等位基因之间的差异主要体现在以下几个方面：
1. 遗传效应：等位基因在遗传过程中扮演着不同的角色，当两个等位基因都是隐性时，它们才能表现出显性的表现型。

而当一个等位基因是显性，另一个是隐性时，它会表现出隐性的表现型。

2. 表现形态：等位基因在生物体中的表现形态也有所不同。

有些等位基因可能导致生物体的性状发生轻微的变化，如眼睛颜色的深浅；而有些等位基因则会对生物体的整体性状产生显著的影响，如身高、体重等。

3. 显隐性关系及遗传效应：等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。

4. 数量：在一个群体内，同源染色体的某个相同座位上的等位基因超过2个以上时，就称作复等位基因。

例如，人类ABO 血型基因座位是在9号染色体长臂的末端，在这个座位上的等位基因，就人类来说，有IA、IB、i三个基因，因此人类的ABO血型是由3个复等位基因决定的。

5. 表达程度：在个体中，等位基因的某个形式（显性的）可以比其他形式（隐性的）表达得多。

例如，人类RH血型基因的座位是在1号染色体短臂的3区5带，位于两条1号染色体相同座位的Rh的RH就是一对等位基因。

总的来说，等位基因之间的差异主要体现在遗传效应、表现形态、显隐性关系及遗传效应、数量以及表达程度上。