Cytoscape目前最新版本: 2.7.0
Cytoscape

Cytoscape 2.6.3可由
/download.php?file=cyto2_6_3
下载得到，下载前需要进行简单的注册，输入姓名、 单位、email信息即可。 Cytoscape同时支持Windows、Mac和Linux/Unix。 Cytoscape基于java平台，需首先安装java运行环 境，该软件可由
应用实例：
1.从已有网络数据库导入目标网络分析模型 2.网络分析
Public data repositories
Protein-protein
Protein-DNA Metabolic
interaction data
BOND, DIP, MINT, MIPS, InACT, …
interaction data
1
PFN1 PFN1 PFN1 PFN1 PFN1 PFN1 PFN1 PFN1 A1BG SEMG1 SEMG1 SEMG1 KLK3 KLK3 KLK3 KLK3 …….
2
pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp pp
3
WIRE XPO6 APBB1IP ENAH MLLT4 VASP WASL GPHN CRISP3 SEMG2 TGM1 PRKCA PZP FN1 SERPINA5 IGFBP3 ………. 可用写字板打开相互作用网络文件(sif格式) 左右两列（1和3列）分别是两个有相互作用 关系的蛋白名字 中间的“pp”(第2列)为蛋白蛋白相互作用缩 写（Protein Protein）
•BiNGO: •determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes. •Cerebral:
•Given an interaction network and subcellular localization annotation, Cerebral automatically generates a view of the network in the style of traditional pathway diagrams, providing an intuitive interface for the exploration of a biological pathway or system. •Cytoprophet:
•分析插件（Analysis Plugins） ：用来分析网络 •网络属性插件（Network and Attribute I/O Plugins）：用来帮助导入不同格 式的数据信息 •网络推理插件（Network Inference Plugins）：用于推理新网络 •功能增强插件（Functional Enrichment Plugins） ：用于网络功能增强 •通讯/脚本插件（Communication/Scripting Plugins）： 用于通讯和或编辑 Cytoscape脚本 •其他：不属于以上任何一种
黄色节点代表检 索关键词节点
选中某个点，右键点击后可以查看与 这个点相关的文献
选中某个点，右键点击后也可以链接 到网上数据库查看相关信息
选择检索数据库，默认Pubmed， 可同时或分别使用OMIM，USPTO
同样的检索内容， 共找到134篇最新 的文献、专利等 与输入检索内容 相关
自动生成一个由 753个节点组成的 复杂网络
从插件菜单（Plugins）中打开cytoprophet插件
首先导入cytoprophet.sif文件
1. 选择整个网络作 为预测对象； 2. 选择MSSC算法； 3. 选择同时预测 DDI Network和GO Distances。
运行后，分别得到蛋白相互作用关系的 窗口和蛋白结构域相互作用关系的窗口
/zh_CN/download/manual.jsp

下载得到。在本教案中我们选择windows版本的 Cytoscape, 下载安装。
1
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Cytoscape可以直接导入网络数据 （Remote），也可以打开本地文件 （Local） 。
在本练习中，选择点击本地文件(Local), 选中sampleData文件夹中的test.sif, 然 后点击Import.
取名“Gal” 逐一敲入gal1~gal7, 以空格分开
基因名字可以手动输 入，也可以从节点复 制得到
点击运行
Cerebral 插件


Cerebral插件可以根据已有数据自动生成一个以“分子在亚 细胞单位内空间分布以及其分子互作”为基础的高度可视化 的网络结构图。 不同的分子根据其所在细胞结构位置，在结构图中被分配在 不同的结构层面，同时它们的功能与互作关系也被清晰的表 现出来。
Gene Ontology在“功能类”的层面上概括了基因 参与的生命过程。在基因表达谱分析中，GO常用于 提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。 Gene Ontology可以用来发掘与基因差异表达现象 关联的“单个特征基因功能类”或“多个特征功能 类”的组合。

/
导入表达数据 库
点ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱSelect
选择test_expression.pvals文件
表达数据库的文件格式： 1
2
3
1
2
3
log2
目的基因表达量 内参基因表达量

如果目的基因 和内参基因相 同，那数值就 为“0”
点击Open VizMapper
Cytoscape：plugins
在数据面板（Data panel） 中选择要显示的节点属性
查看节点属性
选择边属性浏览
选中要显示的边属性
查看边的属性
Agilent Literature Search文献检索插件 /cyto_web/plugins/index.php
检索关键词 是否同时检 索别名 生物种属
Cytoscape插件下载
/plugins.php
http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/
下载得到的BiNGO.jar存放到 程序安装目录下的plugins
插件安装前：
插件安装后：
GO (Gene Ontology)
文件可用excel自建，相互作用的类型还有 pd(protein DNA ),
在导入完毕的时候出现的时候，出现如下提示框，表明有 216个目标基因，203个互相联系。点击Close，结束提示框。
一个红点表示一个生 物网络节点，点击任 一红点后，可在下方 Data Panel窗口看到 其ID信息。
系统生物学软件实习 ——网络结构显示与分析
内容提纲：
1.背景介绍 2.熟悉Cytoscape软件界面和操作，熟悉网
络文件格式
3.导入网络数据，插件下载安装和使用 4.网络模型分析
Integrated genomic and proteomic analyses of a systematically perturbed metabolic network.
Microarray Data Sample
Cytoscape---- 开源的系统生物学网络分析软件
Cytoscape
• 开源的生物信息学软件平台 an open source bioinformatics software platform • 可视化 Visualizing molecular interaction networks and biological pathways • 数据整合 Integrating networks with annotations, gene expression profiles and other state data • 插件 Plugins are available for network and molecular profiling analyses, new layouts, additional file format support, scripting, and connection with databases
Cerebral插件可以处理拥有上千个节点的庞大网络。

下载Cerebral 插件
/plugins2.php 分析插件分类下面

http://www.pathogenomics.ca/cerebral/index.html

需要下载两个文件： cerebral2.0.jar和prefuse.jar
安装Cerebral 插件

将cerebral2.0.jar和prefuse.jar两个文件同时存放到程序安装目录下 的plugins文件夹 重新启动Cytoscape软件
导入数据

Import〉Network（multiple file types） 导入tlr4_sif.sif文件

Import〉Node Attributes 分别导入tlr4_localization.noa和tlr4_function.noa文件
noa文件

用记事本打开 tlr4_localization.noa文件

点击Create Cerebral view
Cytoprophet: 预测蛋白及结构域相互作用插件 /index.php/download
新建文件名字
勾选后，基因名字从下方输入
选择生物功能分类 选择生物种属
Integrated genomic and proteomic analyses of a systematically perturbed metabolic network.