1、安装后首先打开ImageJ：
2、
3、
4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。

因此我们
5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里
在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK
点击OK后会跳出校正后的光密度曲线：
如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages
6、
量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK
7、
只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK
在弹出来的界面点击OK
9、
10、记录数据并计算：
结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD （光密度的总和）。

结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。

（/pixel）用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即：
同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。

以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比：
从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-Pro Plus）的分析结果是基本一致的。