全国细菌耐药监测网信息系统数据上报标准(试用)全国细菌耐药监测网通过“全国细菌耐药监测网信息系统”收集所有成员单位的耐药监测数据,系统具备完善的数据筛选和容错处理功能。
一、科室代码设置监测网成员单位首次登录时须先在本院科室维护栏内登记注册医院临床科室并将其映射至系统所要求的标准科室分类上,科室代码为上报数据中DEPARTMENT字段中保存的代码,也可以设置成系统内置的标准科室代码,此代码可为数字代码、英文代码或中文名,最多允许15个字符(不区分中英文),设置后可随时增加和修改。
上传的数据文件格式为Whonet 5.6的通用文件格式,后缀必需为“.dbf”(系统未来可能会支持Excel表格与Csv平面文本文件)。
二、数据文件各字段要求1、来源ORIGIN非必填字段,最长1个字符。
若填写,则其必须为“h”,若不填写,数据上传后系统会自动补充,若填写值不为“h”,系统将自动替换成“h”。
2、国家COUNTRY_A非必填字段,最长3个字符。
若填写,则其必须为“CHN”,若未填写,数据上传后系统会自动补充。
3、医院INSTITUT非必填字段,为卫生部统一分配的标准代码,标准6字符,前两位为国家标准省级代码(如北京为11,云南为53等),后4位为各省编码(从0001开始),如昆明医科大学第一附属医院可能为(530001),若未填写,数据上传后系统自动补充已注册的医院标准代码,若填写则必须与本院的代码一致,否则系统会自动替换为正确代码,在数据上传时此字段不建议填值。
4、实验室LABORATORY非必填字段,最长3个字符。
系统不再将此作为医院标识,无具体格式要求,在数据上传时此字段不建议填值。
5、病历号PATIENT_ID必填字段,要求至少填写总数据量的90%(住院病人要求全部填写,其余10%对应门诊无病历号的数据),最长16字符。
6、姓氏LAST_NAME和名字FIRST_NAME以上两项只需有一项且必需有其中一项正确填写,最长12各个字符(即6个中文字符),此两项任意一项须100%填写。
7、性别SEX此字段要求100%必填,最长1个字,WHONET要求只能填写“f”或者“m”,系统提供了相关的容错处理机制,允许填写“男”和“女”,系统会自动将“男”替换成“m”,将“女”替换成“f”。
8、年龄字段AGE此字段要求100%必填字段,最长3个字符。
(1)不带任何后缀的1~3位整数或者2位数字+"y"后缀,代表年龄是按岁计算。
(2)2位数字+ "d" 即代表年龄按天计算。
(3)2位数字+ "w" 即代表年龄按周计算。
(4)2位数字+ "m" 即代表年龄按月计算。
(5)空值或其它字符,系统会认为是非法值,需补充修改后才能上报。
9、年龄类别PAT_TYPE非必填字段,系统会根据年龄AGE自动生成该字段,即使是数据中已经填写了该值系统也会强制替换,若要填写,则该字段长度必须为3位字符,具体的计算规则如下:1)当AGE后缀为“d”代表“天”时:A.<=28,生成“new”代表“新生儿”;B.>28,生成“ped”代表“儿童”;2)当AGE后缀为“w”代表“周”时:A.<=4,生成“new”代表“新生儿”;B.>4,生成“ped”代表“儿童”;3)当AGE后缀为“m”代表“月”时:A.0,生成“new”代表“新生儿”;B.>=1,生成“ped”代表“儿童”;4)当AGE为纯数字,代表“岁”时:A.0,生成“unk”代表“不明”,需修正后才能上报;B.>=1并且<=14,生成“ped”代表“儿童”;C.>=15并且<=65,生成“adu”代表“成人”;D.>65,生成“ger”代表“老年”。
10、科室(送检科室)WARD为非必填项,最大长度为15字,中英文不限。
11、科室类别WARD_TYPE为100%必填项,最大长度为3个字,必须与WHONET内置的代码要求一致,见附表(1)。
12、专业类别DEPARTMENT为100%必填项,最大长度为6个字,中英文不限(WHONET默认长度为3),此字段所填写的值,必须在用户系统设置的本院科室代码字典库中(科室代码设置见第一条)。
未在字典库中的科室代码为非法值,无法通过系统校验,当数据上传成功后,系统会自动将此字段中的本院科室代码替换为系统内置的标准科室分类代码,系统内置的标准科室分类代码见附表(2)。
13、标本类型数字代码SPEC_TYPE和英文代码SPEC_CODE不要求两者都完整,只要有其中一项即可,系统会根据其中一项自动补齐另一项。
英文代码必须是2字符,数字代码最大3字符,两个字段都分别有自己的标准代码库(同样源自WHONET数据库,见附表3)。
如果两者都有,但不匹配的例如痰标本的英文代码为“sp”,数字代码应该为“3”,如果填写了其它数字代码,系统会给出提示,要求修正不匹配的数据后再次上传。
超出附表内的标本类型系统视为非法值,需修正后才能上报数据。
