两分钟学习凝胶分析软件BandScan（Step by step ）
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发布日期: 2005-07-02 12:14 文章作者: palmyard
文章编辑: admin
Step by step to BandScan
>>By Palmyard.
按：现在有很多常用的分子生物学软件，但对于初学者，尤其是不太擅长计算机者，使用起来有相当难度。

琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。

后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。

其他的一些情况就可以自己去摸索了，这样学起来很快。

因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。

这个想法在心里很久了，但是一直没有时间付诸实践，的确是因为没有较为空闲的时间。

今天就从BandScan这个软件开始。

由于不是很熟悉制作过程，奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。

BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。

现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。

最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。

1.安装软件BandScan5.0。

主程序可以在网上找到（请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe）。

安装以后加个补丁（如果找不到补丁可以email我*****************，这有4.3、4.5和5.0的补丁，请尽量自己先找一下）。

2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。

双击打开。

3.打开后的界面如图。

.打开一张扫描好的电泳图。

BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片，很方便。

打开工具栏上的file/open tiff，jpg file format，选中待分析的图片。

5.打开。

这时候凝胶图像显示出来。

1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。

旁边有一个图像预览窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。

其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（select rectangle）。

6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角，松开鼠标，划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。

这时，命令框内均变成黑色的（可以操作）。

上面那个undo rect可以取消选框，下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。

本例中均不改动，直接单击accept selected region。

7.出现color to signal selections复选框。

这个是选择信号检测方式，直接用默认的original image，或选择gray scale（灰阶）。

本例中不改动，单击use current image。

8.出现如下分析框。

它是自动转换成灰阶的。

其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。

移动鼠标就可
以看到它的变化。

9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧：）打开工具栏上的band finding/find bands，出现一个让你选择有几条泳道的框selecting number of lanes，我们设置成3道。

10.看，每一个条带都自动被框起来了：）红色+记号是条带的中心位置，兰色竖线是泳道位置。

同时出现了一个复选框select more or select few bands。

可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择
蛋白条带。

拉动左边的滚动条，可以增加或减少条带的数量。

选好后单击ok。

11.现在就可以看看蛋白的表达量了。

打开window/band table。

出现了一个band location的表格。

把它最大化，放到右边。

这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。

12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。

13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。

我表达的融合蛋白约占细
菌总蛋白的29.8%。

我们要的数据就得到了。

自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）
总结：真的只是领进门。

因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。

比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。

比如用手动方式加入未被自动选择的条带，等等。

举个例，我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上，可以用band finding/manually insert a band命令把它们选上。

这时，条带百分数也会随之改变。

这样直观的学习想必是大家都喜欢的吧：一个例子学会一个软件。

我更加希望，有更多的高手可以用这种方式把初学者迅速领进门。

有什么问题，请大家跟帖子或联系我，也希望大家支持我，把这件事情坚持做
下去。