第一章1、Z-DNA的结构特点、存在的条件Z-DNA：左手螺旋，每个螺圈含有12个碱基对。

并只有一个深沟。

可能在基因表达的调控中起作用活性：B-DNA >A-DNA> Z-DNAZ-DNA的结构特点：1.核糖磷酸骨架呈“之”字形（Zigzag）走向。

2.左旋3.G的糖苷健呈顺式（Syn），使G残基位于分子表面。

4.分子外形呈波形。

5.大沟消失，小沟窄而深。

6.每个螺旋有12 bp。

Z-DNA存在的条件：1.高盐：NaCl>2mol/L,MgCl2>0.7mol/L2.Pu,Py相间排列。

3.在活细胞中如果m5C,则无需嘌呤-嘧啶相间排列，在生理盐水浓度下即可产生Z型。

4.体内的多胺化合物，如精胺、亚胺及亚精胺和阳离子一样，可和磷酸基团结合，使B-DNA转变为Z-DNA.5.某些蛋白质如Z-DNA结合蛋白带有正电荷，可使DNA周围形成局部高盐浓度的微环境。

2、DNA的超螺旋结构与拓扑异构酶超螺旋结构仅在闭合DNA中产生，环状或线状正超螺旋---反向扭转每圈双螺旋碱基数小于10.5(紧缠)。

负超螺旋---同向扭转每圈双螺旋碱基数大于10.5(松缠) 。

意义:DNA复制、转录的启动具有重要的调控作用。

拓扑异构酶作用特点：既能切断、又能连接磷酸二酯键分类：拓扑异构酶Ⅰ; 拓扑异构酶Ⅱ作用机制：拓扑异构酶Ⅰ：切断DNA双链中一股链，使另一条链通过切口；适当时候封闭切口，DNA变为松弛状态。

反应不需ATP。

拓扑异构酶Ⅱ：切断DNA分子两股链，断端通过切口旋转。

利用ATP供能，连接断端，DNA 分子进入负超螺旋状态。

3、核酶的定义、锤头结构、举例核酶（Ribozyme）：是指本质为RNA或以RNA为主含有蛋白质辅基的一类具有催化功能的物质。

锤头结构（hammer-head）：1986年,Symosn提出A区：被切RNA切割位点GUX(X：C、U、A) 及其附近序列B区：锤头区，在空间上必须与A区紧邻，保守序列（锤头结构可形成第三种“V”形结构、两条互补的RNA相互作用也可以形成锤头结构。

）4、增色效应、熔点(Tm)、影响复性反应的因素、探针、印迹技术的类别探针（probe）：一小段用同位素、生物素或荧光染料标记，其末端或全链的序列已知的多聚核苷酸，与固定在NC膜上的核苷酸结合，判断是否有同源的核酸分子存在。

印迹技术的类别及应用：（一）DNA印迹技术(Southern blotting) ：检测目标DNA片段（二）RNA印迹技术(northern blotting) ：用于RNA的定性定量分析。

（三）蛋白质的印迹分析(Western blotting)：用于蛋白质定性定量及相互作用研究第二章1、核小体染色体核小体→螺线体→超螺线体→染色体2、染色体的形态结构1.染色单体1.主缢痕（初级缢痕；着丝粒区）：两个染色单体相连处，染色较浅、向内凹陷成狭小区段的部位。

