1.专业软件
(1) Cerius2
Accelrys Molecular Simulation Inc.
Accelrys has over twenty years of leadership in the delivery of computational science and informatics software to diverse R&D organizations.
On-line Information:
(1) Cerius2 – 简介
1.材料科学软件功能简介
Accelrys Cerius2软件运行于SGI IRIX工作站系统上，是 Accelrys产品线中用于材料计算的主要平台之一，有十多年的产 品开发历史，不仅界面友好易用，而且集成了全面的材料计算 工具，包括分子力学、分子动力学、量子力学、Monte Carlo、 统计力学以及介观动力学等多种计算方法。 1） 核心模块及图形界面 2） 能量计算工具 3） 材料性质模拟计算工具 4） 介观模拟方法 5） 量子力学计算程序 6） 实验数据解析工具 7） 统计相关方法 8） 软件开发工具
Cerius2, Materials Studio, InsightII, Discovery Studio Modeling, Catalyst, Felix, QUANTA, Tsar, Topkat, GCG, Crystal Studio, ChemOffice… Matlab, Origin, MathCAD, Nestch Peak Separation, MDI Jade 5.0
计算机软件简介
Introduction to Computer Software
材料设计计算机软件简介
及应用示例
材料设计与模拟软件概述 : 介绍材料模 拟设计中各种计算机软件 Accelrys Materials Studio： 介绍该材料 模拟软件的各种计算机模块及其功能
材料设计与模拟软件概述
(1) Cerius2 – 简介
2.生命科学软件功能简介 众所周知，合理药物设计能够帮助医药研究机构加快药物 发现的过程。美国Accelrys公司的药物设计软件，针对不同的研 究状况，提供相应的解决方案：无论是在受体蛋白结构已知的 情况下，还是在只了解部分有机小分子的情况下，都能够针对 治疗目标，提供有效信息。这里介绍的Cerius2药物软件包，能 够针对配体结构已知/未知、受体结构已知/未知、应用组合化学 方法等几种情况，开始先导化合物的设计与优化。 1） 分子模型构建与显示 2） 分子力学与动力学计算工具 3） 合理药物设计-QSAR和基于结构的药物设计 4） 组合化学
高分子本体和高分子溶液的结构模型。结合模拟和分 析工具，为深入了解无定形结构与性质之间的关系提 供了强有力的工具。
(1) Cerius2 – 2) 能量计算工具
C2.OFF(Open Force Field) -- 提供CeriБайду номын сангаасs2软件中性质预测模块所
需的分子力场。软件提供了全面的力场数据库，适用的材料体 系包括无机物、高分子、分子筛、有机金属化合物以及其他材 料类型。 C2.FFE (Force Field Editor) -- 用户可采用力场数据库中的标准力 场或自定义力场参数。也可采用文献中的力场参数来解决用户 自己的问题，并发展和验证已有的力场参数。 C2.Minimizer -- 利用Cerius2软件的OFF力场，根据分子力学的 计算结果预测能量最低的结构，有助于对分子、大分子、无定 形态、晶体及表面的结构和性质的深入了解。
Key product:
Discovery Studio: integrated, PC-based simulation & informatics for life science Materials Studio: integrated materials simulation on the PC Cerius2, Catalyst, Insight II, QUANTA: modeling for UNIX / Linux workstations Accord: cheminformatics suites
(1) Cerius2 – 1）核心模块及图形界面
C2.Visualizer -- 软件核心模块及图形用户界面。Visualizer模块
为构造、编辑、显示、分析三维分子结构模型提供了全面的模 拟环境。结构模型构造工具 C2.Crystal Builder -- 用于建造及显示无机、高分子及分子晶体 的结构模型，为进一步的结构研究及性质模拟提供基础 C2.Surface Builder -- 用于建造二维周期结构模型，可研究材料 表面的结构、化学性质及互相作用。 C2.Interface Builder -- 用于建造、显示两种材料间的界面模型。 可显示并研究复杂的结构性质，为更深入的模拟计算提供基础
(1) Cerius2 – 2) 能量计算工具
C2.Dynamics -- 运用分子力学研究结构驰豫及材料的 动力学行为。可计算的性质包括稳定性、扩散系数、 径向分布函数、结构因子及速率自相关函数。 PASS -- COMPASS是PCFF力场的最新版本， 是第一个由凝聚态性质以及孤立分子的各种从头算和 经验数据经参数化并得到广泛验证的从头算力场，使 用COMPASS力场可以在很大的温度、压力范围内精 确地预测出孤立体系或凝聚态体系中各种分子的结构、 构象、振动以及热物理性质。
(1) Cerius2 – 1) 核心模块及图形界面
C2.Polymer Builder -- 用于建造、显示高聚物的结构。
系统提供了极丰富的单体数据库，用户亦可以自定义 新的单体。可帮助研究人员了解和表征聚合物的结构。
C2.Amorphous Builder -- 建造无定形分子结构，包括