一、有检验意义的是能引起人类疾病和食物中毒的致病性微生物，常见的有：
1.沙门氏菌
2.葡萄球菌（金黄色葡萄球菌）
3.链球菌（溶血性链球菌）
4.副溶血性弧菌
5.变形杆菌
6.志贺氏菌
7.禽流感病毒 8.黄曲霉菌及病毒
9.口蹄疫病毒等。

二、致病菌即能够引起人们发病的细菌。

不同的食品和不同的场合感染致病菌的种类是不一样的，检测时的参考菌群也不尽相同。

例如：
海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群；
蛋及蛋制品以沙门菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群；
米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群；
罐头食品以耐热性芽孢菌作为参考菌群等等。

三、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌O157:H7。