脂肪酸极性很强，是一种热敏性物质，在高温下容易发生聚合、脱羧、裂解等副反应。

直接进行分析，柱温很高，高温固定相难以选择，色谱峰易拖尾，保留时间不重复，有时有假峰出现等。

对脂肪酸的色谱分析，一般都需要进行前处理。

C5以下的脂肪酸可先转变为乙酯、丙酯或苯甲酯，C6以上的脂肪酸可先转变为甲酯，这样除可降低脂肪酸的极性外，还有利于选择固定相和色谱分析操作。

甲酯化方法：
取500mg脂肪酸样品于酯化烧瓶中，加入7mL BF3甲醇溶液（14%BF3甲醇溶液），装上冷凝器，沸腾2分钟后，从冷凝器上部加入5mL己烷，再沸腾1min，停止加热，将酯化瓶取下，加入氯化钠饱和溶液至己烷达到瓶口，取出约1mL己烷溶液于试管中，加入少量的无水硫酸钠，取上层液体直接注入色谱仪。

当样品中有C6及C8脂肪酸时，按上述方法酯化后，加入50mL 氯化钠饱和溶液，盖上瓶塞，振动20次，放置1min后，分离出上层己烷液，在下层中加入5mL己烷，同上操作。

合并己烷溶液，加入无水硫酸钠干燥后，取己烷溶液直接注入色谱仪。