Shotgun法序列拼接
Low Base Quality
Single Stranded Region
Sequence Gap
Consensus
Mis-Assembly (Inverted)
拼接错误：Repeat的存在
我们能干什么？

测序之前全是生物学问题。 测序之后就全形式化是计算机问题。 天然的形式化：ATCG 核心问题：
第二部分：测序流程
1。什么是测序？

确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法：


在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如 ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基） ddX的两个作用：

可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接

电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖
Sanger第一步：加入复制终止剂
电 泳 ， 看 谁 跑 得 快
荧光检测探头
Sanger第二步：荧光检测
Shotgun测序




DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌 中扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测 序的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进 行扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序
基因组测序流程介绍
中科院计算所生物信息学研究组 华大－曙光生物信息学联合实验室 卜东波 2001/10/07
第一部分：基础知识
1。细胞的结构（真核和原核）
2。细胞核中的染色体
3。染色体＝DNA＋相关蛋白质
4。DNA的双螺旋结构
5。碱基互补：A/T C/G
6。DNA复制
7。什么是基因组？




DNA:两条互补链。由ATCG四个字母（碱 基）形成的字符串。 RNA:单链结构。由AUCG四个字母（碱基） 形成的字符串。 蛋白质:一条或多条肽链。每个肽链是由 20种氨基酸形成的长链，即20个字母 （氨基酸）形成的字符串。 翻译：每3个碱基翻译成一个氨基酸。
10。DNA上的基因
11。什么是电泳？
全自动的测序仪器：MegaBace
DNA整体
切ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 小段
小段和载体结合
结合后进行测序
Shotgun测序（2）——
还没有完！拼接！！！





因为整个基因组太长（上M),而每次只能 测得一个500的小片断(read) 问题：如何根据read恢复原始顺序？ 类比：10本圣经，都从随机点起始剪成 500个字母左右的小纸条，问：给你这么 一堆小纸条，你能读出圣经来吗？ 转成图论问题：Hamilton和Euler路径 但是都会拼错！


在凝胶一端小槽中放入荧光标记的DNA 片断，两端加电压，短DNA片断跑得快， 长DNA片断跑得慢。 测序时需要区分长度只差一个碱基的片 断
12。什么是PCR?


DNA体外扩增方法的一种，能够将很少 的试样（比如只有罪犯的一滴血），扩 增成完全相同的无数拷贝。 每PCR一轮，扩增两倍 1-2-4-8-16…

任何一条染色体上都带有许多基因，一 条高等生物的染色体上可能带有成千上 万个基因，一个细胞中的全部基因序列 及其间隔序列统称为genomes（基因 组）。
8。什么是基因？

DNA上具有特定功能的一个片断，负责 一种特定性状的表达。一般来讲，一个 基因只编码一个蛋白质。
9。DNA RNA与蛋白质



字符串比对：两个字符串的距离 拼接问题 蛋白质结构预测：如何从一维预测三维结构？
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