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编辑　杨湘华
・经验交流・　文章编号:100022790(2007)0720640201血清蛋白质组样品处理方法的比较分析
刘希成,梁　恒,田　真,张　霖,陈　阳　(西安交通
大学生命科学与技术学院分离科学研究所,陕西西安
710049)
收稿日期:2006212212;　接受日期:2007202210基金项目:国家自然科学基金(90209016)
通讯作者:梁　恒.Tel:(029)82663992Email:lheng@mail .xjtu .edu .cn 作者简介:刘希成.博士生(导师梁　恒).Tel:(029)82663992　
Email:xichengliu@mail .xjtu .edu .cn
【关键词】双向电泳;蛋白质组学;血清【中图号】Q51 【文献标识码】B
1　材料和方法　应用Affinity 2blue gel 和Pr otein A 分别去除
人血清中的白蛋白和I gG .将未做处理的血清以及去除白蛋
白和I gG 的血清各400μg 与水化液混合,参照G rg 等[1]
的方
法进行双向凝胶电泳(t w o 2di m ensi onal polyacryla m ide gel elec 2
tr ophoresis,22DE )检测,实验重复3次.扫描获取谱图,用P DQuest 分析软件进行图像分析,选取表达量差异2倍以上的
蛋白点进行质谱分析,获得其肽质量指纹图(P MF ),用Pr o 2
found P M F 数据库查询软件在NCB I nr 蛋白数据库中进行蛋白
的检索.
2　结果　P DQuest 软件对22DE 谱图进行匹配和统计分析,
发现未做处理血清、去除白蛋白及I gG 的血清的平均蛋白质点分别为(482±18)个和(523±29)个.从谱图中发现,去除白蛋白及I gG 后,M r =30000～70000区域内蛋白点的丰度明显提高,高丰度蛋白富集区的蛋白丰度明显下降,但其它区域的部分蛋白丰度也随之下降或者丢失.切取在去除白蛋白及
I gG 过程中丢失和新出现的9个蛋白点(Student πs 2t 检验差异
显著,P <0.05),胶内酶解后进行MALD I 2T OF 2MS 分析,成功鉴定了这些差异蛋白点为8种蛋白质.在这些鉴定的差异蛋白点中,出现在未做处理血清中的蛋白有5个,其中2个蛋白点鉴定为同一种蛋白,分别为维生素A 结合蛋白,可溶性尿激
酶血纤维蛋白溶酶原激活剂受体,蛋白激酶1抗原和血清白蛋白.出现在去除白蛋白和I gG 的血清中的蛋白有4个,分别为NADH 脱氢酶辅酶β,肌动蛋白结合蛋白M1,T 细胞活性受体β和血小板生长因子C .
3　讨论　应用Affinity 2blue gel 和Pr otein A 分别去除白蛋白
和I gG 已经成为血清蛋白质组学研究中一种常用的前处理方法[2].本研究应用蛋白质组学方法比较分析了人未做处理血清和去除白蛋白及I gG 的血清,鉴定了8种差异表达的蛋白质,其中7种为低丰度功能蛋白.蛋白功能分析发现,维生素
A 结合蛋白是一种与视觉感知和物质传递相关的胞外蛋白.
可溶性尿激酶血纤维蛋白溶酶原激活剂受体定位于质膜,具有血液凝聚、细胞表面信号转导的功能.蛋白激酶1抗原是由醛还原酶的C OVA1基因编码生成的,与细胞生长、电子传递和mRNA 拼接等功能相关[3].NADH 脱氢酶辅酶β由线粒体分泌到胞外,具有电子传递功能.T 细胞活性受体β与T 细胞信号通路和细胞防御等功能相关.血小板生长因子C 与血小板生长因子前体相关,定位于胞外,除与血小板受体信号通路相关,还与细胞增殖等其它生物功能相关[4].
我们的实验结果表明,去除高丰度蛋白时可以增强一些低丰度功能蛋白的检测,但由于非特异性吸附的存在,也会导致部分功能蛋白的丢失.因此,我们认为在分析具体病例的血清时,应采用不同的方法对样品进行处理后再分别进行实验,并将结果综合起来全面地加以分析.【参考文献】
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编辑　杨湘华
46第四军医大学学报(J Fourth M ilMed Univ )2007,28(7)　htt p://j ournal .f mmu .edu .
cn。