高校中微生物学的主要研究方向有：资源与应用微生物学病原微生物学微生物发酵与代谢工程生物防治微生物学环境微生物学真菌学微生物分子遗传与功能基因组学海洋微生物学1.资源与应用微生物学微生物资源是地球上三大生物资源之一，微生物资源开发与利用具有重要的意义。

许多高校已经把它作为一个独立的研究方向，并且也形成了各自的研究特色。

中科院微生物所，有微生物资源前期开发国家重点实验室，主要研究方向为微生物资源收集、微生物分类和功能评估、极端环境微生物。

该所有中国科学院院士5名，拥有一支具有国际竞争力的研究队伍，仪器装备达到了国际先进水平。

该所的微生物菌种保藏中心所保藏的菌种数量在国内首屈一指，真菌标本馆的标本数量则为亚洲之最。

云南大学，有教育部微生物资源研究开发重点实验室，主要研究领域有：放线菌生物学,微生物资源学,菌根生物学, 极端环境微生物学,其中放线菌方面研究处于全国先列，重点开展极端（重点是高温、高盐碱）环境或各种特殊环境(植物内生或海洋)下的放线菌资源收集、保存及分类学、系统学、生态学、生物地理学及其应用价值评估（活性筛选、代谢产物化学及酶学等）研究。

广西大学，有广西亚热带生物资源保护利用重点实验室，主要研究方向是，利用广西省丰富的微生物资源发掘、鉴定和克隆具有特殊用途微生物的功能基因，并对重要功能基因进行改造和利用；发现、分离和克隆农作物抗病虫功能基因、构建抗病虫作物新种质。

中国农业大学，有农业部农业微生物资源及其应用重点实验室，主要研究领域有微生物分类及系统发育、微生物生理及遗传学、发酵工程、药用及食用真菌、环境微生物学、分子病毒学和分子免疫学等，微生物学专业师资力量雄厚，有中国科学院院士李季伦教授等多名著名教授。

四川大学，微生物学为省级重点学科，拥有资源微生物及微生物生物技术四川省重点实验室，主要研究方向：资源微生物，天然产物，生态环境保护。

西北农林科技大学，拥有西北农林科技大学微生物研究中心，主要研究方向之一微生物资源多样性及利用研究，包括极端环境条件微生物的菌种资源、基因资源及多样性研究；根瘤菌为主的固氮微生物多样性及利用。

华南理工大学，主要研究华南地区丰富的微生物资源，包括微生物资源的采集和开发利用，进行微生物菌种筛选和改造，重点应用在工业、农业等领域的研究。

河北大学，有河北省微生物多样性研究与应用实验室。

黑龙江大学，有微生物资源挖掘与利用和微生物产品开发与制备方向的研究。

山西大学微生物资源与生态方面的研究等。

病原微生物学的发展给人类疾病的治疗与控制带来了重大的贡献，也使人们开始重视该学科，中科院在这方面的研究比较领先。

中国科学院上海生命科学研究院，其微生物方面著名的研究所—上海巴斯德所，是由中国科学院，上海市和法国巴斯德研究所三家单位共建起来的，研究重点是病原体和宿主对感染应答的基础研究、传染性疾病的预防与控制，在微生物高效表达系统和重组技术研究方面也不错，主要方向是发展微生物高效表达系统与重组技术，研究微生物的结构与功能蛋白；从传统中药筛选抗病毒分子，该研究所拥有国内一流实验条件和师资队伍。

中国科学院武汉病毒研究所，重点开展农业病毒（农业微生物），该所微生物学专业是以农业和环境微生物、普通病毒为研究对象，开展微生物和病毒的基础生物学、分子生物学和生态学研究，对微生物和病毒进行遗传工程改良。

建立动植物与食品有害微生物和病毒的快速诊断和检测技术。

其分析病原微生物学研究室主要学术方向包括纳米生物分析科学、病原微生物分析、微生物耐药机理与分析、分子酶学和环境微生物学。

中科院微生物所，有中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，主要研究分子病毒学和新发传染病领域。

