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节点调整 主要参数
其他参数
点击第一列方格 调整对应参数 节点轮廓 颜色
节点 颜色
标签 颜色 标签 大小 节点 形状 节点 大小
是否保持节点形状的宽高比
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改变 所有节点形状
2）Shape 点击第一列方格
1）勾选此参数 即锁定节点形状， 不受标签长短影响
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改变 所有节点形状
3）弹出形状选择框 选择形状 点击 Apply
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基础调整练习 1. 修改所有节点颜色、大小、形状、位置 2. 修改所有线颜色、类型、粗细
5 min
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二 基础操作
数据导入：edge数据、node数据 基础修改：布局、样式、所有节点/线 高级调整：单个节点/线、计算连通性、渐变 图片导出：矢量图、位图
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高级调整
分析目标： 1. 显示节点的基因名称（passthrough mapping） 2. 用节点颜色表示基因的pathway信息（discrete mapping） 3. 用线粗细表示相关性强弱，即weight值（continuous mapping） 4. 计算连通性 5. 用节点大小表示连通性高低，直观呈现核心基因（continuous mapping） 6. 其他美化调整（布局）
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进入线调整页面
1）Control panel窗口 点击 Style
2）窗口底部选择 Edge
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线调整主要参数
线 颜色
线 类型
线 透明度 线 粗细 是否改变整条线的颜色
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改变 线颜色
2）Color （unselected） 点击第一列方格
1）勾选
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改变 线颜色
3）弹框， 选择颜色 确定
转录调控网络图分析
目 录 CONTENTS
一 基础概念 二 Cytoscape 基础操作 三 Cytoscape 数据挖掘
2
网络图应用示例
基因间的调控网络，颜色表示pathway。 miRNA（黄色菱形）
菱形表示转录因子。
与基因（蓝色圆形）的调控关系。
3
网络图应用价值
1.更直观&形象的呈现数据关系（关系对） 2.更高效的挖掘解析数据（对组间差异有重要影响的分子）
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3. 高级调整
基础修改 所有节点/线 单调变化
点击三角形 打开折叠 高级调整
部分节点/线 复杂变化
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3.1 节点+名称
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操作 加节点名称
1）点击Properties，勾选Label相关参数 2）点击 Label右侧三角形，打开折叠 3）column选择 name；
Mapping type选择 Passthrough mapping 4）Label其他参数
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3.3 线粗细+相关性
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操作 线粗细/颜色渐变
1）Control Panel ，点击 Style，点击底部 Edge， 进入线调整页面 2）点击 Width 右侧三角形，打开折叠 3）Column选择 weight；Mapping type选择 Continuous mapping 4）双击阴影区域，设定渐变趋势
13
1. 绘图数据
从WGCNA结题报告中获得所有模块的绘图 数据。挑选目标模块的edge.txt 和node.txt。
在excel中筛选绘图数据： 1）weight值（＞0.2） 2）KEGG（显著富集的pathway） 3）GO 4）……
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1.1 操作 导入edge数据
1）工具栏，点击
2）选择文件 darkorange_edge.xlsx 3）设定各列数据属性（source/target node, edge attribute）如图 4）点击OK，导入
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二 基础操作
数据导入：edge数据、node数据 基础修改：布局、样式、所有节点/线 高级调整：单个节点/线、计算连通性、渐变 图片导出：矢量图、位图
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1. 案例背景
数据：蓖麻种子胚和胚乳，各5个样本，进行RNA-seq分析 分析目标：WGCNA分析揭示胚/胚乳中差异调控的核心基因
13个模块，其中orange和darkorange模块与性状关联较强。
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操作 移动/布局 部分点
1）按住键盘Shift/ Ctrl键，鼠标左键拖选目标区域或节点 2）搜索栏搜索节点名称 citrate 被选择的 点/线 呈黄色/红色 选择节点后可 移动、单独布局、删除（回格键Backspace）
23
调整节点/线的比例
1）菜单栏 layout 点击 Node Layout Tools
3.4 节点大小+连通性
突出胚乳基因调控网络中的核心基因
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操作 计算连通性
计算连通性，寻找核心的调控基因 1）菜单栏，选择
Tools → NetworkAnalyzer → NetwoerkAnalysis →Analyze Network 选择Treat the network as undirected 2）弹框，关闭
