1、Halite metagenome taxonomic and functional analyses
Key finding/Data from figures
A community dominated by Archaea (71%) and also composed of Bacteria (27%) and Eukarya (1%).
•
1998年
• 1998年，生产DNA测序仪的最大厂家Perkin-Elmer(简称PE)公司与文特尔领导的 基因研究所合作成立了塞莱拉（Celera）遗传信息公司，并宣布他们将利用最新技术在 3年内完成人类基因组的测序工作，这使得该计划处于一种公私竞争的状态，从而加快
了人类基因组的研究步伐。
2000年
“想搞清楚微生物如何影响人和地球的健康，需要启动一 个《国际微生物组计划》”2015年10月29日的《自然》周 刊刊登了德国、美国和中国的三位科学家的建议，他们分 别是德国马普海洋研究所的 Nicole Dubilier教授、美国夏 威夷大学的Margaret McFall-Ngai教授和中国上海交通大 学的赵立平教授。 白宫科学与技术政策办公室（OSTP）在5月14日表示， 在多家国立机构的帮助下，这项斥资1.21亿美元的“国家 微生物组计划”（NMI, National Microbiome Initiative ） 将尝试在未来两年中绘制并研究这些微生物的组合。 未来几年中，除联邦机构外，美国数十所大学与研究机 构也将加入NMI，它们在当天白宫召开的微生物组计划会 议上承诺，将在这个领域投入4亿美元。在4年的时间里对 发展中国家的营养和病虫害防治项目进行研究，还有一些 研究机构将聚焦微生物在癌症治疗和海洋微生物学等科目 中所扮演的角色。
1990
2000
2010
人类基因组计划的研究概况
1986年
美国病毒学家R·杜尔贝科（1914－）1986年3 月7日在美国《科学》杂志上发表了一篇题为《癌 症研究的转折点——人类基因组的全序列分析》的 文章，他指出：“人类DNA序列是人类的真谛，这 个世界上发生的一切事情，都与这一序列息息相 关。”该文后来被称为“人类基因组计划”的“标 书”。
1950
1960
1970
1980
Chemical degradation method by Whitfield (1954)
Developmen t of Sanger Sequencing (1977)
Invention of Applied Invention Biosystems of Solid System Capillary (2007) Invention of Sequencer Illumina (1996) Genome Invention of Analyzer Invention of 454 GS 20 System Automated Sequencer (2006) Fluorescent (2005) Sequencer (1985)
The functional composition of the halite metagenome
Key finding/Data from figures
Of the genes involved in carbon metabolism, only 8% were allocated to autotrophic CO2 fixation Calvin–Benson cycle (CB) was the only pathway for autotrophic CO2 fixation
2001年
•
2001年2月12日，参加绘制人类基因组图谱的美、英、日、法、德、中6国科学 家公布了更加准确、清晰、完整的人类基因组图谱，并指出人类基因总数只有 3 ~ 3.5 万个,编码序列占2%。
•
2001年7月10日，中国“人类基因组计划”重大项目秘书长杨焕明教授宣布：在 人类基因组完成图的绘制工作中，中国已率先超额（1.13%）完成所承担的任务。
嗜盐古菌基因组研究现状
报告人
目录
CONTENTS
Background
PART ONE
Current situation
PART TWO
Paper
PART THREE
Reference
PART FOUR
Thanks
End
Background
PART ONE
测序技术简史
chemical degradation method by MaxamGilbert method (1977) Invention of Heliscope single molecular sequencer
Key finding reported/Data from figures
Main conclusions
Discussion/Gaps in the work/Work remained
Main point
Main point
· Endolithic communities harbor low diversity because of the extreme nature of their natural environment and, as such, provide unique model systems to investigate the ecology of native microbial assemblages
1988年
•
1988年美国能源部和国家卫生研究院率先在美国开展人类基因组计划，并经国会 批准由政府给予资助。此后，成立了一个国际间的合作机构——人类基因组织 (Human Genome Organization)，由多个国家筹集资金和科研力量，积极参加这一 国际性研究计划。
1989年
•
1989年，美国国立卫生研究院成立 了人类染色体研究中心，沃森出任第 一任主任。
Genus
Species
17 34%
95
41% 135 59%
33 66%
有全基因组
无全基因组
有全基因组
无全基因组
Paper
PART THREE
1 2
Main points
Doubts from introduction
3 4
5 6
Background information/Aim of the work
Current situation
PART TWO
NCBI
132
Status
Domain
Archaea
Bacteria
Number of genus
12 24% 55 23 46% 24%
Number of species
90 39%
15 30% 85 37% Halobacteriales Haloferacales Natrialbales
1990年
• 1990年，美国国会批准了“人类基因组计划”，并于10月1日正式启动，由多国科学 家参加、被称为“生命科学阿波罗计划”的人类基因组计划正式启动。预计用15年时间， 投资30亿美元，完成 30 亿对碱基的测序，并对所有基因进行绘图和排序。美国承担了 全部任务的54%，英国33%，日本7%，法国2.8%，德国2.2%。 中国于1999年9月加入人类基因组计划并承担了 1% 的测序任务。
· Sequenced the pooled metagenome of a microbial
community associated with halite nodules
Key finding/ Data from figures
Main point Doubt Background/aim Key finding
Background information/ aim of work
Main point
Doubt
Background/aim
· To unravel the community functional adaptations and the interactions between community members
•
2000年6月26日，美国国家人类基因组研究所所长弗朗西斯·柯林斯、塞莱拉公司 的董事长兼首席科学家克莱格·文特尔、美国总统克林顿、英国首相布莱尔联合宣布人 类基因组工作草图绘制成功。此后，人类基因组研究进入绘制“完成图”的阶段。与 “框架图”相比， “完成图”的覆盖率从90％扩展到100％，准确率从99％上升到 99.99％。
Invention of Single molecule real time(SMRT) DNA sequencing Invention of personal genome machine Invention of optical mapping system
Invention of Nanopore single molecular sequencing (Oxford Nanopore corporation)
Halobacteria represented the majority ，Archaea (90%) with a small representation of
Nanohaloarchaea (2%).
Most bacteria belonged to the Salinibacter and genera (63%) Cyanobacteria
· What change does it make to adapt hyper-arid and hyperhaline environment?
Background information/ aim of work