武汉大学，微生物学专业为国家二级学科重点学科，研究方向主要为病毒学，微生物多肽药物。

华中师范大学，主要有两个方向：1.病毒分子生物学，研究病毒的基因转录、翻译等机制及功能；病毒疫苗。

2.病源微生物，采用细胞生物学和分子生物学等手段从虫体、细胞和分子水平研究病原微生物（Bt和杆状病毒）与宿主细胞之间的相互作用，探讨病原微生物作用的分子机制以及如何提高病原微生物的杀虫效果，延缓抗性的产生等。

内蒙古大学，病毒分子生物学方向，主要从事植物病毒鉴定、基因组结构、表达与调控、抗病毒基因工程。

内蒙古是我国主要的马铃薯产区和畜牧业基地，以马铃薯病毒和牧草病毒分子生物学和抗病毒基因工程为主要研究方向，建立抗病毒基因工程植株，培育抗病毒基因工程品种。

湖南师范大学，微生物学为湖南省重点学科，拥有微生物学与生物技术湖南省高校重点实验室，病毒与核酸疫苗的研究。

3.微生物发酵与代谢工程微生物发酵工程是采用化工技术手段,利用微生物的特定功能,为人类生产有用的产品,而微生物代谢工程则是通过DNA重组技术和遗传学手段对细胞进行基因操作,改变微生物原有的代谢或调节系统,实现目的产物代谢活性的提高。

山东大学，在微生物发酵及理论方面为全国前列，拥有微生物技术国家重点实验室，主要方向：微生物应用及发酵技术研究，构建发酵动力学模型、发酵过程计算机在线控制技术、补料技术、固定化细胞、混合培养技术以及新型生物反应器等。

江南大学，以工业微生物的研究和改造选为其特色，主要研究方向有：1、微生物代谢调控与代谢产物2、极端环境微生物3、微生物资源和工业微生物改良。

学院有教育部重点实验室—微生物代谢工程，在微生物基因组与功能基因组的基础上，发展快速分析技术、微生物代谢组学技术体系，解析微生物细胞的物质与能量代谢过程，代谢产物途径优化改造技术。

浙江大学，微生物学为浙江省重点扶持学科，微生物遗传与代谢调控：耐高温、耐高糖、耐酒精、高转化率酵母遗传工程菌构建与相关基因表达调控及其机理研究，药物功能基因克隆表达、工程菌构建与微生物次生代谢及其调控机理研究。

华东理工大学，有生物反应器工程国家重点实验。

其微生物细胞大规模培养技术与生物系统工程，以提高生物过程生产效率和生物技术产品产业化水平为主要目标，开展从、生物反应器、细胞、分子基因水平三个层次研究。

在生物细胞高密度高表达培养等领域达到国际先进水平。

华南理工大学，发酵工程为国家重点学科，师资力量雄厚，其研究方向微生物酶学与发酵工程。

随着工业上的普及应用，越来越多的高校也从事这方面的研究，如山西大学，山东农业大学，首都师范大学，四川大学等。

4.生物防治微生物学微生物防治是利用微生物及其代谢产物防治植物病原体和害虫的方法。

中山大学，有国家生防重点实验室——有害生物控制与资源利用国家重点实验室。

实验室针对我国尤其是华南地区的重大有害生物，开展有害生物可持续控制的基础和应用技术研究。

主要研究方向包括：(1) 害虫生物防治；(2) 水产养殖病害控制；(3) 有害植物控制；(4) 有害环境微生物控制；(5) 基因资源和功能与有害生物控制；(6) 适应性进化与有害生物控制。

