首例尼罗罗非鱼基因序列绘制完成
• 2011年4月8日，斯特灵大学水产研究所的科学家运用了 一组罗非鱼的DNA，成功绘制了尼罗罗非鱼的完整基因组。 这是全球绘制的第一例商业化养殖鱼类基因组序列。 测 序工作由英国剑桥大学Broad研究院联合美国麻省理工、 哈佛大学联合完成，研究表明罗非鱼双螺旋基因组拥有两 个完全相同的基因，从而简化了相同基因组序列数据的处 理过程。 • 同时，该研究组还在苏格兰水产研究所开展了对实验室 暂养罗非鱼其他基因组的测序工作。通过选育可以提高红 罗非鱼的雄性率和产量，可以有效增产增收。水产研究所 大卫彭曼表示“我们所绘制的基因图谱现已向全球科学界 共享，旨在帮助基础科学研究领域和水产养殖研究领域相 应项目的研究，例如它可以协助我们找到抗病、生长、性 别决定等形状的重要基因调控关键点，通过不断选育，提 高水产养殖动物的表现性状。
其他水生生物的基因组研究
• Moore等(1999)利用246个多态性的AFLP标记，构建了一 个具有44个连锁群的日本对虾初步AFLP图谱。刘萍含有23 bp的小卫星序列。对藻类细 胞器基因组研究的数据很多。Reith等(1993)测定了紫菜质 体基因组，发现了125个基因，其中有46％的基因陆生植 物的质体基因组中没有，并且该基因组中的基因缺乏内含 子。Burger等(1999)测定了紫菜线粒体基因组的36753个 核苷酸，识别57个编码基因，并测出在这个线粒体基因组 上存在291bp的反向重复序列。0hta等(1998)测定了红藻 线粒体基因组的全序列，确定了34个蛋白编码基因和未确 定开放读码框架，包括细胞色素c氧化酶的3个亚基、细胞 色素B蛋白前体、F1FO一ATP酶的3个亚基、NADH辅酶 Q氧化还原酶的7个亚基、琥珀酸脱氢酶的3个亚基及涉及 C型细胞色素生物合成过程的4个蛋白，还有3个rRNA、 25个tRNA基因，并发现两链上都含有编码序列。
• 基因组研究应该包括两方面 的内容：以全基因组测序为 目标的结构基因组学 （structural genomics）和 以基因功能鉴定为目标的功 能基因组学（functional genomics)，又被称为后基 因组（postgenome）研究， 成为系统生物学的重要方法， 它从基因组信息与外界环境 相互作用的高度，阐明基因 组的功能。
• 科学家希望通过鲤鱼基因组测序及其序列 分析，为研究养殖鱼类的生长、发育、繁 殖、遗传变异、疾病、与环境的相互用(包 括抗逆能力)及其遗传改良提供重要的参考 甚至指导信息。通过鲤鱼基因组的研究， 可以获得与经济性状相关的基因，与疾病 的发生及免疫相关的基因等， 为鲤鱼的遗 传育种提供基础。
我国完成首个鱼类全基因组序列图谱
淡水鱼类应用基因组研究中心建设项目破土动工
• 2011年4月13日，由黑龙江所承担的“淡水鱼类应用基因 组研究中心”基本建设项目在哈尔滨破土动工。淡水鱼类 应用基因组研究中心是由农业部批准立项的主要从事鱼类 应用基因组研究的建设项目，“中心”的建设标志着黑龙 江所在鱼类应用基因组研究方面进入到新的历史阶段，投 入使用后将成为我国水产生物技术领域最重要的科技研发 中心。作为水产生物技术发展战略的重要组成部分，“中 心”致力于用目前生物领域最前沿、最活跃、应用最广泛 的应用基因组资源解决水产领域的良种少、病害频发、水 产品安全警报频传等制约产业发展的技术问题。
• 3鲶鱼类
