在各种不同的反相色谱柱中，即使是最通用的C18色谱柱对相同分析物也有不同的色谱行为。

也就是说，每一种C18色谱柱都有其或多或少的不同特性。

例如：硅胶基质的不同、或是碳载量的不同、或是硅胶孔径的不同…等等。

这些不同的特性就造成虽然都是C18色谱柱，但有其不同的分析效果。

在此我们将反相色谱柱做个简单的分类和介绍。

（1）硅胶基质基本分成四类：
a.全多孔硅胶：目前较常使用，有较多种的粒径和键合相可以选择，对仪器的要求
不高。

b.乙基桥连杂化硅胶颗粒：硅氧硅键替换成硅乙基硅键，可以在碱性条件下更稳定。

增强pH 稳定范围，与全多孔硅胶的性能相似，优化碱性化合物在高pH条件
的分析。

c.整体硅胶柱：背压极低，减少柱床的阻塞。

适合直接分析“脏”的样品，例如血
清。

d.核壳硅胶颗粒：这是未来色谱柱发展的趋向，在常规HPLC液相上使用能够得
到UPLC超高效的分析效果；在UPLC上使用，更是如虎添翼！
（1）反相固定相基本分成三类：
a.疏水性：例如C18、C8、C4 …等等；
b.疏水带极性：极性封端或是镶嵌，使得疏水固定相带有极性分离作用；
c.苯基：例如五氟苯基柱。

为了应对越来越复杂的化合物分析，只用疏水性的色谱柱，已经不能满足分析的需要。

因为分析化合物和固定相之间的作用，基本分为下列五种的作用（1）疏水作用，（2）氢键给予能力，（3）氢键接受能力，（4）立体空间作用，和（5）阳离子选择性。

为了选择最适用我们分析的色谱柱，我们必须综合考虑这五种作用力。

国际主要的色谱生产厂家，都会将自己所生产的反相色谱柱综合以上的5 种作用力进行分类。

Phenomenex 公司也不例外，为的是方便所有色谱分析者能够迅速的选择适用的色谱柱。

本质上是填料(固定相)的不同,正相色谱柱填料极性强,洗脱顺序由弱到强；反相色谱柱填料极性弱，洗脱顺序由强到弱。

以下是详细说明：
1、正相色谱正相色谱用的固定相通常为硅胶（Silica）以及其他具有极性官能团胺基团，如（NH2，APS）和氰基团（CN，CPS）的键合相填料。

由于硅胶表面的硅羟基（SiOH）或其他极性基团极性较强，因此，分离的次序是依据样品中各组分的极性大小，即极性较弱的组份最先被冲洗出色谱柱。

正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如正已烷（Hexane），氯仿（Chloroform），二氯甲烷（Methylene Chloride）等。

2、反向色谱反向色谱用的填料常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。

反向色谱所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。

样品流出色谱柱的顺序是极性较强的组分最先被冲洗出，而极性弱的组分会在色谱柱上有更强的保留.
常用的反向填料有：C18（ODS）、C8（MOS）、C4（Butyl）、C6H5（Phenyl）等
反相色谱中疏水性越强的化合物越容易从流动相中挤出去在色谱柱中滞留时间也长所以反相色谱法中不同的化合物根据它们的疏水特性得到分离反相色谱法适于分离带有不同疏水基团的。

新色谱柱在使用之前需进行柱效测定，测定理论塔板数,并用这个值来定期地比较，随着时间的推移,要每间隔一段时间就重新测定一下,以此追踪色谱柱性能。