酵母菌分類根據荷蘭Lodder & Kreger-van Rij 所著“The Yeasts, A Taxonomy Study”分類主要依據是1. 形態2. 對硝酸鹽或碳源的利用3. 對糖的發酵性形態與大小：因酵母種類不同而不同，同一種也會因培養條件或發育時期不同而有異，一般直徑約在5 µm，顯微鏡40X及100X接物鏡下皆可觀察到。
cerevisiae型：球形與卵形(如啤酒酵母Saccharomyces cereviisiae)ellipsoideus型：橢圓形(如葡萄酒酵母Saccharomyces ellipsoideus)pastorianus型：香腸形apiculatus型：檸檬形trigonopsis型：三角形增殖法：主要為營養增殖(即出芽生殖(budding))，偶而發生有性生殖時則行子囊胞子來增殖。
母細胞(mother cell)：原來的細胞子細胞daughter cell)：增殖後的細胞多極出芽(multilateral budding)：同一個細胞上數個地方可以出芽者兩極出芽(bipolar budding)：只有細胞兩端才會出芽者(如Kloeckera spp.)偽菌絲(pseudomycelium)：出芽後的細胞一直連成很長，呈菌絲狀者(如Candida spp.)真菌絲(true mycelium)：有些酵母會形成如同黴菌具有隔膜(septum)的真菌絲(如Endomycopsis spp., Trichosporum spp.)分裂酵母(fission yeast)：非出芽，而是在細胞中央形成隔膜再分裂成兩個細胞者(如Schizosaccharomyces spp.)出芽分裂(bud fission)：出芽後基部不縮小，在子細胞與母細胞之間直接分裂的酵母謂之(如Saccharomycodes spp.)子囊孢子(ascospore)：在不利的環境下，在酵母的生活史中某一部分會形成子囊孢子有孢子酵母(sporogenous yeasts)：能產生子囊孢子的酵母稱之無孢子酵母(asporogenous yeasts)：不形成子囊孢子之酵母一倍體營養細胞(haploid)：由二個一倍體細胞接合後再形成子囊胞子者(如Schizosaccharomyces)出芽時分裂的二個核融合後在母細胞內形成子囊孢子者(如Debaryomyces)母細胞與出芽細胞間融合後的核，移到另一個出芽細胞內形成子囊孢子者(如Nadsonia)二倍體營養細胞(diploid)：環境不合適時，停止出芽生殖，直接減數分裂產生子囊胞子(如Saccharomycodes(孢子能在子囊內直接接合成兩倍體)或Saccharomyces(發芽後的胞子間才接合成兩倍體))子囊(ascus) 內的孢子數，普通為2 or 4，多者可8 or 16，偶而會有奇數，其形狀有：無孢子的酵母則無核融合或細胞接合，且營養細胞上突出的小柄(sterigma)長出子細胞，並以彈射的方式形成射出孢子(ballistospore) (如Sporobolomyces)，有些會形成特有的厚膜休眠孢子(teliospore) (如Rhodosporidium)，這類的酵母都是屬於擔子菌類(Basidiomycetes)。
酵母的分類Basidiomycetaceous Yeasts (擔子菌酵母)：UstilaginalesRhodosporidiumLeucosporidiumAscomycetaceous Yeasts (子囊菌酵母)：Endomycetales (具有ascus)Saccharomycetaceae：子囊的形狀為球形或橢圓形Schizosaccharomyceoideae：分裂生殖SchizosaccharomycesNadsonioideae：兩極出芽SaccharomycodesHanseniasporaSaccharomycoideae：多極出芽SaccharomycesKluyveromycesPichiaHansennulaDebaryomycesLipomycetoideae：母細胞突出形成袋狀的子囊LipomycesSpermophthoraceae：子囊形狀為針形或紡錘形NematosporaFungi imperfecti yeast (不完全菌酵母)：MonilialesSporobolomycetaceae (具ballistospore，與擔子菌有密切關係) BulleraSporobolomycesSporidiobolusCryptococcaceae：無ascusBettanomycesCandidaCryptococcusKloeockeraOosporidiumPityrosporumRhodotorulaSchizoblastosporiumSterigmatomycesTorulopsisTrichosporonTrigonopsisbrewer’s yeast 啤酒酵母sake yeast 清酒酵母wine yeast 葡萄酒酵母alcohol yeast 酒精酵母baker’s yeast 麵包酵母soysauce yeast 醬油酵母fodder yeast 飼料酵母petroleum yeast 石油酵母top yeast 啤酒發酵中，酵母會浮在液面上層者(英國)bottom yeast 啤酒發酵中，酵母會沈在液面底層者(德國)red yeast 紅色酵母(如Rhodotorula or Sporobolomyces)black yeast 黑色酵母film yeast 產膜酵母：在液面形成皮膜來增殖者(如Pichia, Hansenula)主要酵母菌的屬介紹：1. Schizosaccharomyces屬：營養細胞圓筒形，分裂生殖形成子囊，主要在熱帶代表種S. pombe：是從非洲人的Pombe酒中分離出的酵母，酒精發酵能力很強。