以分子遗传标记(包括微卫星、EST和 AFLP)的方法研究斑点叉尾鲴的资料很多，以微卫星为主 要标记的斑点叉尾鮰遗传图谱已经由美国农业waldbieser 小组基本绘制完成。奥本大学的研究小组正在绘制另一张 包括AFLP在内的遗传图谱，并试图鉴定其生长速度、抗 病性等性状的基因座位和研究起遗传标记辅助选种方法。 乳动物基因组的1／7到1／8；并且基因间序列少、重复序 列少，内含子都比较小；从基因数目上与人类基因数目相 当。杨立等(1999)以红鳍东方豚的精子DNA为材料，采用 含有“外显子捕获”元件的粘粒(sCoGH的祖先在0.25亿年前和1亿 年前间经历了基因组加倍，现存的鲑科鱼类已经完成二倍 化。许多研究采用了证实四倍体史的等位基因酶标记的群 体遗传学分析方法，导致了在连锁分析中使用蛋白质多态 性。鲑科鱼类种问杂种中酶编码基因座的连锁关系分析， 确定了其存在“拟连锁”异常现象。褐鳟和虹鳟以及它们 与其他属间杂交中同工酶标记的重组频率雌性大于雄性， 复制位点相互不连锁，由此推论现存的鲑科鱼类可能来自 同一个部分异源四倍体祖先。虹鳟双单倍体有效染色体为 30个，与所得的大连锁群数(31个)很接近。鲑科鱼类基因 图并不都适合于红点鲑属、鲑属或大麻哈鱼属的所有种， 所以不能任意外推。
• 4河豚鱼 河豚鱼基因组小而紧凑，约400 kb，是哺
海洋鱼类的基因组研究
• 1鳉形目鱼类
剑尾鱼属(拖口序国口序舢)的 杂交种及其回交种是研究原癌基因和肿瘤抑制基 因的良好模型。Leslie(1982)研究发现，剑尾鱼的 17个同工酶的连锁关系在几个属中是保守的。 Monrizot等(1991)已经鉴定了剑尾鱼遗传基因图 共有77个蛋白质基因座，其中57个已被定位于连 锁群(LG)中。青鳉的雌鱼是同型配子的，而雄鱼 却是异型配子的。4个常染色体连锁群含有颜色基 因座，2个含有性连锁突变基因座(无色的黄素细 胞和白素细胞)，回交及11个酶基因座的着丝粒作 图分析未能确定连锁。
首例尼罗罗非鱼基因序列绘制完成
• 2011年4月8日，斯特灵大学水产研究所的科学家运用了一组罗非鱼 的DNA，成功绘制了尼罗罗非鱼的完整基因组。这是全球绘制的第一 例商业化养殖鱼类基因组序列。 测序工作由英国剑桥大学Broad研究 院联合美国麻省理工、哈佛大学联合完成，研究表明罗非鱼双螺旋基 因组拥有两个完全相同的基因，从而简化了相同基因组序列数据的处 理过程。 • 同时，该研究组还在苏格兰水产研究所开展了对实验室暂养罗非鱼 其他基因组的测序工作。通过选育可以提高红罗非鱼的雄性率和产量， 可以有效增产增收。水产研究所大卫彭曼表示“我们所绘制的基因图 谱现已向全球科学界共享，旨在帮助基础科学研究领域和水产养殖研 究领域相应项目的研究，例如它可以协助我们找到抗病、生长、性别 决定等形状的重要基因调控关键点，通过不断选育，提高水产养殖动 物的表现性状。鲤鱼基因组初步完成测定分析
• 2010年3月，中国科学院北京基因组研究所运用新一代高 通量测序技术以及高性能的生物信息分析，完成了鲤鱼基 因组初步测定与分析工作，获得了鲤鱼基因组高覆盖的基 因组数据。“鲤鱼基因组计划”是基因组所与水产生物应 用基因组研究中心和黑龙江水产研究所联合开展的研究项 目， 目前项目进展顺利，是我国鱼类第1个全基因组测序 计划，也是世界上第1个鲤科经济鱼类基因组计划。本项 目主要依托于基因组所基因组及生物信息学平台第2代高 通量测序仪进行测序分析工作，该平台拥有3台新一代高 通量测序仪(SOLID、Solexa和454测序仪)、3台3730xl、 1台3130xl的测序规模，拥有超过1O万亿次／s的计算能 力和大于IO00TB的存储成部分 组织转录组的工作，为基因组注释提供参考。目前该项目 正在加紧进行生物信息学的分析，预计将比计划提前完成 鲤鱼基因组框架图的工作。
