当前位置:文档之家› AFLP双酶切和连接方法探讨

AFLP双酶切和连接方法探讨

植物保护2003年12月塑垫鲞蔓!塑!丛蔓!堕堕旦坚!型堕竺.200t!堕.!!。

奠!:!
M:Marker(北京鼎国生物技术公司)1:EcoRI(02pL)/M删I(02pL)2:EcoRI(O.3PL)/MseI(03止)3:67一『YJRI.(04£t1.)/MmI(0.4vL)4:F“,RI(0.5vL)/M∞I(05/LL)5:EcoRI(06pl。

)/M.∞I(0.6pL)6:EcoRI(f)7fm)/MseL(07“L)7:EcoRI(O8¨L)/M,el(08gL)8:EcoRI(O9vL)/MseI(09tzL)
圄1小麦基因组DNA不同酶切用量的酶切效果
从图1可看出,5泳道的EcoRI(0.6"L)和Msel(0、6“L)的酶切效果比较理想,基因组100~l800bp问的DNA片段都有出现。

EvoRI和MseI两种酶用量各为0.2uL时酶切DNA片段为700~I800bp之间,各Hj0.3“L的酶切片段在500~一I800bp之间,各用0.4“L的酶切片段在400~1800bp之间,各用0.5"L的酶切片段在250~1800bp之间。

由此可见,由于限制性内切酶』甘量太少,酶切不完全,基因组多态性不丰富。

在6、7、8泳道则酶用量太多,既造成浪费,也容易出现酶切过头现象,产生许多低于100bp的DNA片段,导致接头连接不上,PCR反应失败的结果。

6、7、8泳道的两种酶总用量分别是1.4、1.6、1.8HL,都接近或超过总反应体系15止的l/10(1,5止)。

显而易见,一般两种酶的总量不能超过反应体积的l/10。

2限制性内切酶的缓冲液选择
在双酶切过程中,如果两种酶反应温度一致而缓冲液不同时,可查阅内切酶供应商提供的各种酶在不同缓冲液中的话力表。

如果一种缓冲液能同时使两种酶的活力都超过70%,便可用这种缓冲液作为反应缓冲液。

如果两种酶厂家不同,可比较其缓冲液成份,倘若相似,可各取一半中和,也可使用通用缓冲液。

例如,作者在进行小麦抗锈基因的AFLP标记研究中,选用E∞Rl(上海生工)和MseI(纽英伦生物有限公司)两种限制性内切酶,分别查阅并比较了卜述公司的酶在不同缓冲液中的活力表,确定用BufferY+/TANGO…(表1)。

从表1可见,EcoRI和M”I两种酶在2倍Buffery+/TANCr)TM中括力均为100%,而且没有过度消化现象。

因而选用2倍液Buffery+门"ANGO"‘”
寰1限制性内切酶EcoR[和MseI在苇同缓冲液中韵酶活力情况
1)HufferB+(蓝)Ⅲ10IIml/LTrisHCI(pH75)。

10mmol/LMgCl2,0.1mg/mLBSA;2)BufferG+(绿):10mmo]/I,TrisHCI(pH75).10mmol/LMgCl2,50mmo]/I。

NaCI,0.1mg/mLBSA;3)BufferO+(橘):10mmo[/LTris—HCI(pH75)・10nmaol/LMgCIz,100mmo[/l—N《1.01mg/ml。

BSA;4)BufferR’(红):iommol/LTrisHCI(pH85),10mmol/LMgClz,100mmolA—NaC[。

01mg/mLBSA;5)BuHe“+,l'ANGOⅢ:33mmol/LTris8cetate(pH79),10mmol/I,Mgaeetste,66mmol/LKReState,01rag/mLFKqA。

作为2种内切酶的通用缓冲液。

3酶切时间
酶切时间是双酶切时较易忽略的问题,但却是酶切成败的关键。

酶切时问过长,许多酶可能出现新的活性,就不能在原定的酶切位点切割,使接头连接不上,PCR反应无结暴。

在作琼脂糖检测时,Marker100bp条带下方出现一片弥散,很可能就是酶切时间太长所致。

因为AFLP经过PCR反应扩增出的产物主要在1000bp左右,范围可在100~1500bp之间,小于100bp的小分了量片段,接头可能连接不r。

这是引起PCR扩增不出结果的原因之一。

酶切时间太短,酶坷J不完全,酶切片段就不能覆盖整个基因组,影响PCR扩增的多态性。

一般来讲,酶切时间长短与酶的性质有关,具体
植物保护2003年12月
釜垫鲞箜i塑
旦!:垒盟!P—ROTEC—TION
些!.!!!!上!型.!!!坠生.!
要参看其说明。

