院校排名微生物专业排名第一水平：中国微生物所（即中科院微生物所）：微生物方面水平相当高。
武汉病毒所（中科院）：病毒方面第一。
武汉大学：微生物方面在大学中绝对是一流。
江南大学：微生物的发酵方向无人能敌。
山东大学：微生物发酵及理论方面也是相当牛的。
华中农大、南京农大、中国农大农业院校的三巨头，微生物都有不错。
中山大学：微生物生物防治方面很好，有国家生防重点实验室。
云南大学：放线菌方面研究很领先，有国家放线菌研究重点实验室。
第二水平：复旦大学南开大学扬州大学南京大学浙江大学厦门大学也有微生物方向的研究，但与上面的比可能略有差距。
第三水平：西北农大，福建农大，天津轻院等等与河南农业大学水平相当者。
另外：象上海交通大学，华中科技大学等较多实力强的综合性大学这几年在生物技术方面发展很快，在一些研究方向也是一流的，可能超过前面提到的学校。
微生物方向1.武汉大学生命科学学院微生物学2009年研究生入学专业目录研究方向：01 微生物遗传学02 微生物生理学03 病毒感染细胞生物学04 肿瘤与病毒的关系05 病毒遗传与分子进化06 细胞生物学与分子癌学07 昆虫病毒学08 医学病毒学09 生物信息学10 微生物药物11 分子毒素学初试科目：①101政治②201英语③640细胞生物学④879分子生物学复试备注：同等学力加试科目：①生物化学②遗传学2.北京大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数： 1 报考人数：7最低录取分数：无录取比例：14.3 %北京大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01.微生物分子遗传学02.微生物功能基因组学初试科目：1 101政治2 201英3 608生物化学与分子生物学4 815微生物学北京大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学参考书目02 现代分子生物学朱玉贤李毅高等教育出版社01 微生物学沈萍高等教育出版社3.复旦大学生命科学学院微生物学2009年研究生入学基本情况招生人数：10 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无复旦大学生命科学学院微生物学2009年研究生入学专业目录研究方向：01微生物生理代谢和遗传02微生物系统分类、进化和生态学03微生物感染与分子免疫学04病毒学初试科目：①101政治理论②201英语③727生物化学④871微生物学4.华中科技大学生命科学与技术学院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数：10 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无华中科技大学生命科学与技术学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01生物能源01资源生物学01微生物分子生物学01环境污染处理与修复01微生物制药01生物技术与基因工程制药初试科目：①101政治②201英语③605细胞生物学④821生化与分子生物学5.华中科技大学生命科学与技术学院微生物学2008年研究生入学参考书目605细胞生物学翟中和、王喜忠、丁明孝《细胞生物学》（面向二十一世纪教材）（第1版）北京：高等教育出版社, 2000年8月;02.821生化与分子生物学朱玉贤等《现代分子生物学》北京：高等教育出版社, 2002;03.821生化与分子生物学王镜岩等《生物化学》（第三版）（上册）北京：高等教育出版社, 2002;6.上海交通大学生命科学技术学院微生物学2009年研究生入学专业目录研究方向：01微生物分子生态学02资源微生物学03农业微生物学04微生物遗传学05微生物分子生物学06海洋共生微生物07环境微生物学08微生物代谢调控初试科目：①101政治②201英语③617微生物学④831生物化学复试备注：可以跨学科报考的专业：生物技术，生物科学，生物工程专业7.中国科学院上海生命科学研究院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数：20 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无中国科学院上海生命科学研究院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：分子微生物学和分子微生物组学微生物基因组学及微生物分子生理分子酶工程和代谢工程可再生资源能源化微生物的分子生物学分子微生物学Toll样受体对病毒感染的识别机制研究(108)JEV病毒感染后产生抗病毒和炎症因子的信号通路的机制研究(108) 利用假病毒模型研究病毒进入宿主细胞的信号通路机制(108)NK细胞在病毒感染中的作用机制(108)研究SARS等冠状病毒的离子通道(108)IFN-a/b的信号通路研究(108)免疫原的设置、制备及免疫原性的研究(HIV)(108)病毒蛋白的功能研究(108)病毒潜伏感染机制的研究(108)脂化的膜抗体的开发（HIV）(108)HA/NA包埋的慢病毒载体的应用（Avianflu）(108)研究HCV编码的蛋白和功能的关系(108)研究HCV复制所必需的宿主细胞因子(108)初试科目：①101政治理论②201英语③790生物化学与分子生物学④894微生物学（108）方向考试科目：①101政治理论②201英语③790生物化学与分子生物学④890细胞生物学8.中山大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01微生物生化与分子遗传学02微生物分子生物学与生物技术03微生物分子遗传学04微生物代谢工程与发酵新技术05环境微生物功能基因与蛋白质组学06杀虫微生物学及基因工程07资源微生物学08微生物生物技术与分子生态学09病原微生物分子生物学10农业微生物11病毒功能基因组学初试科目：（1）101政治理论（2）201英语（3）631生物化学A （4）850细胞生物学B 复试专业课：微生物学中山大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学参考书目6318生物化学9.