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操作 设定节点大小渐变
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完成图
揭示了目标代谢通路（pathway）高相关性（weight）的调控网络图中，3个 核心基因：27524.m000288，27524.m000287，27524.m000285
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4. 导出图片
支持的格式 • jpg 和 png（位图） • pdf 和 svg（矢量图）
6
分析步骤
1. 建立关联（获得关系对列表） 主要方法： 1）基于已有成果，文献等（string数据库：https:/// ） 2）基于表达量的相关性（Pearson、Spearman相关系数、 WGCNA ） 3）基于序列的碱基互补关系（miRNA-mRNA） 4）基于功能分类关系（富集分析）
4
基础版网络图
节点（node）： 代表mRNA，lncRNA等元素 线（edge）： 代表元素之间的关系，关系对
5
高配版网络图
节点属性：大小、形状、颜色、标签、边框 —— 表达量，差异倍数，RNA类型，功能分类，基因名称……
线属性：粗细、类型、颜色、标签 —— 相关性强弱、相关性正负、靶向关系、相关显著性 ……
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3.2 节点颜色+pathway
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操作 节点颜色单一变化
1）Control Panel ，点击 Style，点击底部 Node， 进入点调整页面 2）点击 Fill color 右侧三角形，打开折叠 3）Column选择 function；Mapping type选择 Discrete mapping 4）依次设定每个pathway的颜色
有方向
无方向
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操作 查看连通性
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操作 节点大小渐变
1）Control Panel ，点击 Style，点击底部 Node， 进入点调整页面 2）点击 Size 右侧三角形，打开折叠 3）Column选择 Degree；Mapping type选择 Continuous mapping 4）双击阴影区域，设定渐变趋势
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主要功能
网络图
整体 局部
布局 样式
节点 线
单个/部分 节点/线 选择过滤
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数据要求
格式： tsv 文件 （Tab Separated Values） csv 文件 （Comma Separated Values） xls，xlsx 文件（Excel Files） 内容： edge文档，绘制网络图基本框架，必要文档。 node文档，丰富美化网络图信息，补充文档，可有可无。
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基础调整练习 1. 切换布局 2. 删除移动点、自定义布局 3. 切换样式、创建样式
5 min
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2.3 节点/线 Node/edge
预设中不满意的样式 可进行个性化调整 改变形状/颜色
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进入节点调整页面
1）左侧Control panel 窗口 点击 Style
2）窗口底部选择 Node
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操作 设定粗细渐变
选择拐点 下方Handle position 填写数值， 回车键运行
位置 大小
添加新的拐点
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操作 设定粗细渐变
1）选中拐点
3）选中拐点
2）输入节点大小：0.6，回车 4）输入节点大小：6，回车
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操作 设定颜色渐变
1）选中拐点
3）选中拐点
2）选择浅灰色 4）选择黑色
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15
1.2 操作 导入node数据
1）工具栏，点击
2）打开文件 darkorange_node.xlsx 3）点击OK，导入
导入哪个网络 导入文件用于节点/线 导入文件与哪一列对应
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导入数据 edge node
3 min
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二 基础操作
数据导入：edge数据、node数据 基础修改：布局、样式、所有节点/线 高级调整：单个节点/线、计算连通性、渐变 图片导出：矢量图、位图
2. 整理绘图数据（edge、node文档） 3. 个性化数据挖掘，图形美化（结合属性调整）
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目 录 CONTENTS
一 网络图基础理论 二 Cytoscape基础操作 三 Cytoscape案例实战
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Cytoscape
是由许多研究单位共同合作开发的开放源码的生物信息分析软件 网址： /
选择Export as image，导出图片，可选择格式、保存路径
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4. 导出图片
备注：仅导出主视窗内可视部分（红框中的图形）
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基本操作小结
1. 菜单栏/工具栏 ：导入数据、调整布局、新建网络图
2. Control panel： ● 切换样式 ● 改变节点颜色、形状 ● 调整线类型、粗细