Schizosaccharomyces octosporus：主要由果實中分離出。
Schizosaccharomyces pombe2. Saccharomycodes屬：出芽分裂的酵母，此屬只一種S. ludwigii，蔗糖會發酵，但對maltose不會發酵，故麥汁的發酵因maltose會殘留可釀成具有甜味的酒。
3. Hanseniaspora屬：檸檬形兩極出芽，為果實上之野生酵母，在葡萄酒釀造初期會出現，不久即被淘汰。
代表種為H. valbyensis。
4. Saccharomyces屬：酒精發酵能力很強，為酵母中最重要的屬，是傳統以來各類酒、製造酒精、製造麵包等所使用的。
細胞有球形、卵形或橢圓形，多極出芽。
代表種有：S. cerevisiae=S. sake=S. ellipsoideus=S. cerevisiae var. ellipsoideus=S. formosensis ? (or =S. cerevisiae var. formosensis? 早期台研396釀酒精菌種)為製造啤酒、葡萄酒、清酒、酒精、麵包等最常使用之菌種。
S. carlsbergensis=S. uvarum從Carlberg的啤酒釀造場所分離之下面酵母(bottom yeast)。
S. bayanus=S. pastorianus為不良酵母，造成啤酒發酵過程中有臭氣產生，嚴重影響啤酒品質(有害菌)。
S. diastaticus會分解dextrin & starch，不利於啤酒發酵，為啤酒製造過程中之有害菌。
S. rouxii=Zygosaccharomyces major (醬油有益菌)=Z. soya (醬油有益菌)=Z. salus (有害菌，會於醬油表面形成皮膜)=Z. japonicus (有害菌，會於醬油表面形成皮膜)為耐鹽性酵母，在醬油膠中常被發現，為一種有用酵母5. Kluyveromyces屬：具有可使乳糖發酵產生酒精或乳酸。
代表種：K. fragillis = Saccharomyces fragilis (從乳酒中分離出者)K. lactis = S. lactis (從牛乳或cheese中分離出者)6. Pichia屬：在釀造物表面常會形成皺紋狀薄膜的產膜酵母，多半為有害菌。
代表種為P. membranaefaciens，會消耗ethanol，對糖無發酵能力，常在鹽漬物液的表面形成皮膜，是啤酒及葡萄酒發酵過程中的有害菌。
7. Hansenula屬：同Pichia為產膜酵母，但Pichia不利用硝酸鹽，而Hansenula則可以利用硝酸鹽。
對酒精生成ester的能力很強，代表種為H. anomala，ascospore為帽子形。
會消耗酒精的有害菌，但對清酒的芳香生成有關，故又稱為清酒後熟酵母。
8. Debaryomyces屬：會形成表面有突起的子囊胞子，無發酵性，耐鹽(會有皮膜，如鹽漬或醃肉常見)及耐糖能力很強，會產生riboflavin。
代表種為 D. hansenii，從cheese & sausage中分離出者。
9. Lipomyces屬：細胞具粘性莢膜，老細胞會有很大的脂肪球，故又稱脂肪酵母。
代表種為L. starkeyi，乾燥菌體中含有60%脂肪，為將來可能具有油脂生成能力的潛力菌種。
10. Brettanomyces屬：在好氣情形下使糖產生醋酸，細胞常呈特有的尖頭橢圓形狀，無ascus產生。
代表種為B. bruxellensis，為下面發酵啤酒的有害菌，與上面發酵啤酒的後發酵有關。
11. Candida屬：細胞球形、卵形或圓筒形，易產生偽菌絲，具酒精發酵能力之種很多。
常見的種有：C. utilis=Torulopsis utilis=Torula utilis能利用xylose，故可以利用亞硫酸紙漿之廢液來培養菌體當飼料酵母，也可當inosinic acid的原料。
C. tropicalis為飼料酵母，具利用碳化氫能力。
C. lipolytica具利用碳化氫能力，為重要的石油酵母，主要是生產菌體以獲得蛋白質，也能由n-paraffin產生多量的α-ketoglutaric acid or citric acid。
(ps. Citric acid亦可由糖的生化反應來生產)C. guilliermondii & C. robusta為生產riboflavin，尤其C. robusta能利用acetic acid為單一碳源來生產大量的riboflavin。
C. albicans為引起人類及動物皮膚及粘膜病變(Candida症)的病原菌。