南京农业大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01环境微生物学与环境微生物工程02分子微生物学与固氮微生物学03活性物质与微生物发酵工程04食、药用真菌分子遗传育种与应用05微生物资源与分子生态学初试科目：①101政治理论②201英语③611高等数学或612化学④801生物化学复试备注：567微生物学;10.山东大学微生物技术国家重点实验室微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数：45 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无山东大学微生物技术国家重点实验室微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01 -- 微生物生理生化02 -- 资源和环境微生物学03 -- 微生物遗传与分子生物学04 -- 微生物资源与生态05 -- 应用微生物与发酵技术06 -- 海洋微生物学初试科目：1 -- 政治理论2 -- 英语3 -- 细胞生物学4 -- 生物化学(生)复试备注：同等学力：1.生物技术2.生物综合跨学科加试：生物综合山东大学微生物技术国家重点实验室微生物学2008年研究生入学参考书目《细胞生物学》翟中和编，高等教育出版社，1995年；《分子细胞生物学》韩贻仁主编，科学出版社，2001。
《生物化学》（第二版）沈同编，高等教育出版社，1992年；《生物化学》（第三版），王镜岩主编，高等教育出版社，2002年。
11.华中农业大学生命科学技术学院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数：28 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无华中农业大学生命科学技术学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01.菌根真菌分子生态学02.环境微生物及其利用03.环境分子生物学04.共生固氮体系的分子生物学05.衣藻叶绿体基因工程06.微生物农药07.微生物代谢工程08.微生物工程及制剂09.环境微生物学10.蓝细菌分子生物学11.微生物产品及发酵工艺12.古菌分子生物学13.微生物分子遗传学14.海洋微生物资源及其功能基因15.分子微生物学与分子药物16.微生物代谢与分子酶学17.固氮生物学与分子机理18.酶分子工程19.微生物生物技术20.应用微生物学21.微生物资源与分子生态初试科目：①101政治②201英语③614微生物学④802生物化学复试备注：复试华中农业大学生命科学技术学院微生物学2008年研究生入学参考书目802生物化学《生物化学》（第3版）王镜岩、朱圣庚、徐长法主编，高等教育出版社，20614微生物学《微生物学》沈萍主编，高等教育出版社，2002。
12.华中师范大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01.病毒分子生物学02.微生物生态03.有害生物病源微生物04.微生物遗传05.环境微生物技术初试科目：①101政治②201英语③624生物化学④851细胞生物学华中师范大学生命科学学院微生物学2008年研究生入学参考书目《生物化学》（上、下册）王镜岩，高等教育出版社第三版2002年《细胞生物学》翟中和，高等教育出版社，面向21世纪教材2000年13.江南大学生物工程学院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数：15 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无江南大学生物工程学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01微生物资源02工业微生物育种03极端微生物04微生物代谢调控与代谢产物初试科目：①101政治②201英语③605微生物学④814有机化学(含实验)或822生物化学(含实验)复试备注：复试科目：微生物实验技术江南大学生物工程学院微生物学2008年研究生入学参考书目微生物学：《微生物学》诸葛健李华钟编，科学出版社2005《微生物学教程》（第二版）周德庆，高等教育出版社生物化学：《生物化学》第三版王镜岩主编，高教出版社，2003分子生物学：《分子生物学》(第二版)[英]P.C.特纳等著，刘进元等校译，科学出版社《分子生物学》朱玉贤主编，科学出版社化工原理：《化工原理》第二或第三版天津大学编有机化学：《有机化学》第二版徐寿昌编，高等教育出版社环境微生物学：《环境微生物学》周群英主编，高等教育出版社药理学：《药理学》杨宝峰主编，人民卫生出版社，第六版细胞生物学：《细胞生物学》翟中和编，高等教育出版社药物化学：《药物化学》第五版，人民卫生出版社供药学专业用教材水污染控制工程：《水污染控制工程》高廷耀编，高等教育出版社《环境生物技术应用与发展》陈坚等编，中国轻工业出版社环境生态：《环境生态学》金岚编，高等教育出版社生物化工综合：《生化反应动力学与反应器》，第二版，戚以政，化学工业出版社，1999《生物化学》魏述众，中国轻工业出版社，2002生化工程：《生化工程》伦世仪主编，2004.3中国轻工业出版社药学综合：微生物学、药理学、生物化学、药物化学4门选3门13.华中农业大学植物科技学院微生物学2008年研究生入学基本情况招生人数： 5 报考人数：无最低录取分数：无录取比例：无华中农业大学植物科技学院微生物学2008年研究生入学专业目录研究方向：01.食用菌遗传育种与生物技术02.食用菌保鲜与加工初试科目：①101政治②201英语③609化学④802生物化学复试备注：复试科目：微生物学综合或普通真菌学华中农业大学植物科技学院微生物学2008年研究生入学参考书目609化学《无机及分析化学》董元彦主编，科学出版社（面向21世纪课程教材）《有机化学》陈长水主编，科学出版社。