 被标记。

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随机引物标记探针
DNA
32p-dNTP,Bio-Dntp 6bp primer
Klenow,dNTP 变性-复姓
3` 5` 5`
5` 3`
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一、DNA杂交常用的方法
(一).Southern blot
1975年,英国科学家Southern首创,是指DNA-DNA杂交,是经典的基因 分析方法。
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(二)特异探针的来源


1、基因组 探针: 从已建立的 基因组 中筛选和分 离所需的目 的基因。 克隆 扩增 大量的 DNA探针
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DNA 克隆
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2、cDNA probe :从已 构建的cDNA 中筛查 和分离目的基因探针。
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3、寡核苷酸探针
根据已知基因序列,人工合成一段互补的DNA片段。 一般长约15~50个bp。多数探针的制备都通过分子 克隆的方法获得。 克隆(clone):是指用无性繁殖的方法获得同一个 体、细胞或分子的大量复制品。
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West Blot
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Nick Translation
DNA 32P-dNTP Bio-dNTP
OH
dNTP ,DNA酶I, DNA聚合酶I p
OH+
P
P
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2、随机引物法(6核苷酸引物标记法)
原理及过程:利用E.coli DNA聚合酶I的 Klenow亚单位,合成含有标记核苷酸的DNA链。 Klenow具有5’→ 3’聚合酶活性。 被标记的DNA(探针)变性成单链,引物与模 板结合。在Klenow的催化下,以引物3’端为 起点,沿模板3’ → 5’方向合成DNA新链。反 应体系中含有标记的dNTP,随机掺入新合成的 DNA链中,探针即被标记。
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一、杂交探针的获得
是指一段目的基因或DNA/RNA片段特异杂交的 核苷酸序列。 Probe可以是整个基因,或是基因的一部分, 是DNA,也可以是RNA。

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(一)制备特异性探针所需要的基 本条件
1.被检基因结构清楚; 2.有明确的基因产物; 3.已知某一基因产物对表型的反应或缺少某 一基因对表型的反应。 具备以上条件之一就可以制备特异性基因探 针。
鉴定核酸序列的简便方法。 1、原理及步骤:提取T、Cell DNA ↓ 点样品至膜、干燥、固定 ↓ 探针、DNA变性、杂交 ↓ 洗膜、放射自显影 ↓ 结果分析
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DNA 样品
点样
Probe-32P
检测 2、应用: 1)混合样品DNA鉴定 2)基因缺失检测 3)基因表达分析
A B 1 2 3 4
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Norther Blot
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2、应

用:
(1).检测mRNA长度分子量大小(依电泳迁 移率估计); (2).mRNA的含量,即基因表达高低。(密 度扫描仪,定量分析)
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五、Western blot
是蛋白水平检测,研究基因表达与功能的一种方法。 原理及步骤: T or cell ↓ 提取蛋白 聚丙烯酰胺凝胶电泳,分类蛋白 (SDS-PAGE )↓ 转移(印迹)于硝酸纤维素膜 ↓ 加抗体检测某种特异性蛋白质
1、原理和步骤:
提取T 、Cell DNA 限制酶消化 DNA片段 电泳分离 变性转移至尼龙膜 变性、杂交 洗膜、放射自显影、结果分析
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Southern Blot
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2、应
用:
(1)基因组结构分析: 如缺失、插入、倒位等的检测 (2)RFLP连锁分析
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(二).斑点杂交 (dot and slot hybridization)
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