蛋白灰度分析总结
By sssholy 2012-08-26
（stejun@）
蛋白灰度分析软件有：Image-Pro Plus，Quantity One，Image J等~~
但总的来说：
（1
能准确反应蛋白灰度~~
但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域，有一定的主观性，不过蛋白灰度测定本身就是半定量分析-----测量值本身就没有一定标准，不同软件测量值不同，即使相同软件重复测量数值也不一定相同，因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势，测量值相对偏差不大即可~~~
（2）Quantity One 有泳道-轨迹测定法，等高线/手绘选取目的区域测定法等方法。

ⅰ.泳道-轨迹测定法：
过程：先剔除一系列背景，再选择泳道（lane），然后分析条带（band）,最后使用高斯建模得出灰度分析值（Gauss Model trace）
特点：感觉比较科学，重复性好，但十分繁琐，而且有时不能正确反应灰度（我亲测过，亲~~）。

ⅱ.等高线-手绘选取目的区域测定法：通过等高线或手绘选取目的蛋白区域，最简便，但重复性不太好。

（3）Image J 最坑爹~~~，它用魔棒选取区域测定灰度，可是有时很难选中所需区域，而且方法繁琐，不推荐！！
在此，只总结综合性能最好的Image-Pro Plus（IPP）蛋白灰度分析方法~~~~
Image-Pro Plus 分析蛋白灰度教程
说明：目的蛋白的灰度=目的蛋白IOD值/ 相应内参IOD值
1.使用Photoshop剪切出目的区域（只含western bolt条带，如图），保存为
TIFF格式文件。

2.Image-Pro Plus打开文件，剔除背景：
（1）放大镜放大目的区域
（2）M easure---calibration---intensity---options----image,
选择背景最大value值------ok-------ok----system----close
(3) Measure---count/size---measure---select measurements，选择IOD为测量值，调整结果显示方式：Options-label style改为mesurement，选择IOD为显示值。

（4）接下来有2种方法选择目的蛋白区域（即找出AOI，area of interest, IPP核心元件）：魔棒和手绘轨迹法。

魔棒：首选方法，客观科学，适合于蛋白条带轮廓清楚且各蛋白条带不融合
目的蛋白区域）。

手绘轨迹法：主观性较强，当魔棒无法选择单一条带时才使用。

（5）count/size---edit-----convert AOI to object---得出IOD值
（6）若测下一条带，则点NEW AOI按钮，再按以上方法选择AOI
(7) 可以count/size---view---measurement data显示或输出测量值
图示过程如下：
魔棒法：
Or
手绘轨迹法:
得出测量IOD值：
下图显示的即为目的蛋白IOD值
重复测量其他条带：
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