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酶促反应的机制


酶-底复合物形成时,酶分子构象发生变化,底物分子 也常常受到酶的作用而发生变化,甚至使底物分子发生扭 曲变形,从而使底物分子某些键的键能减弱,产生键扭曲, 有助于过度态的中间产物形成,从而降低了反应的活化能。

诱导底物变形,扭曲,促进了化学键的断裂。
酶中某些基团可使底物分子的敏感键中某些基团的电子 云密度变化,产生电子张力,降低了底物的活化能。 底物与酶结合诱导酶的分子构象变化,变化的酶分子又 使底物分子的敏感键产生“张力”甚至“形变” ,从而促 使酶-底物中间产物进入过渡态。
-OH的亲核催化(胰蛋白酶)
某些通过共价催化机制进行的酶反应

3-磷酸甘油醛脱氢酶
共价中间络合物
酰基-酶
参与共价中间络合物 形成的氨基酸残基
Cys
D-氨基酸氧化酶 乙酰CoA酰基转移酶 Gly咪基转移酶
蔗糖磷酸化酶 转醛醇酶 胰蛋白酶 木瓜蛋白酶 碱性磷酸酯 ATP-柠檬酸解酶 果糖二磷酸醛缩酶 磷酸葡萄糖变位酶 琥珀酰CoA合成酶
氏双曲线。

在底物足够过量而其它条件固定的情况下,并且 反应系统中不含有抑制酶活性的物质及其他不利 于酶发挥作用的因素时,酶促反应的速度和酶浓 度成正比。
(一)、底物对酶促反应的饱和现象:
反应级数
(二)、曲线的基本含义 研究前提
I. II.
单底物、单产物反应; 酶促反应速度一般在规定的反应条件下,用单位时间内 底物的消耗量和产物的生成量来表示; 以内)时的反应速度;
子的排除、排斥,在非极性环境中可显著增高两个带电基团 之间的静电作用,有利于同底物的结合;同时,酶的催化基 团被低介电环境所包围,底物分子的敏感键和酶的催化基团 之间就会有很大的反应力,有利于酶加速反应的。
结合区可避免水分子干扰
+ -
在避开水分子的干扰下,分子间的离子键才容易产生。
疏水性口袋
OH
III. 反应速度取其初速度,即底物的消耗量很小(一般在5﹪
IV.
底物浓度远远大于酶浓度。
在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速 度的影响呈矩形双曲线关系。

(三)米氏方程(Michaelis-Menten equation)
1913年Michaelis和Menten提出反应速度与底 物浓度定量关系的数学方程式。
酶活性中心的某些基团可作为质子的供 体或受体,从而对底物进行酸碱催化 如组氨酸的咪唑基, 解离常数为6.0,在 生理pH下酸碱形式均可存在,很活跃

酸碱催化可参与多种反应,如多肽的水 解、酯类的水解、磷酸基的转移

综上所述: 酶与底物结合时,由于酶的变形(诱导契合) 或底物变形使二者相互适合,并依靠离子键、氢键、 范德华力的作用和水的影响,结合成中间产物,在

酶促反应动力学主要研究酶催化的反应速度以及 影响反应速度的各种因素。

在探讨各种因素对酶促反应速度的影响时,通常 测定其初始速度来代表酶促反应速度,即底物转 化量<5%时的反应速度。
初速度产物酶促反 Nhomakorabea速度逐渐降低
0


一、底物浓度对酶促反应速度的影响

酶促反应可表现为三个层级反应。 反应速度对于底物浓度的变化呈双曲线,称为米
B.形成四联体过度态中间物
E.形成包括水分子的四联体过度中间物
F.羰基产物形成,酶游离
第四节、酶促反应动力学
本节需要解决的问题
底物浓度与酶促反应速度的影响 酶浓度对酶促反应速度的影响
pH对酶促反应速度的影响
温度对酶促反应速度的影响 抑制剂对酶促反应速度的影响 激活剂对酶促反应速度的影响
E+S k+1 ES k+2 E + P
k-1
k-1 + k+2 Km = k+1 =Ks
3. 可用于判断反应级数

当[S]<0.01Km时,反应为一级反应;
当[S]>100Km时,ν=Vmax,反应为零级反应;
当0.01Km<[S]<100Km时,为混合级反应。
Vmax [S]
V=
Km + [S]
-
+ +
稳定的底物
-
通过电荷等相互作用,底物张 力变形激活形成过渡态
+
+ -
羧肽酶催化中的电子云形变化
定向 极性专一性契 合区 + 靠近 C端确认区
注 意
H2+N=C
精氨酸
6. 金属离子的催化作用
7.多元催化 (multielement catalysis)
+
+/-/+
-

