全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS) 是一种对
全基因组范围内的常见遗传变异: 单核苷酸多态性(Single
nucleotide polymorphism , SNP) 进行总体关联分析的方法, 即在全基因
组范围内选择遗传变异进行基因分型, 比较病例和对照间每个变异频率
的异差, 计算变异与疾病的关联强度, 选出最相关的变异进行验证并最终
确认与疾病相关。

单核苷酸多态性（英语：Single Nucleotide Polymorphism，简称
SNP，读作/snip/）指的是由单个核苷酸—A,T,C或G的改变而引起的
DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样
性。

在后GWAS时代，利用已有的GWAS数据在多个人群间进行meta分析
已经成为一种常用的分析手
段，这不仅可以进一步扩大样本量，更重要的是提高了统计效能。
GWAS meta分
析已经成功应该用在多种复杂疾病的遗传学研究，发现一批新的易感基
因。

全基因组关联水平（P_meta < 5.0×10-8）罕见等位基因（MAF <
5％），

基因型填补（imputation）：依据已分型位点的基因型对数据缺失位点
或未分型位点进行基因型预测的方法。可用于精细定位（fine-
mapping），填补已确认的关联位点附近的位点，以便评价相邻SNP位
点的关联证据。加快复杂性疾病易感基因的定位。
连锁与连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）:
连锁：如果同一条染色体上2个位点的位置比较近，则这2个位点上的
等位基因倾向于一起传递给下一代。
连锁不平衡：又称等位基因关联，是指同一条染色体上，两个等位基
因间的非随机相关。即当位于同一条染色体上的两个等位基因同时存在
的概率大于人群中因随机分布而同时出现的概率时，就称这两个位点处
于LD状态。所谓的连锁不平衡是一种遗传标记的非随机性组合。比
如，一个基因有两个位点，一个位点有两种基因型，那么子代应该有2
的2次方，即4种基因型。但是发现子代的基因型往往会少于4种，这就
是连锁不平衡现象。这是由于两个位点距离较近引起的两个位点上的等
位基因经常同时出现在同一染色体上。