生物信息分析技术
生物信息学是构成蛋白质组学不可缺少的一部 分，包括分析处理复杂的2DE图谱和搜索、构建蛋 白质组数据库。用于2DE分析的商业化软件有Image Master、Melanie3、Protein-Mine，免费的 Flicker程序和Web-Gel也可在网上对2DE图像进行 分析。SWISS-PROT、TerMBL和NCBInr为最常用的数 据库。目前这些数据库已经在国际互联网上实现了 共享，为今后不断完善蛋白质信息提供了平台。
研究技术 主要分为 三种技术
蛋白质组学 分离技术

生物信息 分析技术
蛋白质组学分离技术
蛋白质分离的核心技术是双向聚丙烯酰胺凝胶电 泳（2D-PAGE）。其第一向是等电聚（IEF），根 据等电点的不同对蛋白质进行分离：第二向是按分 子量的不同用十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰胺凝胶电 泳（SDS-PAGE）进行分离。 该技术主要用于分离细胞或组织蛋白质抽提 物．构建特定蛋白质的双向电泳图谱；分析特定条 件下蛋白质的状况：进行蛋白质组差异比较。

蛋白质组学研究内容及常用技术
蛋白质组学研究的主要内容在于认识细胞内全 部表达蛋白，包括数目、序列和表达蛋白的更新 ，转译后对蛋白的修饰，以及蛋白与蛋白、蛋白 与其它分子之间在细胞内、细胞膜和细胞外的相 互作用。

蛋白质组学 鉴定技术

根据研究把ＲＰＰＭ应用于恶性肿瘤侵袭边缘 pro-suvival通路活化的研究。通过构建前列腺正 常上皮、皮内肿物和侵袭性癌的蛋白质阵列，分 析关键点蛋白质状态，结果显示，前列腺癌的侵 袭性与Akt磷酸化增加、凋亡通路抑制以及细胞外 调节激酶（ERK）磷酸化降低有关。其中AKT的改 变在正常上皮向PIN过渡期尤为显著，并伴有下游 凋亡通路抑制。这提示Akt可能是肿瘤细胞的一个 高位连接蛋白，通过抑制这种蛋白可能会影响到 整个复杂的信号网络中一些关键的蛋白质功能， 这优于单纯用药物作用于某一个信号蛋白质，对 肿瘤治疗中靶点的选择方面有重要的意义。

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蛋白质组学在肿瘤方面的应用
恶性肿瘤的发生主要是由于相关基因发生突变， 导致蛋白质的空间构成。翻译后修饰发生改变， 造成细胞周期失控，细胞凋亡机制紊乱，细胞转 移能力提高等方面的异常。 蛋白质组学可以分析、鉴定细胞同肿瘤细胞的蛋 白差异，对疾病的诊断、治疗、预后评估提供有 用的信息。

蛋白质组学在胰腺癌上的应用
胰腺癌是外科治疗效果最差的肿瘤之一，其５ 年生存率不到5％，这与缺乏早期诊断的可靠办法 有关。糖链抗原19-9（CA19-9）作为胰腺癌组织 分泌的黏蛋白抗原，敏感性较高，但特异性不高 ，在胰腺癌早期诊断筛查中的应用受到了限制。 现在可利用SELDI技术分析胰腺癌病人同正常人 的血清并鉴定出两个最具有识别能力的蛋白质峰 ，诊断敏感度为78％，特异性为97％，高于现有 的血清标准标记物CA19-9。并且三者联用的诊断 准确率更高。

在神经系统疾病方面的应用
随着我国人口老龄化的到来，老年病尤其是老 年性神经系统疾病的发病率日趋升高，临床上主 要有阿尔茨海默症（AD）帕金森症等，临床上尚 未找到特效的治疗方法．也很难抓住良好的治疗 时机。 应用蛋白质组学技术发现AD的脑脊液和/或血浆 蛋白特异性改变，可为AD的诊断、治疗药物的设 计和筛选奠定基础。通过分析AD病人血浆蛋白后 发现，AD相关蛋白载脂蛋白E、tau-1和早老蛋白 ２均可在病人血浆中检测到，提示位于细胞器的 tau-1和早老蛋白２外流到血浆中，并且达到可检 测的水平，对这些蛋白在血浆中异构体的分析将 有助于脑部疾病的诊断，而不需要损伤脑组织。
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白质组学在临床疾病 中的应用
大多数疾病从蛋白质角度看都可以认为是一种 蛋白质缺陷病，在其发生发展的不同阶段，即使 在没有任何症状的早期，在蛋白质水平上往往就 已经发生了变化，从而影响到机体的功能最终导 致疾病的发生。通过蛋白质组学技术，我们可以 分析相关疾病病人的体液，建立完整的蛋白质数 据库。结合各种生理病理过程，利用与疾病相关 的多种生物学标记物。有助于各种疾病的早期发 现和治疗。

蛋白质组学在其它方面的应用
细胞信号转导系统由受体或其它可接受信号的 分子以及细胞内的信号转导通路组成．是当今科 学研究的热点之一。 蛋白质组学技术的发展为信号系统研究的进行 提供了有利的工具。反向蛋白质微阵列（RPPM） 不同于常用的蛋白质阵列是将探针固定，RPPM是 将来源不同时期病变的细胞蛋白质固定。这种技 术具有高敏感性、精确度和线性关系，可用来辨 别信号蛋白的磷酸化情况。
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蛋白质组学鉴定技术
实现蛋白质分离后．需要对单一蛋白质进行鉴定。常将 2DE后凝胶染色，把目的蛋白斑点切下，用相应的酶降解 为多肽碎片，用质谱仪分析。常用的质谱有电喷雾电离质 谱（ESI）和基质辅助的激光解吸电离一飞行时间质谱 （MALDI-TOF）。这两种质谱可成功地用于蛋白质等生物 大分子分子量的测定．肽图的测定和蛋白质及多糖序列以 及翻译后修饰的测定等方面。 其中在MALDI基础上进行改进发展了表面放大激光解析 离子化-飞行时间-质谱技术（SELDI-TOF-MS)。其最大的 特色在于样本无须进行精细分离，粗样本可直接滴加到表 面经过特殊修饰的芯片上，即可同时检测几千种蛋白质． 还可以发现样本中许多被掩盖的低浓度蛋白质，增加发现 生物标记物的机会，所以SELDI-TOF-MS技术更加适用于临 床。