《2011急性胆道系统感染的诊断和治疗指南》
慢性胆囊炎
慢性胆囊炎的病原菌主要来源于肠道的逆行感染，致病菌主要与肠道细菌一致，主要以革兰氏阴性菌为主，以大肠埃希菌为主，其他的还有不动杆菌、奇异变形杆菌等。
脆弱拟杆菌等厌氧菌
腹腔、盆腔感染
念珠菌属
免疫缺陷（如中性粒细胞减少症），广谱抗菌药物，免疫抑制剂应用，静脉留置导管，胆道、腹腔、尿道引流管，严重烧伤创面感染等
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
《2007血管内导管相关感染的预防和治疗指南》
感染性心内膜炎
感染性心内膜炎的常见致病菌主要为革兰氏阳菌，其中以草绿色链球菌最为多见，还可见需氧的革兰氏阴性杆菌、真菌等。如果患者存在人工瓣膜置入，也可能存在真菌感染的高危因素。
支扩合并感染
支气管扩张合并感染常由定植菌感染引起，常见致病菌为：流感嗜血杆菌和铜绿假单胞菌，其他革兰氏阳性菌如肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌也可定植患者的下呼吸道。
《2012成人支气管扩张症诊治专家共识》
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
结合既往细菌培养的结果，同时满足以下4条中的2条。存在铜假单胞菌的高危因素：1）最近住院史；2）经常（每年4次）或最近3个月使用抗菌药物；3）病情严重（FEV1＜30%预计值）；4）使用糖皮质激素者。选择能够覆盖铜绿假单胞菌的抗生素。
CAP
患者为青壮年，既往体健，肺部感染常见的致病菌为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌，另外肺炎支原体及衣原体等不典型致病菌亦常见。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
患者为老年人，合并多种基础疾病，来自社区考虑为社区获得性肺炎，常见的致病菌为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、需氧革兰氏阴性杆菌、金葡菌、卡他莫拉菌等。
肺炎链球菌
社区获得性肺炎
大肠埃希菌
尿路感染，腹腔、胆道感染，生殖系统感染
克雷伯菌属
下呼吸道感染，腹腔、胆菌
下呼吸道感染，人工呼吸装置，泌尿生殖系统，腹腔、胆道感染
不动杆菌属、铜绿假单胞菌等非发酵菌
医院获得肺炎，人工呼吸装置，复杂性尿路感染，留置导尿管，烧伤创面感染
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
脑脓肿
化脓性脑膜炎常见致病菌主要为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌等。在选择抗生素时要考虑抗生素穿透血脑屏障的能力。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
患者是颅脑外伤术后继发的感染，选择的抗生素应该考虑覆盖肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、需氧革兰氏阴性杆菌（包括铜绿假单胞菌）等。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
《2014成人感染性心内膜炎预防、诊断和治疗专家共识》
腹腔感染
腹腔感染的致病菌通常为肠杆菌科细菌、肠球菌和拟杆菌属等厌氧菌的混合感染。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
急性胆囊炎
急性胆道感染的常见致病菌主要以革兰氏阴性菌为主，常见的是大肠埃希菌、铜绿假单胞菌及肺炎克雷伯菌，少部分是革兰氏阳性菌感染，主要是粪肠球菌、屎肠球菌及表皮葡萄球菌，同时还可能合并厌氧菌感染，主要是脆弱拟杆菌。
被收治普通病房的社区获得性肺炎患者，社区获得性肺炎常见致病菌为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、混合感染（包括厌氧菌）、需氧革兰氏阴性杆菌、金葡菌、肺炎支原体、衣原体的等不断性致病菌。
患者被收治ICU，尚无铜绿假单胞菌感染的高危因素，社区获得性肺炎常见的致病菌为：肺炎链球菌、需氧革兰阴性杆菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌等。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
急性感染性腹泻
病毒性腹泻常见致病菌为轮状病毒，诺瓦克样病毒，肠型腺病毒等。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
痢疾常见致病菌为志贺菌属。
抗生素相关性腹泻主要是艰难梭菌。
另外，尚有其他的细菌和寄生虫引起的腹泻。
细菌性脑膜炎
细菌性脑膜炎常见的致病菌为脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌、B族链球菌、葡萄球菌属、流感嗜血杆菌等。
如果脑脊液引流出脓性物质，除了还应注意存在厌氧菌的可能。
血流感染
病原
感染源及可能的入侵途径、诱因
金黄色葡萄球菌
外科伤口，蜂窝织炎，疖，烧伤创面感染等
革兰氏阳性菌是主要的病原体。常见的致病菌有表皮葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、肠球菌等。
静脉留置导管，体内人工装置等
肠球菌属
尿路感染，留置导尿管，腹膜透析伴腹膜炎，泌尿生殖系统手术或操作后
ICU常见感染相关病种及可能致病菌
疾病
常见致病菌
参考文献
AECOPD
常见的病原菌为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和卡他莫拉菌，其次为铜绿假单胞菌、肠道阴性菌、金黄色葡萄球菌和副流感嗜血杆菌等，非典型致病菌如肺炎衣原体亦是AECOPD加重的危险因素。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
《慢性阻塞性肺疾病急性加重(AECOPD)诊治中国专家共识(2014年修订版)》
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
肺脓肿
肺脓肿常见的致病菌为肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肠杆菌科细菌及厌氧菌（主要为口腔厌氧菌）等。
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
泌尿系感染
急性单纯性尿路感染的主要致病菌为大肠埃希菌
《2014抗菌药物临床应用指导原则》
《泌尿系感染诊断治疗指南》
复杂性尿路感染仍以发颤该细菌为主，可为肠球菌属、变形杆菌属、克雷伯菌属、铜绿假单胞菌等。
患者被收治ICU，存在铜绿假单胞菌感染的高危因素，社区获得性肺炎常见的致病菌为：肺炎链球菌、需氧革兰阴性杆菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌等。
HAP
HAP常见的病原菌大多为耐药菌，除上呼吸道感染常见的致病菌外，不除外铜绿假单胞菌，耐甲氧西林金葡菌（MRSA），肠杆菌科细菌，军团菌，厌氧菌等细菌的感染，结合药敏结果，故选择的抗生素应给能够覆盖上述致病菌。
院内获得性尿路感染的致病菌可为葡萄球菌属、念珠菌属。
尿路结石相关的复杂性尿路感染，大肠埃希菌和肠球菌较少见，而变形杆菌和假单胞菌则较常见
尿脓毒血症的主要致病菌以革兰氏阴性菌为主，常见大肠埃希菌、变形菌属等，毒力更低的细菌如肠球菌、凝固酶阴性葡萄球菌或铜绿假单胞菌也可以引起尿脓毒血症。
细菌性前列腺炎
多为大肠埃希菌或其他肠杆菌科细菌，少数可为淋病奈瑟球菌或沙眼衣原体，慢性患者可见肠球菌属和葡萄球菌属。