水杨酸（SA）的合成来自于不同的前体和路径：一个是在细胞质中以苯丙氨酸为合成前体的莽草酸途径/苯丙氨酸解氨酶途径（phenylalanine ammonia lyase pathway）；另一个则是在叶绿体中进行的异分支酸途径（isochorismate synthases pathway）[1]。

但在多数植物中发现莽草酸途径是SA合成的主要路径。

莽草酸的转化产物苯丙氨酸，经过苯丙氨酸解氨酶（PAL）合成反式肉桂酸，后再转化为香豆酸或苯甲醛。

香豆酸可直接转化为SA，苯甲醛需先转化为苯甲酸（BA），在苯甲酸羟化酶（BA2H）的作用下才能转化为SA[2]。

Serino等人发现细菌SA生物合成通过异分支酸合酶（sochorismate synthase，ICS)使分支酸异构化为异分支酸，再经过异分支酸裂解酶(isochorismate pyruvate lyase，IPL)合成SA。

在拟南芥中发现有两种ICS基因即ICS1(sid2)和ICS2，通过ICSI(sid2)突变体感染病原体后，叶片中总SA含量只有野生型的5％～10％，这说明其SA可能是通过ICS2或其他途径合成的[3]。

虽然在植物中发现了ICS基因并加以研究，但至今尚未发现存在于植物体的IPL基因，在拟南芥中也未发现编码类似于于细菌IPL蛋白的DNA序列[4]。