①着丝粒：着丝粒区连结两个染色单体的特殊区段。

②动粒（着丝点；着丝盘）：是主缢痕处，两染色单体外侧表层部位与纺锤丝接触的。

将染色体附着在微管上。

2.次缢痕（副缢痕；核仁形成区）：主缢痕外着色较浅的染色体缢缩区，不能弯曲，与核仁形成有关。

常在短臂出现。

位置相对稳定。

可作为鉴定标志之一。

3.核仁组织区（NOR）：位于染色体次缢痕部位，是rRNA基因活跃转录形成（5srRNA除外），核仁形成有关。

4.随体：从次缢痕到短臂末端有一种圆形或略呈长形的染色体节段。

可作为鉴定标志之一。

5.端粒（telomere）：末端特化的着色较深部位。

由端粒DNA和端粒结合蛋白(TBP)组成。

富含G的高度重复的短序列组成，末端形成t环。

3、端粒与端粒酶•端粒（telomere）作用：1.维持染色体的稳定性。

防止染色体DNA降解、末端融合和缺失2.与细胞寿命有关，起细胞分裂计时器的作用。

端粒的复制要靠具有反转录酶性质的端粒酶来完成。

3.保证遗传信息的完整复制4.指导染色体与核膜相连端粒酶：含有RNA模板到逆转录酶端粒酶在大多数正常体细胞中无活性，在永生化细胞和恶性肿瘤细胞中有活性，因此可作为恶性肿瘤标记物。

端粒酶抑制剂可抑制恶性肿瘤细胞的增殖：核酶/反义核酸逆转录酶抑制剂核苷酸类似物4、中度重复序列与Alu序列家族中度重复序列（moderately repetitive sequence）：中度重复序列一般都是不编码的序列，有10至几千个拷贝，例如rRNA 基因、tRNA基因。

目前认为，大部分中度重复序列与基因表达的调控有关。

tRNA基因一般分布于基因组中，rRNA基因常集中分布于核仁形成区。

中度重复序列的共同特征是两端有类似于转座子两端的重复序列，这种现象十分类似于逆转录病毒的结构。

人Alu序列家族中度重复序列的特点：①重复单位序列相似，但不完全一样，②散在分布于基因组中．不是串联集中③序列的长度和拷贝数非常不均一，④中度重复序列一般具有种属特异性，可作为DNA 标记。

⑤中度重复序列可能是转座元件(返座子)Alu家族（Alu family）人类基因组中最常见的短散在重复序列（short interspersed element, SINE,短散在元件），属于中度重复序列中最为普遍的一类，也是研究最多的一种。

由于此序列中含有限制性内切酶AluⅠ特异识别顺序（AGCT）而得名。

5、高度重复序列与卫星DNA高度重复序列（highly repetitive sequence）：大多数高等真核生物的DNA都含有20％以上的高度重复序列，由非常短的序列重复多次，可达几百万个拷贝，串联成长长的一大簇集中在异染色质区，特别是在着丝粒和端粒附近。

因为序列简单，缺乏转录必要的启动子而不具转录能力。

短、可达几百万个拷贝串联成长长的一大簇序列简单，不转录作用：参与DNA的复制、基因表达调控，基因转位、减数分裂高度重复序列按结构特点：反向重复序列和卫星DNA卫星DNA （satellite DNA）：当把断成约104 bp的DNA片段进行氯化铯（CsCl）密度梯度离心分析时，发现除了一个主要的DNA主峰外，旁边还出现不同密度的小峰。

这些小峰就像是主峰旁边的卫星，因此命名为卫星DNA。

常位于染色体的着丝粒附近6、割裂基因与内含子、假基因隔裂基因(split gene)：一个基因的核苷酸序列中因插入了与编码氨基酸无关的核苷酸序列，使一个完整的基因分隔成不连续的若干区段，我们称之为隔裂基因。

外显子（extron）：转录后在成熟的mRNA中存在，表达序列内含子（intron）：在mRNA成熟加工过程中被除去，不表达序列间插序列：是指基因内部不编码的区域，也称内含子，在转录后加工后被切除掉，所以常不作为翻译的信息。

有的内含子也可以编码，如成熟酶和内切酶等。

例：p38假基因：在基因家族中，某些成员并不产生有功能的基因产物，但其结构和DNA序列与有功能的基因具有相似性。

这些基因称为假基因。

假基因常用符号ψ来表示。

如珠蛋白基因簇中的ψα1表示与α1基因相似的假基因假基因与有功能的基因同源，由于发生缺失（deletion）、倒位(inversion)与点突变(point mutation)等形成。

