消化道微生物群落分布及构成具有空间特异性。

纵向来看，食管、胃、十二指肠、回肠、空肠和结肠的细菌群落构成及菌量存在差异，各部位细菌数目分别为101~2、104~5、106~7、107~8和1010~12CFU/ml；横向来看，胃液与胃黏膜菌群、粪便与大肠黏膜的菌群构成及数量不尽相同。

消化道真菌群落虽然含量远远低于细菌群落，但同样是消化道微生物群落的重要组成部分。

正常情况下，粪便中真菌细胞数为10~103个/g，相应细菌群落含量较高，为1011~1012个/g。

人类出生后数天或数周消化道内即出现真菌定植。

早期基于培养方法的研究认为，70%健康人消化道内存在真菌，其中大部分为念珠菌和酵母菌等。

因受到分类和鉴定方法的限制，有大量与人体相关的真菌仍然未知。

一、食管
早期基于细菌培养的研究认为，食管无菌或仅有少量暂住菌。

目前少量针对食管细菌群落高通量测序分析的研究报道，正常食管菌群主要以链球菌属、普里沃菌属和韦荣球菌属为主，多来自于口咽部的定植细菌；食管菌群构成虽复杂但相对稳定，大部分食管内细菌已知并可培养。

有学者将食管菌群构成分两型：Ⅰ型，见于正常食管黏膜，以链球菌属为主；Ⅱ型，见于食管炎和Barrett's食管，以普里沃菌属、拟杆菌属、嗜血菌属和韦荣球菌属等革兰阴性厌氧菌/微需氧菌为主。

Ⅰ型至Ⅱ型的转变可能导致食管炎症和肠化。

二、胃、十二指肠
胃酸的酸度很高（pH2-3），以前认为胃内基本无活菌。

但是目前少量基于微生物高通量测序的研究证实，胃内除幽门螺杆菌（）之外仍有大量其他细菌种属，常见有链球菌、奈瑟球菌和乳酸菌属等。

与胃内其他菌群相互影响、相互作用，如乳杆菌、双歧杆菌和酵母菌属等益生菌种可以阻止在胃黏膜的定植、黏附和生长。

十二指肠内的细菌与胃类似。

三、结肠、直肠
结肠和直肠则有大量细菌，主要是类杆菌（Bacteroides）、双歧杆菌（Bifidobacterium）、大肠埃希氏菌、乳杆菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌（Proteus）、梭菌（Clostridium）等。

1克干粪含菌总数在4千亿个左右，约占粪重的40%，其中99%以上是厌氧菌。

肠道菌群受饮食、年龄等因素影响很大。

多食蛋白质的人，大肠埃希氏菌生长旺盛；以吃淀粉为主的人，乳杆菌较多。

哺乳期婴儿的肠道菌群主要是双歧杆菌，占总菌数的90%左右；随着成长，双歧杆菌下降，类杆菌、乳杆菌、梭菌等逐渐增多。

婴儿刚出生时肠道是无菌的，1-2小时后就有菌出现。

开始时菌种和数量少，随后逐步增多。

先定殖的是需氧菌，然后是厌氧菌。

因前者生长繁殖需消耗周围微环境中的游离氧，这有利于厌氧菌的繁殖。

此过程约1周左右。