主攻昆虫杆状病毒和苏云金杆菌（Bt）的分子生物学及其基因工程，并用于害虫生物防治。

中国科学院武汉病毒研究所，主要研究：Bt杀虫蛋白质结构与功能之间的关系及抗虫机理，抗虫转基因植物，Bt杀虫剂的研制与应用等。

浙江大学，从事杀虫微生物学、昆虫病理学、昆虫流行病学和害虫微生物防治的跨学科研究，主攻刺吸试口器害虫的病原真菌与微生物防治研究及真菌杀虫剂的研制开发。

主要包括高效杀虫杀螨真菌资源及其抗逆功能基因发掘，丝孢类生防真菌的基因操作、性状改良及工程。

另外上海交通大学在这方面也做的不做。

5.环境微生物学随着人类社会的高速发展，环境污染日益严重，微生物作为一种新型的污染处理材料的研究也越来越普及，并且带来了很好的效果。

环境微生物学作为一门独立的学科已在各高校中发展起来。

浙江大学，微生物学为浙江省重点扶持学科，环境微生物：重金属和有机物污染影响下的微生物生理生化、分子生态特性及其基因表达产物，污染环境微生物的生态适应性及其机制，微生物对污染环境的生物修复及其机理。

东北林业大学，主要研究方向：污染物降解微生物学（利用真菌漆酶降解污染物）。

南京农业大学，微生物学科为二级学科，是由我国著名的微生物学家樊庆笙教授于1952年创建，该学科是国家生命科学与技术人才培养基地和国家生物学理科基地。

主要研究方向：1.环境微生物学与环境微生物工程2.固氮与土壤养分活化微生物学3.活性物质与蛋白质结构生物学。

华中科技大学，环境污染处理与修复方向，物质能源、生物活性物质、环境治理等领域相关的微生物生物学与生物技术研究。

资源微生物在环境、能源、医药、食品等方面的理论与应用技术。

首都师范大学，环境微生物学方向，微生物与污水处理，该方向主要从事微生物污水处理的微生物学、生物化学、水处理工艺的实验室研究，包括高浓度有机废水、有毒废水、废水处理中的脱氮和除磷的原理和技术，同时研究结果指导中试和生产规模应用。

西北农林科技大学，应用与环境微生物研究，包括微生物次生代谢产物的研究和开发；具有重要应用价值抗生素等微生物活性物质产生菌的筛选；发酵新产品、新工艺的研究；污染生态环境的微生物修复及机理研究等。

辽宁大学，资源与环境微生物方向，主要有:（1）资源微生物与应用技术,（2）环境微生物技术,（3）污水生物处理.其李铁民教授，主要研究方向为细菌-噬菌体相互作用，噬菌体污染控制技术。

华中师范大学，微生物生态方向方向涉及水体微生物生态学理论与技术的研究，湖泊中浮游细菌、病毒以及藻类的相互关系存在诸多悬而未决的问题，通过筛选噬藻微生物（病毒、细菌、放线菌等），组配高效杀藻微生物产品，用于湖泊水体、公园池塘的有害藻类水华的控制。

另外，四川大学，山东农业大学等对这方面也有不错的研究。

6.真菌学真菌学是研究真菌形态、分类、生理、生态、发育和遗传的科学。

它的基本任务是揭示真菌生存和发展的规律，进而获得利用、控制和改造真菌的知识和技能。

华中农业大学，学院主要从事农业微生物方面，学院建有农业部农业微生物研究所、应用真菌研究所、农业微生物重点开放实验室。

主要研究领域有固氮生物学与基因工程、微生物农药与芽孢杆菌分子生物学、放线菌与链霉菌分子生物学、微生物–植物互作与分子生态学、应用真菌生物技术、发酵微生物学、应用真菌遗传育种和食用菌贮藏加工等。

陈华癸院士，著名微生物学家和教育家，我国农业微生物学奠基人之一，在共生固氮、水稻田营养元素生物循环等研究领域取得了杰出成就，他领导了紫云英根瘤菌与紫云英的共生关系的系统研究，率先分离获得紫云英根瘤菌纯培养菌株，国际上现已将这种根瘤菌定名为“华癸根瘤菌”。

南开大学，1955年在真菌学家周与良先生的带领下，南开成立了微生物学专业，是国内最早的同类学科之一，国家级重点学科，主要研究方向：微生物基因组学及生物信息学分子病毒学，真菌分子生物学，资源细菌及其工程学，环境微生物学。

中国农业大学，真菌生理及遗传学。