基因工程一名词解释1、限制与修饰系统:限制酶的生物学功能一般被认为是用来保护宿主细胞不受外源DNA的感染,可讲解外来DNA,从而阻止其复制和整合到细胞中。
一般来说,与限制酶相伴而生的修饰酶是甲基转移酶,或者说是甲基化酶,能保护自身的DNA不被讲解。
限制酶和甲基转移酶组成限制与修饰系统。
3、回文序列palindrome:这样的序列呈现为旋转对称,反向重复。
4、切口酶Nicking enzyme:有些限制酶只切割双链DNA中的一条链,产生单链缺口,这种酶称为切口酶。
5、同裂酶 Isoschizomer:识别相同序列的限制酶称同裂酶,但它们的切割位点可能不同。
6、同尾酶Isocaudarmer:许多不同的限制酶切割DNA产生的末端是相同的,且是对称的,即它们可能产生相同的粘性突出末端。
其切割得到的产物可进行互补。
7、位点偏爱Site preferences:某些限制酶对同一介质中的不同位置的同一个识别序列表现出不同的切割效率的现象称为位点偏爱。
8、星星活性Star activity:在极端非标准条件下,限制酶能切割与识别序列相似的序列,这个改变的特殊性称星星活性。
实际上星星活性是限制内切酶的一般性质,任何一种限制酶在极端非标准条件下都能切割非典型位点。
9、Klenow 片段Klenow fragment :Klenow DNA 聚合酶是 E.coli DNA polymerase 经蛋白酶(枯草杆菌蛋白酶)裂解而从全酶中除去 5'--3' 外切活性的多肽大片段,而聚合活性和 3'--5' 外切活性不受影响。
10、反转录酶Reverse transcriptase:即依赖于 RNA 的 DNA 聚合酶,它有 5'--3' 合成 DNA 活性,但是无 3'--5' 外切活性。
它来自 AMV (禽成髓细胞瘤病毒)或 Mo-MLV (Moloney 鼠白血病病毒,又称 M-MuLV)。
11、末端转移酶Terminal transferase:来源于小牛胸腺,是存在于前淋巴细胞及分化早期的类淋巴样细胞内的一种不寻常的 DNA 聚合酶,在二价阳离子存在下,末端转移酶催化 dNTP 加于 DNA 分子的 3' 羟基端。
若 dNTP 为 T 或C ,此二价阳离子首选钴离子;若 dNTP 为 A 或 G,此二价阳离子首选镁离子。
12、连接酶Ligase:催化 DNA 5' 磷酸基与 3' 羟基之间形成磷酸二酯键,将两段核酸连接起来的酶。
13、T4 多核苷酸激酶T4 polynucleotide kinase、:催化 ATP 的γ-磷酸基转移至 DNA 或 RNA 的 5' 末端。
14、碱性磷酸酶Alkaline phosphatase:主要来源于牛小肠(Calf intestinal alkaline phosphatase),简称 CIP 或CIAP,也有来自细菌(BAP)。
催化除去 DNA 或 RNA 5' 磷酸的反应。
15、核糖核酸酶A ribonuclease A或Rnase A:来源于牛胰,为内切核酸酶,可特异攻击RNA上的嘧啶残疾的3’端。
可出去DNA:RNA中未杂交的RNA区,可用来确定DNA或RNA上单碱基突变的位置。
广泛用来除去DNA样品中的RNA.16、脱氧核糖核酸酶Ⅰ(DNaseⅠ):来源于牛胰,是内切核酸酶,可优先从嘧啶核苷酸的位置水解双链或单链DNA。
可用于出去RNA中的DNA。
17、核糖核酸酶H ribonuclease H:是内切核酸酶,特异性水解与DNA杂交的RNA上的磷酸二脂键,产生带有3’羟基和5’磷酸基末端的产物,不降解单链核酸。
dsDNA或dsRNA。
该酶主要用于在cDNA克隆合成第二链之前去除。
18、Ct 值的含义C 代表 Cycle,t 代表 threshold,是:每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数。
19、质粒:是染色体外的遗传因子,能进行自我复制(但依赖宿主细胞编码的酶和蛋白质);大多数为超螺旋的双链共价闭合环状DNA分子(covalently closed circle,cccDNA),少数为线性,大小一般为1—200kb。
20、质粒拷贝数:按照质粒控制拷贝数的程度,可将质粒的复制方式分为严谨型与松弛型。
严谨型质粒在细胞中的拷贝数有限,大约1—几个;松弛型质粒拷贝数较多,可达几百。
21、pMB1质粒的复制并不需要质粒编码的功能蛋白,而完全依靠宿主提供的半衰期较长的酶来进行。
22、质粒的不相容性Plasmid incompatibility:两个质粒在同一宿主中不能共存的现象。
它是指在第二个质粒导入后,在不涉及DNA限制系统是出现的现象。
不相容的质粒一般都利用同一复制系统,从而导致不能共存于同一宿主。
23、标记基因:按其用途可分为选择标记基因和筛选标记基因,选择标记基因用于鉴别目的DNA(载体)的存在,讲成功转化了载体的宿主挑选出来。
而筛选标记基因可用于将携带了外源DNA片段的重组子挑选出来。
24、基因文库(gene library)某个生物的基因组DNA或cDNA片段与适当的载体在体外重组后,转化宿主细胞,并因文库由外源DNA片段,载体和宿主等3个部分组成。
25、基因组DNA文库genomic DNA library:按照外源DNA的来源,可将基因文库可以分为基因组DNA文库和cDNA 文库。
基因组DNA文库是指将某生物的全部基因组DNA用限制内切酶或机械力量切割成一定长度范围的DNA片段,再与合适的载体在体外重组并转化相应的宿主细胞获得的阳性菌落。