宋方洲 军事医学科学出版社
世界上第一个鲤科经济鱼类基因组计划正式启动
2009年12月28日 中国畜牧兽医信息网 近日，由中国水产科学研究院组织的“鲤鱼基因组计划”论证会在北 京召开，这是我国继水稻、家蚕、黄瓜、牡蛎等基因组计划之后启动 的又一项重要经济物种全基因组计划。鲤鱼是我国最具代表性的养殖 鱼类之一，也是育成品种最多的水产养殖种类，其基因组测序研究将 对鲤的品种培育、病害防治、饲料营养和食品安全等方面具有重要的 促进作用。作为第一个基因组测序的鲤科养殖鱼类，将对其他鲤科经 济鱼类的基因组研究起到重要的带动作用，为深入探索和解析鲤科鱼 类及硬骨鱼类基因组进化提供重要依据。论证专家组长朱作言院士高 度评价了“鲤鱼基因组计划”的重大科学价值和对渔业科技发展的重 要推动作用。他指出，这一计划是我国第一个鱼类全基因组计划，也 是世界上第一个鲤科经济鱼类基因组计划，该计划的启动对我国的水 产科技工作具有开创性，对水科院而言是具有标志性的工作，鲤鱼基 因组测序及后一步的深入挖掘工作的实施和完成，将对我国乃至世界 水产业的发展产生重要的影响。
淡水鱼类的基因组研究
• 1鲤科鱼类
鲤染色体总数为100个。从细胞和亚细胞水平的遗 传行为看是二倍体，但最近几年已有证据显示鲤经历了四倍化的过程， 国内学者研究鲤的第一个初步遗传图为50个连锁群，覆盖5789 cM基 因组。
1 pg DNA =0.978×109 bp
• 2鲟鱼类
一类原始古老的软骨硬鳞鱼类，长江白鲟、达氏鲟、 中华鲟、史氏鲟和北美匙吻鲟的体细胞基因组大小(DNA含量)，分别 为4．11pg／N、8．26 pg／N、9．07 pg／N、6．07 pg／N和 3．96 pg／N。由此可见，鲟形目鱼类中不同科属的鱼其在细胞水平 上的染色体中DNA含量有一定的差异。
苏利娜
基因组学genomics
定义1： 定义 ：研究基因组的结构、功能及表达产物的学科。基 因组的产物不仅是蛋白质，还有许多复杂功能的RNA。包 括三个不同的亚领域，即结构基因组学、功能基因组学和 比较基因组学。 应用学科： 应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科）；总论 （二级学科） 定义2： 定义 ：研究生物体全基因组DNA的序列和属性的学科。 包括在DNA（基因型）、mRNA（转录物组）和蛋白质 （蛋白质组）水平上研究细胞或组织的所有基因。 应用学科： 应用学科：细胞生物学（一级学科）；总论（二级学科） 定义3： 定义 ：研究生物体基因组的组成、结构与功能的学科。 应用学科： 应用学科：遗传学（一级学科）；总论（二级学科）
上海和浙江科学家共同绘就首张石首鱼科 鱼类基因组图谱，揭示黄鱼种质退化之谜
• 据2011年2月2日《新民晚报》消息，对大黄鱼的基础生 物学研究显得较落后。为应对种质退化、病害频发、性早 熟严重等问题，浙江和上海科学家便开展了包括大黄鱼基 因组计划在内的相关研究。经过一年多的合作研究，由浙 江海洋学院、上海交通大学、复旦大学和上海佰真生物科 技有限公司等单位联合组成的大黄鱼基因组计划项目组， 已经取得了突破性进展，成功绘就了首份大黄鱼基因组序 列草图，图谱覆盖了大黄鱼基因组序列的85％ 以上，这 也是世界石首鱼科鱼类的首例基因组序列图谱。科学家认 为，大黄鱼基因组计划的完成，标志该物种生命“密码天 书”的破译和人工编辑时代的到来。今后科学家可以通过 对基因的解析，来了解大黄鱼的生长、抗病、耐寒等性状 的遗传机制，可以让科研人员对大黄鱼进行有针对性的研 究和开发。