根据《招投标法》及国家部委有关招投标的管理办法，很多工程建设项目必须经过招投标程序来确定承包人，虽然合同协议书只有区区数页，但合同组成文件数量众多，各文件制订的时间存在差异，加之工期较长，施工期间又会产生许多文件，各文件相互之间难免发生矛盾。在合同双方因采用不同的合同条款而产生分歧时，如何正确应用合同文件的优先顺序原则化解纠纷，应着重把握以下几点的应用：

一、九部委《标准施工招标文件》中通用条款第1.4款关于合同文件优先顺序的规定。

第1.4款规定，组成合同的各项文件互相解释，互为说明。除专用条款另有约定外，解释合同文件的优先顺序如下：

（1）合同协议书

(2)接受函（中标函）或中标通知书

(3)议标期间问答式书面文件

(4) 投标函及投标函附录

(5)合同专用条款

(6)合同通用条款

(7) 技术标准和要求(工程规范)

(8)合同图纸(设计与施工相互制约）

(9) 已标价工程量清单

(10)组成合同的其他文件

根据以上合同解释的原则，重要的问题应写入优先顺序较高的文件，最后确定的事宜和需要特别承诺或变通的条款应写入优先顺序在前的文件。如双方当事人对合同文件的解释顺序有特殊约定的，双方应在“专用条款”中明确约定，并优先于“通用条款”的约定。

二、九部委《《标准施工招标资格预审文件》和《标准施工招标文件》试行规定》（56号文）的强制性规定。

56号文第六条规定，行业标准施工招标文件中的“专用合同条款”可对《标准施工招标文件》中的“通用合同条款”进行补充、细化，除“通用合同条款”明确“专用合同条款”可作出不同约定外，补充和细化的内容不得与“通用合同条款”强制性规定相抵触，否则抵触内容无效。第九条规定，试点项目招标人编制招标文件中的“专用合同条款”可根据招标项目的具体特点和实际需要，对《标准施工招标文件》中的“通用合同条款”进行补充、细化和修改，但不得违反法律、行政法规的强制性规定和平等、自愿、公平和诚实信用原则。根据上述规定，“专用条款”的效力并非一定优先于“通用条款”的效力，如果“专用条款”的约定违反了56号文的规定，则“专用条款”无效，仍应适用“通用条款”的规定。

三、施工期间签署的文件效力大于招投标时签署的文件。

施工过程中，合同双方有关工程的洽商、变更等书面指令或文件，因签订时间在后，系双方就变更建设工程施工合同内容达成的新的合意，该洽商、变更等书面文件在符合法律规定的情况下，应最优先解释适用，即使该洽商、变更等书面文件属于“通用条款”规定或“专用条款”约定的解释顺序在后的文件类别。

四、《合同协议书》中背离合同实质性内容的条款无效。

根据《招投标法》第46条规定，招标人和投标人应当按照招标文件和投标文件订立书面协议，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，即使《合同协议书》签署在后，在合同文件的优先顺序中排名在前，但其条款如果背离招标文件和投标文件中约定的合同实质性内容的，应认定无效，以招标文件和投标文件中约定的合同实质性内容为准。

五、专用条款在技术规范之前，效力大于技术规范。

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