假基因分为两大类：一类保留了内含子（如珠蛋白假基因）另一类则缺少内含子。

又称为加工假基因（processed pseudogene）或返座假基因（retropseudogene），转录后的mRNA 加工后返座的结果。

第三章1、转座子（可移动基因，transponsn,简称Tn）：基因组中的一些特殊基因，通过自身复制和插入作用能在同一染色体内或不同染色体之间移动，并进行基因交流。

2、原核生物转座子的分类1，按转座子的结构分类（1）插入序列，IS：两端有ITR，只编码转座酶。

（2）类插入序列：结构同IS，但不能独立存在，作为复合转座子两端的组件。

（3）复合转座子：两端由IS或类IS组成，中间编码转座酶、抗性基因。

（4）TnA家族：两端有ITR，中间编码转座酶、解离酶和抗性基因3、三种不同的转座机制第四章1、参与DNA复制的酶及相关蛋白：①DNA旋转酶；②使DNA双股链在复制叉解开的DNA解旋酶；③在DNA复制前防止解开的DNA单链局部退火的DNA结合蛋白（ssb）；④合成RNA引物的酶；⑤除去RNA引物的酶；⑥使冈崎片段共价连接的DNA连接酶等重要的酶与蛋白因子。

2、E.coli DNA聚合酶（pol Ⅲ和polⅠ）DNA-pol Ⅰ主要在DNA修复和复制校正中起作用,体外可用于探针标记DNA聚合酶Ⅰ:缺口平移,链置换,模板转换pol Ⅲ由十种亚基组成，其中α、ε、θ亚基组成核心；α亚基具有5`→3` DNA聚合酶活性功能：是原核生物DNA复制中负责链的延长。

ε亚基具有3`→5`外切酶的活性，复制的“校正”。

pol Ⅲ由十种亚基组成的寡聚酶，功能：在原核生物DNA复制中负责链的延长。

3、E.coli复制原点的结构4、复制的终止—端粒的形成（端粒酶的爬行机制）5、双链线状DNA中间起始复制——T7噬菌体的终止6、双链线状DNA末端起始复制——腺病毒的引物7、线粒体DNA的D-Loop复制线粒体DNA (mitochondrial DNA，mtDNA) 的复制形式。

⏹mtDNA具有一套独立的复制、转录和翻译系统。

⏹重链（H）和轻链（L）⏹有两个复制起始点(1/3)⏹不对称复制（不同步），由真核DNA聚合酶γ负责。

8、逆转录病毒复制的两次“跳跃”及LTR第五章1、典型的原核启动子结构结构典型：识别（R）、结合（B）起始（I）位点序列保守位置和距离都比较恒定直接和多聚酶相结合常和操纵基因相邻位于基因的5`端决定转录的启动和方向2、真核生物启动子结构（三类启动子）1.RNA聚合酶Ⅰ的启动子近启动子（-45 ~ +20）:核心启动子，单独存在时就足以起始转录。

决定转录起始位置。

远启动子（-180~ -107）：称为上游调控元件，能有效地增强转录效率。

RNA聚合酶Ⅱ启动子起始子（initiator,Inr）:转录起始点区，TA TA框:Hogness框，-25附近，TA TA(A/T)A(A/T),功能类似于原核生物的-10序列功能：决定转录起始点的选择，“选择子”影响转录速率CAA T框：-75附近，GGC(T)CAATCT, 无方向性控制转录起始的频率增强子：又称远上游序列，-100以上，使基因的转录频率明显增加（10~200倍）具有远距离效应无方向性顺式调控无物种和基因的特异性具有组织特异性3、RNA聚合酶Ⅱ启动子的结构4、两类终止子的异同5、真核生物mRNA转录后加工：三类帽子及帽子的功能，尾巴的功能6、tRNA的转录后加工与RNase P第六章1、ORF2、蛋白质合成的起始、延长和终止（蛋白质因子）3、信号肽和导肽定义、负责那些蛋白质的转运4、分泌蛋白质向内质网转运过程第七章1、顺式作用元件与反式作用因子2、诱导物与辅-阻遏物3、操纵子（operon）4、乳糖操纵子的结构和正、负调控5、分解代谢物阻遏调控（葡萄糖效应）6、色氨酸操纵子与衰减子（attenuator）。