26、cDNA文库(complementary DNA library)是由生物的某一特定器官或特定发育时期细胞内的mRNA经体外反转录后形成的,即cDNA文库代表生物的某一特定器官或特定发育时期细胞内转录水平上的基因群体。
27. 载体Vehicle:将外源 DNA 或基因携带入宿主细胞(host cell)的工具称为载体。
具备以下三个必须元件:复制原点、多克隆位点和筛选标记。
28. 质粒不相容性Plasmid incompatibility:利用同一复制系统的两个质粒在同一宿主中不能共存的现象称质粒不相容性,它是指在第二个质粒导入后,在不涉及 DNA 限制系统时出现的现象。
29.α-互补α-complementation:指 lacZ 基因上缺失近操纵基因区段的突变体与带有完整的近操纵基因区段的α-半乳糖苷酶阴性的突变体之间实现的互补。
这两个无酶学活性的产物混合在一起时,可恢复α-半乳糖苷酶的活性。
30.裂解生长状态lytic growth:噬菌体侵染宿主细胞后,大量复制并组装成子代噬菌体颗粒,导致宿主细胞裂解的现象称裂解生长状态。
31. 溶源状态lysogenic state:噬菌体侵染宿主细胞后,将λ噬菌体基因组 DNA 通过位点专一性重组整合到宿主的染色体 DNA 中,并随宿主的繁殖传给子代细胞的现象称溶源状态。
32.感染复数Multiplicity of infection指单个宿主细胞感染的噬菌体颗粒数,等于实验所用的噬菌体与细胞的数量之比。
33.插入型载体Insertion vectors:通过特定的酶切位点允许外源 DNA 片段插入的载体称为插入型载体。
34.置换型载体Replacement vectors:而允许外源 DNA 片段替换载体的非必须 DNA 片段的载体,称为置换型载体。
35.粘粒Cosmid:带有将 DNA 包装到噬菌体颗粒中所需的 cos 序列的质粒。
包括质粒复制起点,可以象质粒一样转化并增殖;包括 cos 位点,可以象噬菌体颗粒一样包装、侵染。
36噬菌粒Phagemid具有 ColE1 复制起点及单拷贝的丝状体噬菌体主要基因间隔区的质粒载体。
此基因间隔区含病毒DNA 合成的起始与终止及噬菌体颗粒形态发生所必须的全部顺式作用序列。
含 phagemid 的细菌被噬菌体感染后,基因Ⅱ蛋白作用于间隔区,启动滚环复制产生 ssDNA 并进行包装。
37. 扣除杂交Subtractive hybridization。
将含目标基因的组织或器官的 mRNA 群体作为待测样本(Tester),将基因表达谱相似或相近但不含目标基因的组织或器官的 mRNA 群体作为对照样本(Driver),将 Tester 和 Driver 的cDNA 进行多次杂交,去掉在二者之间都表达的基因,而保留二者之间差异表达的基因。
38.酵母双杂交系统Two-hybrid system,简称双杂交系统,也叫相互作用陷阱(interaction trap)。
是根据酵母转录激活因子 GAL4 的特点创建的一种体内鉴定基因的方法。
该法所使用的“探针”不是核酸和抗体,是一种筛选策略。
其筛选的基因不是“探针”的直接编码物,而是与其能够相互作用的蛋白质的编码基因,即筛选与已知基因的产物发生相互作用的蛋白的编码基因。
39、遗传图谱(genetic map)又称连锁图谱(linkage map),它是以具有遗传多态性(在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因,在群体中的出现频率皆高于1%)的遗传标记为“路标”,以遗传学距离(在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率,1%的重组率称为1cM)为图距的基因组图。
意义:6000多个遗传标记已经能够把人的基因组分成6000多个区域,(看连接顺序)40、物理图谱(physical map)是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息,它是通过对构成基因组的DNA分子进行测定而绘制的。
绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传信息及其在每条染色体上的相对位置线性而系统地排列出来。
DNA物理图谱是指DNA链的限制性酶切片段的排列顺序,即酶切片段在DNA链上的定位。
(看连接距离)41、序列图谱随着遗传图谱和物理图谱的完成,测序就成为重中之重的工作。
DNA序列分析技术是一个包括制备DNA片段化及碱基分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。
通过测序得到基因组的序列图谱。
42、基因图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。
在人类基因组中鉴别出占具2%~5%长度的全部基因的位置、结构与功能,最主要的方法是通过基因的表达产物mRNA反追到染色体的位置。
44、重叠群图谱(contig map):描述代表完整染色体片段的大片段重叠克隆的排列顺序的图谱。
45、荧光标记原位杂交:是通过荧光标记的探针与染色体杂交,从而确定分子标记在染色体上的实际物理位置。
46、顺式载体:对于一元载体来说,因其T-DNA区与Vir区是在同一载体上的,故称为顺式载体。