在进行第一次酶切时,可进行梯度实验。

每隔半小时或一小时点样观察一次,增加Marker,注意酶切分子量的大小。

作者在使用
EcoRI(上海生工)和MseI(纽英伦生物有限公司)进行双酶切时,设计以下时间段,获得了不同的酶切效果(图2)。

M:Marker(北京鼎国生物技术公司);1酶切1h;2酶切4h;3酶切7

4酶切10h;5酶切13h;6.酶切14h;7酶切17h
圈2小麦基因组DNA不同酶切时间的酶切效果
从图2可看出,5、6泳道酶切13h和14h的效果比较理想。

1、2、3、4泳道的酶切时间太短,酶切不完全,多态性不丰富;7泳道酶切时间太长(17h),出现酶切过头现象,使接头连接不上,造成PCR反应失败。

4反应温度及分步酶切
如果两种酶的反应温度不同或两种酶的缓冲液成份相差较大则必须分步酶切。

第一种酶切后用酚抽提、电泳或加热等方法使酶失活,再进行下一次酶切反应。

厂家目录一般都有相应的附录以供查『列各种酶的反应温度。

第一次酶切后,通过电泳确证酶切效果,从胶中吲收DNA片段进行下次酶切,也可在第一种酶切后直接用PCR产物回收试剂盒纯化酶切样品(约需

mln),保留少量样品进行电泳分析,其余进行第二
次酶切。

亦可用离心纯化管或离心浓缩管,将酶切样品进行离心,过滤盐等成分,而核酸则被截留在柱子中间的膜上,加入适量ddH,O,离心洗去膜r残留的杂质,再加几微升ddH:O在膜上,将柱子反转插入新的Eppendorf管上离心,即可分离获得DNA片段,做下一次酶切。

5其他注意事项
(1)双酶切时如果两种酶的酶切位点靠得很近,必须注意酶切顺序。

因为有的限制性内切酶要求其识别序列的两端至少保留有若干个碱基才能保证酶的有效纠割。

有的酶要求识别序列两端有多个碱基,则必须先切,否则就可能造成酶切失败。

例如,质粒pLITMUS29的多克隆位点中BarnHI旁边有
H/ndⅢ位点,如果先切BamHI再切H/ndⅢ时就会出现H/ndHI切不开的情况。

(2)DNA酶切完成后,经加热将限制性内切酶失活。

其失活温度和时间根据酶的种类而定。

例如,EcoRI的失活温度是65℃,MseI失活温度是80℃。

因此,酶切后,一般采用80℃水浴20rain的方式使之失活。

(3)酶失活后,将酶切片段连接到特定的接头上。

加热酶切有时并不能达到很好的效果,可能会对连接产生影响,在此情况下可采用酶切后沉淀的方法,具体操作如下。

(a)加1/10体积,pH5.2的NaAc和2倍体积无水乙醇沉淀,在20℃放至2h以上。

(b)4℃,15000r/min或以上,离心15rain。

(c)倒上清液,70%乙醇洗2~3遍。

(d)干燥机干燥5~7
rain。

(e)加TE复溶,即可用于连接反应。

(4)用T4连接酶进行连接反应时,注意T4连接酶的最适反应温度为22℃,连接8~12h,习惯于连接过夜。

参考文献:
[1]是晓梅.孙忐栋,王学德.AFLP标记在植物研究上应用[J]
浙江万里学院学报,2000,13(2):24~26
72]翁曼丽,谢纬武.新一代分子标记技术一AFLP[]]应用与
环境牛物学报,1996,2(4):424~429
[3]工斌,翁曼丽AFLP的原理及其应用[J]杂空水稻,1996,
(5):27~30.
[4]萨姆布鲁克J,弗里奇,EF,曼尼阿蒂斯T分子克隆宴验指南
(第2版)[M]金冬雁.黎孟枫译北京:科学出版社.1996。

相关主题