原子论的思想根源
当古希腊人接触物质世界时，他们始终致力于追问客观事物的来源，起初，神话是这个问题的答案，直到以米利都学派为代表的一批哲学家们转变思路，开始用自然解释自然。
最早的哲学家们把世界的本原定义为在世界的变化中始终不变的东西，万物都从其中产生且万物消逝后又重归于其中。
所以抵消之后，从根本上看没有什么产生，也没有什么消逝，故世界得以处于一种相对稳定的状态中。
他们从变化不居的世界中总结出了统一性，那就是本原都是物质性的。
世界的始基是确定的物质，具有特殊性，却也有单纯的普遍性。
米利都学派创始人泰勒斯就认为万物本原为水。
因为，第一，万物都要依靠水来滋养，干燥的东西都会死亡，并且热也是由湿气中产生的，且要靠水来维持生机。
第二，万物的种子都是潮湿的，水则是潮湿的根源，且植物都从种子中生发，死亡时又都会留下种子，所以万物的本质可归结于水。
从客观地理条件上看，米利都乃至整个希腊都被地中海所包围，泰勒斯“大地浮于水上”的宇宙论可能就来自于对此的直观感受。
希腊人的日常生活与水息息相关，万物无一可以离开水，把水与世界本原联系在一起，这在逻辑上也是很自然的。
米利都学派的另一代表人物阿那克西美尼认为万物的本原是气，气先于水，是一切简单物体的本原。
气是无限而确定的，兼备具体性与一般性。
阿那克西美尼还进一步阐释了气产生万物，万物又复归于气的具体机制，稀薄的气就是火，聚集的气是风云，进一步聚集就得到水、土、石等一系列实体。
这样通过气的聚集与分散就产生出了万物，气的具体呈现形式发生了变化，而气作为本体还是不变的自然基质。
也就是说，气的相对密集程度是物质的本质特征。
阿纳科斯美尼首次尝试阐述由本原组成万物的方式，虽然这种阐述仍然不够具体。
米利都学派的另一个哲学家阿那克西曼德则产生了截然不同的认识，他认为万物的本原是阿派朗，即无定形无定性的东西，这是把本原归结为“无限”的起始，“无限者”比水、土更适合阐释万物的本原，因为水、土不够基本，总是能被对立面所毁灭。
总体而言，以米利都学派为代表的古代希腊哲学家们都认为世界在发生着无限的、永恒的变化。
赫拉克利特进一步发展了米利都学派的观点，认为变化是这个世界的本质，强调万事万物都无时无刻不在处于流变之中。
他把火视作万物的本原。
赫拉克利特所说的火过去、现在、和将来永远是一团永恒的活火，按一定尺度燃烧，一定尺度熄灭。
既然万物是运动变化的，那么万物的本原也一定是可运动变化的，例如水、气，而活火的运动变化是最活跃的最明显的，所以他选择火作为万物的本原。
赫拉克利特的开拓性在于他否定了本原作为一种实体而存在的必要性，火虽然也是物质性的，但不同于水、气，它不是一种实体，而是一种物质的运动变化过程。
而且，把水、气视作物质本原是将本原纯粹地归结于质料因，指出了变化所依赖的物质，却没有说明驱使这种变化产生的动力。
而火不但自身处于永恒的变化，更能使靠近它的其他物质燃烧而发生改变，火既是变化又是产生变化的原因。
火是宇宙中自身生成的，那么宇宙也就是自己生成的。
万物和火是可以相互转化的。
赫拉克利特的观点是对米利都学派宇宙论的继承和深入发展。
毕达哥拉斯学派则把数看作万物本原。
对比米利都学派和赫拉克利特的观点，数比水、气、火、土更类似于世间万物，更有利于描述世界的本质，因为世界上不但有物质实体这样的存在，也有相对抽象的存在，用物质性的元素去解释抽象的原理是很困难的。
万物之中都存在着数量关系，数量关系才是万物不变的本质特征，用数来表达显然更为合适，数可以作为标准和尺度来衡量世界。
毕达哥拉斯学派认为“一”可以视作一切的开始，从“一”可以产生数、产生基本的几何
图形，从而组成具体事物。
抽象化的数和几何图形更接近于事物的本质，可以算作亚里士多德所言的四因中的形式因。
巴门尼德通过证明不存在、差异都不能被有意义地言说和思想，从而证明了过去、未来的时间都无法被言说，否定了“无中生有”即无限制生成的可能性，反驳了赫拉克利特的“万物流变”观点，彻底否定了变化，否定了宇宙论和这个可被我们感知的现实物质世界。
但是，巴门尼德的继承者们恩培多克勒、阿那克萨戈拉以及原子论的提出者留基波和德谟克利特允许部分不违背巴门尼德原则的变化存在，为宇宙论辩护。
恩培多克勒持四根说，认为水、气、火、土四种元素是万物的本原。
米利都学派、赫拉克利特、毕达哥拉斯学派无论是选择物质性的水、气、火还是抽象的数都将万物的本原视作唯一且无法清楚地解释具体本原是如何生成万物的，对比之下恩培多克勒则肯定了本原的多元性也做出了对由四根产生万物的机制的解释。
四根自身不发生改变，而是通过有序的结合和分离来使万物生成或消亡。
驱使四根进行相互结合和分离的动力被恩培多克勒描述为“爱”与“憎”这两种对立的力量，四根在“爱”中结合在“憎”中分离。
阿那克萨戈拉建立了种子论，他认为无限多的各种各样的种子是万物的本原，种子虽然是无限多的，但是种子的数量却是不变的，种子既不产生也不消亡，通过种子的结合和分离来产生事物的种种变化。
阿那克萨戈拉既延续了巴门尼德否定“无中生有”的原则，强调种子不能凭空产生，又对于巴门尼德“万物不变”的静态世界进行了驳斥。
恩培多克勒和阿那克萨戈拉为原子论的思想奠定了良好的基础。
留基波和他的同伴德谟克利特是原子论者，他们认为万物的本原是原子和虚空。
充实的固体是存在者，虚空是不存在者。
原子本身千差万别，原子通过在虚空中以不同方式结合和分离而形成万物。
原子是微小的不可分割的粒子，坚实饱满内部没有空隙。
原子数量无限多，本质相同，但形状和排列的方位姿势多变，所以构成的物质也不相同。
原子是彼此独立的、不能互相转化的，不生不灭的微粒。
德谟克利特在此坚持了巴门尼德“存在即存在，不能从非存在中产生”的思想。
虚空是不存在任何物质的空间，为原子的运动提供场所。
原子论很好地解释了本原生成万物的具体方式。
原子在虚空中进行着凌乱的机械运动，相互碰撞，由于形状、位置、排列次序和外界条件的影响而结合或分离。
但是原子论并不能很好地解释原子在虚空中运动的动力来源。
纵观从希腊哲学从米利都学派到原子论的发展进程，对于物质本原的解释越来越趋于科学化，到原子论时已经具备了与现代科学原子模型的雏形。
物质本原是的物质性的这一万物统一性始终存在。
人们对于这个世界的感性认识在不断地被淡化，理性的重构论证使越来越抽象化的本原更接近这个世界的本质，哲学对于科学的奠基作用显而易见。