输入化学名
将化学成分英文名（compound）输入网上数据库 (.hk/LSP/tcmsp.php）查找Related targets
Mol ID
复制该信息 到excel
N/A不要
将每个成分（compound）查找到的Related targets 逐个复 制到excel中（后栏为N/A则弃去）
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 （/uniprot/）找蛋白编号（ID） （单个查询）
huma n
蛋白编号
星号文件
对应名称
huma n
蛋白编号选择黄色星号文件、对应名称、人源
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 （/uniprot/）找蛋白编号（ID）
点击通路 作用靶点
找寻代谢组学中的差异性标志物关联的蛋白靶点 （b.csic.es/mbrole2/analysis.php）
代谢物KEGG号
一般选择HMDB或KEGG; 也可以全部选上
选择 点击
不同数据库来源，前面靶点有 重复项 ，excel进行筛选
（批量查询）
化合物靶点名称 或
Uniplot号
将Related targets(化合物靶点)内容输入治疗靶点数据库 （/uniprot/）找蛋白编号（ID）Βιβλιοθήκη （批量查询）蛋白编号（ID）
蛋白名称
下载文件
将蛋白编号（ID）excel表
将蛋白编号（ID）txt文件
CAS号
其二, 利用Mol ID号在excel文件（03_Info_Molecules[成分 名]或1、merge--Mol ID-原始）中查找化合物靶点名称
化合物靶点名称
蛋白ID
其二, 利用Mol ID号在excel文件（03_Info_Molecules[成分 名]或1、merge--Mol ID-原始）中查找化合物靶点名称，整合 成自己所需的excel文件
若以上方法均找不到靶点则以网站pharmmapper做靶点预测 网址（/pharmmapper/submit_file.php）
其中筛选出的靶点数据SCORE大于4
Mol2文件 邮箱地址 随意命名
以网站pharmmapper做靶点预测中fit（即score）大于4
+号为和 ；号为或 英语符号 不能有空格
疾病特异性药物靶标分析软件 V1.0（含使用说明）
导入化学成分-蛋白靶点 uniprot的TXT文件
生成文件 （disease_networ
k.xgmml） 生成文件
（drug_target_dis eases.xgmml）
将drug_targe络药理学分析
通过中草药综合数据库（TDT，.tw/）获 取何首乌化学成分结构
此外还可以在文献中选取成分加入做预测
将成分复制到excel中
（其一）,将化学成分英文名（compound）输入网上数据库 (.hk/LSP/tcmsp.php）查找Related targets
将筛选出的蛋白号输入网站（所里的网连接不上，用手机联网） （https:///summary.jsp）
输入蛋白号
将筛选出的蛋白号输入网站 （https:///summary.jsp）
通路查询 点击
将数据复制粘贴到EXCEL中
化合物 名称
蛋白编号
注意格式：间距
人类基因和基因表型综合数据库(OMIM， /)可用软件Create network（疾病特 异性药物靶标分析软件 V1.0）替代
疾病特异性药物靶标分析软件 V1.0（含使用说明）
输入疾病英文名 药物靶标TXT文件
图片瘦身（变好看）
分析过程中，一个用于筛选 出点击靶点，一个用于关联
相邻靶点
更换背景为黑色
网络图布局优化
Ctrl+delete 可删除边缘点
经CentiScaPe 1.2对网络中所有点的拓扑参数（Degree、 Betweenness centrality和Closeness centrality）进行分析
若查找不到Mol ID 则使用网站 （/）查找该化合物的其它名称
若查找不到Mol ID 则使用网站 （/）查找该化合物的其它名称
其它名称
其它名称
将其它名称或 CAS号输入 . hk/LSP/tcmsp. php查找靶点
网络图布局优化
点击 Layout→Apply Preferred Layout（图 6），优化已导入的网络图，结果如图 8 所示，其中 ▲（红色）为药物/成分，●（天蓝色）为药物/成分靶标，●（黄色）为疾病靶标，●（玫 红色）为与靶标存在相互作用的蛋白质，■（黄色）为药物/成分直接作用的疾病靶标
点，需导入 uniprot网站查
询蛋白
Excel数据处理，找出（Degree、Betweenness centrality和 Closeness centrality）三个拓扑参数值均大于中位数均值的2倍或1 倍（degree要大于2倍）的靶点作为药物治疗疾病的重要靶点蛋白
假如与代谢组学关联 则不需要卡这一步
获取数据导入excel
选择显示 内容
选择不同 表达类型
选择不同 形状
导出数据CSV
导出的对应 文件
导出图片（都选择最大值，图片才清晰）
导出数据CSV文件
Excel数据处理，筛选出黄色靶点中的直接作用靶点和间接作 用靶点
黄色 即为作用
靶点
直接作用 靶点
间接作用 靶点
这些靶点中除自 己筛选的成分靶 点外包含疾病靶