接受质子:碱 提供质子:酸
6. 可用来确定酶活性测定时所需的底物浓度:当 [S]=10Km 时,ν= 91%Vmax ,此时即为最合适的测定 酶活性所需的底物浓度。 7. Vmax可用于计算酶的转换数:当酶的总浓度和最大 速度已知时,可计算出酶的转换数,即单位时间内每 个酶分子催化底物转变为产物的分子数。
某些酶的Km值

酶分子的非极性区域内,由于酶与底物的邻近、定
向,使二者可以通过亲核/亲电催化、一般酸/碱催
化或金属离子催化方式进行多元催化,从而大大降
低反应所需的活化能,使酶促反应迅速进行。如凝 乳蛋白酶:Ser-195亲核催化, His-57碱催化等。
四.酶催化机理实例—胰凝乳蛋白酶
A.酶与底物结合,形成米氏复合物(ES)
4. Km是酶的特征性常数:在一定条件下,某种酶的Km值是 恒定的,因而可以通过测定不同酶(特别是一组同工酶) 的Km值,来判断是否为不同的酶。 5. Km可用来判断酶的天然底物:Km值最小者,即为该酶的 最适底物。 米氏常数Km=(k-1+k+2)/k+1 在反应的起始阶段,k+2 << k-1 ,K m ≈k-1 /k+1 ≈1 /K平≈K解离 此时,Km越大,说明E和S之间的亲和力越小,ES 复合物越不稳定。 当Km越小时,说明E和S的亲和力越大,ES复合物 越稳定,也越有利于反应。
1. 双倒数作图法(double reciprocal plot ) v .─ Eadie-Hofstee方程式: v = Vmax -Km Equation) 又林-贝氏作图法(Lineweaver-Burk [S] 林-贝氏方程式: [S] ─ v Km . 1 1 1 1 ─ = ── ─ + ─ v Vm ─ v Vmax [S] v 1 Vmax[S] 斜率= ─ Vm v = ──── Km+[S] m V 方程式两边 Km 斜率= ─ Km 同乘以[S]
三、影响酶促反应高效率的机制
1、趋近与定向效应 (proximity and orientation effect)

邻近效应(proximity effect) :由于酶和底物分子之
间的亲和性,底物分子有向酶的活性中心靠近的趋
势,使底物在酶活性中心的有效浓度增加的效应。

定向作用(orientation arrange) :当底物向酶活性中 心靠近时,会诱导酶分子构象发生改变,使酶的催 化基团与底物的反应基团之间的正确定向,酶促反 应易于进行。
k1 k3
2

快速平衡理论 1913年 Michaelis和Meuten 提出,当底物浓度 远远大于酶浓度时,假定ES分解成产物的逆反 应可忽略不计,因此在“快速平衡”理论的基础 上推倒出一个数学方程式,以表示底物浓度与酶 反应速率之间的定量关系,称为米氏方程。
恒态法推导:
1925年Briggs和Haldame对米氏方程作了一次重要 的修正,提出了恒态的概念。
Vmax=K3[ES]=K3[Et]
将(5)代入(4)得米氏方程式:
(5)
Vmax[S] V=──── Km + [S]
v =(Vm/Km) [S]
v
v=Vm=K2[E]
Vm 2
Vmax [S] V= Km + [S]
Km
[S]
底物浓度对酶促反应速度的影响
(三)Km和Vmax的意义:
1. 当= Vmax/2时,Km=[S]。因此,Km等于酶促反
(4)反应体系处在稳态(stable state): E与S 迅速生成ES复合物,并达到平衡。
推导过程

稳态:是指ES的生成速度与分解速度相等,即 [ES]恒定。 K1 ([Et]-[ES]) [S]=K2 [ES] + K3 [ES]
整理得: 令:
([Et]-[ES])[S] [ES] K2+K3 K1
k1 k3
E+S
k2
ES
E+P
所谓恒态是指反应进
行一定时间后,ES的生成
速度和ES的分解速度相等,
亦即ES的净生成速度为零, 此时ES的浓度不再改变, 达到恒态,也称稳态。
2.前提
(1)S与E形成中间产物,且整个反应速度取决于 ES P + E
(2)反应在起始阶段,逆反应可忽略,反应速度取 决于 V=k3[ES] (3)[S] 》[E]
..H N
NH S
OH
COO 2
3.96(Asp),4.32(Glu ) 10.80 12.48
2
NH
SH
NH2+ NH2
.. H N
NH
O
8.33 10.11 6.00
HN
NH +
HN
N
碱催化
酸催化

影响酸碱催化反应速度的两个因素

⑴酸碱强度(pK值):组氨酸咪唑基的解离 常数为6,在pH6附近给出质子和结合质子 能力相同,是最活泼的催化基团。
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