图3 菟丝子与拟南芥、番茄转移RNA和非转移RNA的表达和富集分析
参考文献
[1] Li A, Liu D, Wu J, et al. mRNA and small RNA transcriptomes reveal insights into dynamic homoeolog regulation of allopolyploid heterosis in nascent hexaploid wheat [J]. The Plant Cell, 2014: tpc. 114.124388.
[2] Jing Li, John P, Giesy, Liqin Yu, et al. Effects of Tris (1,3-dichloro-2-propyl) Phosphate (TDCPP) in Tetrahymena Thermophila: Targeting the Ribosome. Scientific Reports. 2015, 5:10562.
[3] Kim G, LeBlanc M L, et al. Genomic-scale exchange of mRNA between a parasitic plant and its hosts [J]. Science, 2014, 345(6198): 808-811.
图1 非加性表达miRNA与亲本显性表达miRNA的 等级聚类分析和两者的关联
［案例二］ 磷酸三（2,3-二氯丙基）酯（TDCPP）对四膜虫生长繁殖的 抑制作用与核糖体相关
诺禾携手华中农业大学,利用转录组测序和信息分析技术,研究了TDCPP处理组和 对照组差异基因表达,并对差异表达基因进行KEGG通路分析,发现核糖体基因通 路显著富集, 同时伴随胞浆和粗面内质网上核糖体数量减少体积增大。这些探索 表明四膜虫可以作为TDCPP反应的生物指标，为后续研究TDCPP作用其他生物 的毒理机制提供了新视角。
真核mRNA测序 是基于HiSeq平台，对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，既可研究已知基因，亦能发掘新基因，全
面快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为：有参考转录组、无参考转录组以及eq SE50 6 M clean reads
HiSeq PE125 3 Gb clean data
参考基因组比对 新转录本预测 可变剪切分析 SNP/InDel分析
40天
参考转录组拼接 转录本/Unigene长度统计
基因功能注释 NR，NT，Swiss Prot GO，KEGG，KOG
Protein Family CDS预测分析 SNP/SSR分析
图2 显著富集的KEGG通路
［案例三］ 转录组揭示寄主植物与宿主之间进行RNA交换的机制
菟丝子被称作勒死草，会用被称作吸根的专用器官穿透宿主组织与其建立联 系，可以吸取宿主的水份与营养物质，也能吸取RNA(mRNA)分子。本研究分 别选取菟丝子和拟南芥及番茄的共生体茎上的三段组织进行转录组学的研究， 发现寄生植物与寄主之间mRNA的转移量很大且是一种双向转移的模式；两种 宿主相比，更多的拟南芥RNA被转移到菟丝子植物之中，而且菟丝子与拟南芥 之间较自由的交换，可表明调节菟丝子吸根选择性的机制可能是宿主特异性 的，从而揭示了寄主与宿主之间进行RNA转移的遗传机制。
分析内容
项目周期
真核有参转录组测序
真核无参转录组测序
RNA样品总量≥1.5 μg； RNA样品达谱（DGE）
HiSeq PE150 6 Gb、8 Gb、10 Gb、12 Gb clean data
HiSeq PE150 项目数据至少12 Gb clean data
50天
基因表达水平分析 RNA-seq整体质量评估
转录因子注释 GO/KEGG富集分析 蛋白互作网络分析 基因共表达网络构建
可视化结果展示
30天
35天（有参） 45天（无参）
案例解析
［案例一］ mRNA和small RNA转录组揭示新合成异源六倍体小麦杂种 优势的动态部分同源调控
诺禾致源携手中国农业科学院作物科学研究所，利用转录组测序技术，对杂交 亲本、新合成异源六倍体小麦的幼苗、穗和种子进行了mRNA和smallRNA测序 及信息分析，发现新合成异源六倍体小麦绝大部分基因表现为12类基因表达模 式，包括加性表达，少部分的基因表现为非加性，基因的非加性表现出非常强 的发育时期特异性，与生长势密切相关；miRNA的丰度随着倍性的增加逐渐下 降，新合成异源六倍体小麦中非加性表达的 miRNA也同样表现出亲本显性表 达，miRNA的表达敏感性与生长势和适应性密切相关。该研究揭示了不同倍性 非对等杂种优势的分子基础。