另外,当标本类型为质控标本(即SPEC_TYPE为qc或者ex,并且SPEC_CODE为75或99)时,系统会给出提示并自动忽略该条数据。
14、标本编号SPEC_NUM字段100%必填字段,最大长度12字。
15、检验结果(细菌)ORGANISM100%必填字段,标准3位英文字符代码,此代码为WHONET 5.6标准细菌代码;系统仅接受附表(4)所列出的细菌,不接受真菌,支原体,厌氧菌和分枝杆菌等。
附表(4)所规定的标准代码外的数据,系统会给出提示并自动忽略该条数据。
16、细菌类别ORG_TYPE系统仅接受革兰阳性菌“+”和革兰阴性菌代码“-”,最大允许1字符,此字段可不填写。
当系统发现未填写时会自动根据ORGANISM字段的值推导出来,当系统发现本字段中填写的值与系统所推导的合法值不匹配的时候,会自动将其替换成合法值。
17、β-内酰胺酶BETA_LACT非必填字段,1字符,且值仅能为“+”或“-”,若填写为“n”、“ne”、“neg”、“negative”或者中文全角“+”,系统会自动将其修正为半角英文“+”,若填写为“p”、“po”、“pos”、“positive”或者中文全角“-”,系统会自动将其修正为半角英文“-”。
18、超广谱β-内酰胺酶ESBL规则同上。
19、耐甲氧西林葡萄球菌检测试验MRSA_SCRN规则同上。
20、诱导型克林霉素耐药试验INDUC_CLI规则同上。
21、霍奇试验HODGE非必需字段,规则同上。
22、碳青酶烯酶CARBAPENEM规则同上。
23、送检日期(标本日期)SPEC_DATE为100%必填字段,格式为2013/10/13或者2013-10-13,必须为10字符,若为其它格式,系统自动修正为yyyy-mm-dd格式。
24、报告日期(数据录入日期)DATE_DATA为非必填字段,规则同上。
25、抗生素所有抗生素代码采用Whonet 5.6标准代码。
抗生素代码见附表(5)。
1)纸片法(K-b法):代码须包含抗生素含量,如填写结果只能为6至80之间的整数,不能是小数,也不能带任何符号,否则视为填写错误,系统会将该值忽略,这会影响该列的通过率。
2)MIC法:如果填写,则长度不能超出6个字符,否则视为填写错误,系统会将该值忽略,这会影响该列的通过率。
填写规则:A.不接受S、I、R,若填写S、I、R视为填写错误,系统会将该值忽略,这会影响该列的通过率。
B.数字为半角纯数字,可为小数,不允许出现全角数字,否则视为填写错误,系统会将该值忽略,这会影响该列的通过率。
C.允许带>、>=、<、<=的数字,例如:<=1、>=4等。
D.允许带“/”分隔符的格式,例如:64/4,上传后系统自将“/”后面的字符含“/”一起删除掉,仅保留“/”前面的字符。
E.允许结果“SYN-S”、“SYN-R”,上传后系统自动将GEH_NM结果为SYN-S替换为<=500,SYN-R替换为>=1000;将STH_NM结果为SYN-S替换为<=1000,SYN-R替换为>=2000。
F.关于复方新诺明(SXT_NM)结果,上传后系统自动将数据为320的字符替换为16,160替换为8,80替换4,40替换为2,20替换为1,10替换为0.5,其余字符保持原始数据。
G.系统会将数据中出现的一些特殊字符替换为合法字符,具体如下:a)全角“≧”或“≥”将替换为半角“>=”b)全角“≦”、“≤”将替换为半角“<=”c)全角“>”将替换为半角“>”d)全角“<”将替换为半角“<”e)全角“=”将替换为半角“=”f)全角“.”与“。
”将替换为半角“.”3)在数据中若出现未在附表(5)中的其它抗生素字段,系统会自动忽略该字段的数据,不予保存。
4)本系统目前抗菌药物敏感性执行标准为CLSI M100-S23,上传数据如果有未达到该折点标准的数据,系统会将该组数据中的未达到CLSI M100-S23标准的抗生素结果忽略。
如某一抗生素,CLSI M100-S23折点为S:<=2,I:4-8,R:>=16,测定结果为<=8,这样的数据系统无法判断是敏感还是中介,系统会自动将该组数据中的这个抗生素结果忽略掉,不予保存,不影响通过率。
2014新版细菌耐药监测信息系统具备了强大的数据容错处理功能,能将上传的不合格数据自动修正或删除,处理为合格的数据文件,同时具备一定的学习功能,用户可以下载经容错处理后的数据发现并纠正错误,不断改进,提高数据质量,同时可将修正后数据用于本机构细菌耐药监测统计分析。
附表1. WARD_TYPE 代码表附表2. 系统内置标准科室代码表(待定)附表3. SPEC_TYPE与SPEC_CODE对照表附表4. 细菌代码对应表附表5. 抗菌药物代码表附表6. PAT_TYPE代码表附表7. 系统所接受的数据字段清单****注:以上数据校验与容错标准会随着系统的升级做出相应的调整,此文档仅供参考。