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2.理想的分子标记的界定
• 理想的分子标记必须达到以下几个要求： • (1)具有高的多态性； • (2)共显性遗传，即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型； • (3)能明确辨别等位基因； • (4)除特殊位点的标记外，要求分子标记均匀分布于整个基因组； • (5)选择中性（即无基因多效性）； • (6)检测手段简单、快速（如实验程序易自动化）； • (7)开发成本和使用成本尽量低廉； • (8)在实验室内和实验室间重复性好（便于数据交换）。
• 如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你 是否会认为老师的教学方法需要改进？
• 你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？ • 教师的教鞭
• “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我 笨，没有学问无颜见爹娘 ……”
• “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”
1. 广泛使用的分子标记技术比较
标记技术 RFLP RAPD SCAR/CAPS AFLP SSR ISSR STS SRAP/EST IRAP/REMAP SNP
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• 当某个性状（基因）与某个（些）分子标记协同分离
时，表明这个性状（基因）与分子标记连锁。分子标
记与性状之间交换值的大小，即表示目标基因与分子
标记之间的距离，从而可将基因定位于分子图谱上。
分子标记克隆在质粒上，可以繁殖及保存。不同限制
性内切酶切割基因组DNA后，所切的片段类型不一样，
因此，限制性内切酶与分子标记组成不同组合进行研
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2.1 限制片段长度多态性
(RFLP ，Restriction Fragment Length Polymorphism)
• RFLP已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化 和分类的研究。RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内 切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插 入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，这种变化可以通过特 定探针杂交进行检测，从而可比较不同品种（个体）的DNA水平 的差异（即多态性），多个探针的比较可以确立生物的进化和分 类关系。所用的探针为来源于同种或不同种基因组DNA的克隆， 位于染色体的不同位点，从而可以作为一种分子标记(Mark)，构 建分子图谱。
第七章 基因定位和图位克隆
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一、主要分子标记分类
分
DNA杂交为基础
RFLP
子
标
PCR扩增
随机引物
RAPD、AFLP AP－PCR、ISSR
记
为基础
的
特异引物
SSR、STS、SCAR、CAPS SSCP、T
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精品资料
• 你怎么称呼老师？
究。常用的限制性内切酶一般是HindⅢ，
BamHⅠ,EcoRⅠ,EcoRV,XbaⅠ,而分子标记则有几个甚
至上千个。分子标记越多，则所构建的图谱就越饱和。
构建饱和图谱是RFLP研p究pt课的件 主要目标之一。
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❖RFLP标记的特点
1) RFLP标记稳定可靠，检测不受环境条件和发育 阶段的影响。
2) RFLP标记在等位基因间是共显性的 。 3) 在非等位的RFLP标记之间不存在上位效应 。 4) RFLP标记源于基因组DNA自身的变异，在数
是否以PCR为基础 多态性
否
低/中
是
中/高
是
高
是
高
是
高
是
高
是
高
是
中
是
高
是
很高
遗传性
重复性
共显性
高
显性
低
共显性
高
显性
高
共显性
高
显性
高
共显性/显性 高
共显性
高
共显性
高
共显性/显性 高
自动化程度 低 中 中 中/高 中/高 中/高 中/高 中 中/高 高
使用成本 高 低 中 低 低 低 低 低 低 低
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• 通过对PCR产物检测即可检出基因组DNA的多 态性。分析时可用的引物数很大,虽然对每一个 引物而言其检测基因组DNA多态性的区域是有 限的,但是利用一系列引物则可以使检测区域几 乎覆盖整个基因组。因此RAPD可以对整个基 因组DNA进行多态性检测。另外，RAPD片段 克隆后可作为RFLP的分子标记进行作图分 析。
量上几乎不受限制。 ❖ 由于目前RFPL技术仍然昂贵而费力，操作复杂，
而 且 所 需 DNA 样 品 量 大 ， 对 于 涉 及 许 多 个 体 （200以上）的鉴定研究并不可取。
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2.2 随机扩增的多态性DNA (RAPD,Random amplified polymorphic DNA )
纯合体与杂合体的区别，标记本身也大多是完全显
性遗传；
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❖ RAPD技 术假阳性率高 ，在实验条件不很严格 的实验室，假阳性出现的机率更高；
❖ RAPD技术要求DNA纯度较高，对反应条件敏 感，重复性差；
❖对于实验已取得的标记，必须转化成其它类型 的标记，才能实现基因定位与丰富遗传图谱。
EB染色或放射性自显影来检测扩增产物DNA片段的多
态性,这些扩增产物DNA片段的多态性反映了基因组相
应区域的DNA多态性。
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• RAPD所用的一系列引物DNA序列各不相同，但对于 任一特异的引物，它同基因组DNA序列有其特异的结 合位点.这些特异的结合位点在基因组某些区域内的分 布如符合PCR扩增反应的条件，即引物在模板的两条 链上有互补位置，且引物3‘端相距在一定的长度范围 之内，就可扩增出DNA片段.因此如果基因组在这些区 域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变就可能导致这 些特定结合位点分布发生相应的变化，而使PCR产物 增加、缺少或发生分子量的改变。
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❖RAPD的特点：
➢ RAPD技术比RFLP简单，容易掌握。它既克服了同
工酶位点偏少的缺点，又避免了RFLP操作复杂的 弊端，更因其不需使用同位素进行分子杂交，从而 使得一般的实验室亦能操作。
❖ RAPD分子标记多为显性标记，只有少数可发展成
为共显性标记，提供的信息量有限，且掩盖了显性
• RAPD(Random amplified polymorphic DNA ，随机扩增
的多态性DNA) RAPD技术建立于PCR技术基础上,它是
利用一系列(通常数百个)不同的随机排列碱基顺序的寡
聚核苷酸单链(通常为10聚体)为引物,对所研究基因组
DNA进行PCR扩增.聚丙烯酰胺或琼脂糖电泳分离,经